86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_5344 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_5344  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  100 
 
 		 93 aa  184  2e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.552844 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2991  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  83.54 
 
 		 88 aa  137  7e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.629486 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1292  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  83.54 
 
 		 87 aa  133  8e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.336448  normal  0.0745761 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1855  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  78.05 
 
 		 88 aa  133  9.999999999999999e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.635953  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1862  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  78.05 
 
 		 88 aa  133  9.999999999999999e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.620348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3194  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  77.27 
 
 		 151 aa  130  6.999999999999999e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0239172  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18040  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  72.83 
 
 		 94 aa  129  1.0000000000000001e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0135387  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2043  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  78.75 
 
 		 90 aa  129  1.0000000000000001e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.529768  decreased coverage  0.00243953 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1714  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  80.23 
 
 		 94 aa  128  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.770422  hitchhiker  0.00730619 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2437  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  78.21 
 
 		 110 aa  128  3e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1361  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  77.38 
 
 		 88 aa  127  6e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.465047  normal  0.0594438 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2814  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  73.81 
 
 		 87 aa  126  8.000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.609648 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3126  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  83.12 
 
 		 87 aa  126  9.000000000000001e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.138963  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1995  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  74.7 
 
 		 86 aa  125  2.0000000000000002e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000371451 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3096  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  72.41 
 
 		 88 aa  125  3e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.61729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2258  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  75.61 
 
 		 86 aa  124  4.0000000000000003e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.188504  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1317  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  73.26 
 
 		 90 aa  123  1e-27  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.287217  normal  0.237798 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1716  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  69.05 
 
 		 97 aa  122  2e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.206863  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3006  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  73.17 
 
 		 84 aa  120  4e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000974881  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1063  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  75.9 
 
 		 88 aa  121  4e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1851  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  71.08 
 
 		 88 aa  119  9.999999999999999e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0262472  normal  0.353337 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12540  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  73.75 
 
 		 146 aa  119  1.9999999999999998e-26  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.492857  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14810  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  67.47 
 
 		 120 aa  115  9.999999999999999e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0436889  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5237  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  78.08 
 
 		 92 aa  114  6e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2577  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  72.97 
 
 		 91 aa  112  2.0000000000000002e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0712081  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11419  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  76.71 
 
 		 110 aa  112  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000375558  normal  0.301276 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2418  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  75.34 
 
 		 107 aa  110  5e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.380548 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2371  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  75.34 
 
 		 107 aa  110  5e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0664219  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2412  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  75.34 
 
 		 107 aa  110  5e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3739  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  73.97 
 
 		 107 aa  110  5e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0667071 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3158  DNA-directed RNA polymerase omega subunit  69.88 
 
 		 106 aa  110  6e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.281429  hitchhiker  0.0000123273 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2668  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  73.97 
 
 		 104 aa  110  7.000000000000001e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15630  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  77.78 
 
 		 91 aa  109  1.0000000000000001e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0942363  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12730  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  68.75 
 
 		 141 aa  108  2.0000000000000002e-23  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0393842  normal  0.0422881 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2346  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  71.23 
 
 		 99 aa  108  3e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.992744  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4161  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  77.78 
 
 		 95 aa  108  3e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.151933  normal  0.359899 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0914  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  67.12 
 
 		 94 aa  106  1e-22  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1964  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  64.38 
 
 		 94 aa  104  4e-22  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.574047  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1694  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  50.7 
 
 		 94 aa  72.4  0.000000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3210  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  46.58 
 
 		 86 aa  59.3  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.150849  normal  0.152706 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1472  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  50 
 
 		 106 aa  53.9  0.0000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.111118  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4972  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  35 
 
 		 95 aa  48.9  0.00003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00154  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  39.44 
 
 		 90 aa  48.1  0.00004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0430538  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3434  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  32.05 
 
 		 92 aa  46.6  0.0001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.684285  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2000  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  37.66 
 
 		 70 aa  46.2  0.0001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1718  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  37.66 
 
 		 70 aa  46.2  0.0001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2004  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  41.18 
 
 		 86 aa  45.4  0.0002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.159154 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1701  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  36.84 
 
 		 75 aa  45.8  0.0002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1724  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  41.18 
 
 		 86 aa  45.4  0.0002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.624474 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0364  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  29.49 
 
 		 92 aa  45.8  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0335  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  30.77 
 
 		 94 aa  44.7  0.0004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.383189 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3498  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  30.77 
 
 		 93 aa  44.7  0.0004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4582  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  30.77 
 
 		 94 aa  44.7  0.0004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.553377  unclonable  0.000000022392 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0970  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  38.24 
 
 		 123 aa  44.7  0.0004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.528161  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3878  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  30.77 
 
 		 94 aa  44.7  0.0004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1230  DNA-directed RNA polymerase, subunit K/omega  29.29 
 
 		 107 aa  44.3  0.0005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.763908  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1274  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  39.47 
 
 		 70 aa  43.5  0.0009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.356082  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1314  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  34.72 
 
 		 78 aa  43.5  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.519815  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2522  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  39.51 
 
 		 70 aa  43.1  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.96468  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3811  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  30.77 
 
 		 92 aa  42.7  0.002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.370537  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1175  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  36.49 
 
 		 72 aa  42.7  0.002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000347215  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0329  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  30.77 
 
 		 92 aa  42.7  0.002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.389208  normal  0.301135 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3969  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  39.47 
 
 		 70 aa  42.7  0.002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0474832  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3614  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  30.77 
 
 		 92 aa  42.7  0.002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0348  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  34.25 
 
 		 90 aa  42.4  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0265  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  34.29 
 
 		 92 aa  41.6  0.003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0360  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  29.49 
 
 		 92 aa  42  0.003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0354  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  29.49 
 
 		 92 aa  41.6  0.003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.345047  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0892  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  38.36 
 
 		 67 aa  42  0.003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000744329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0352  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  29.49 
 
 		 92 aa  41.6  0.003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0359  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  29.49 
 
 		 92 aa  41.6  0.003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1760  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  35.62 
 
 		 70 aa  42  0.003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3631  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  29.49 
 
 		 92 aa  42  0.003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0529446  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0362  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  29.49 
 
 		 92 aa  41.6  0.003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000590702 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0576  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  38.24 
 
 		 86 aa  41.6  0.004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.064194  normal  0.105379 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09820  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  37.33 
 
 		 70 aa  41.2  0.005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2317  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  35.53 
 
 		 68 aa  40.8  0.006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000192239  hitchhiker  0.00377511 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0842  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  32.39 
 
 		 98 aa  40.8  0.006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3884  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  38.16 
 
 		 70 aa  40.4  0.007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000729325 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3721  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  38.16 
 
 		 70 aa  40.4  0.007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3611  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  38.16 
 
 		 70 aa  40.4  0.007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3629  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  38.16 
 
 		 70 aa  40.4  0.007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4008  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  38.16 
 
 		 70 aa  40.4  0.007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3918  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  38.16 
 
 		 70 aa  40.4  0.007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0905108  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0844  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  37.18 
 
 		 71 aa  40.4  0.009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1330  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  39.71 
 
 		 63 aa  40.4  0.009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000123249  normal  0.453103 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>