194 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0348 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_0348  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  100 
 
 
90 aa  178  2e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00154  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  72.22 
 
 
90 aa  123  8.000000000000001e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0430538  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4972  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  58.89 
 
 
95 aa  100  8e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0211  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  60.47 
 
 
90 aa  100  8e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0364  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  73.13 
 
 
92 aa  98.2  4e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3434  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  71.64 
 
 
92 aa  96.7  8e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.684285  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0335  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  71.64 
 
 
94 aa  96.3  1e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.383189 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3878  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  71.64 
 
 
94 aa  96.3  1e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3498  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  71.64 
 
 
93 aa  96.3  1e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4582  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  71.64 
 
 
94 aa  95.9  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.553377  unclonable  0.000000022392 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0265  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  70.15 
 
 
92 aa  95.5  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0362  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  58.14 
 
 
92 aa  95.1  3e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000000590702 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0352  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  58.14 
 
 
92 aa  95.1  3e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0354  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  58.14 
 
 
92 aa  95.1  3e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.345047  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0359  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  58.14 
 
 
92 aa  95.1  3e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3614  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  70.15 
 
 
92 aa  93.6  8e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0329  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  70.15 
 
 
92 aa  93.6  8e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.389208  normal  0.301135 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3811  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  70.15 
 
 
92 aa  93.6  8e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.370537  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0360  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  70.15 
 
 
92 aa  93.6  9e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3631  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  70.15 
 
 
92 aa  93.6  9e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0529446  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3624  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  58.9 
 
 
91 aa  90.5  6e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2281  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  72.31 
 
 
90 aa  90.1  8e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001863  DNA-directed RNA polymerase omega subunit  69.23 
 
 
90 aa  89.7  1e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4868  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  67.65 
 
 
91 aa  86.7  1e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00471726 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1456  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  47.73 
 
 
90 aa  86.7  1e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0044  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  70.77 
 
 
91 aa  84.7  4e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0040  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  70.77 
 
 
91 aa  84.7  4e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4177  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  70.77 
 
 
91 aa  84.7  4e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00539722  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4146  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  67.69 
 
 
91 aa  84.3  5e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03506  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  67.69 
 
 
91 aa  84.3  6e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0056  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  67.69 
 
 
91 aa  84.3  6e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4021  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  67.69 
 
 
91 aa  84.3  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0062  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  67.69 
 
 
91 aa  84.3  6e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000204868 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3958  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  67.69 
 
 
91 aa  84.3  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3984  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  67.69 
 
 
91 aa  84.3  6e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4100  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  67.69 
 
 
91 aa  84.3  6e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5021  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  67.69 
 
 
91 aa  84.3  6e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4067  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  67.69 
 
 
91 aa  84.3  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.912387  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3949  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  67.69 
 
 
91 aa  84.3  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00500871 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3860  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  67.69 
 
 
91 aa  84.3  6e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4152  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  67.69 
 
 
91 aa  84.3  6e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4128  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  67.69 
 
 
91 aa  84.3  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0090  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  69.23 
 
 
91 aa  84  6e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03458  hypothetical protein  67.69 
 
 
91 aa  84.3  6e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1991  RNA polymerase omega subunit  61.54 
 
 
67 aa  82  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1986  RNA polymerase omega subunit  61.54 
 
 
67 aa  82  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4493  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  67.69 
 
 
91 aa  82.4  0.000000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3949  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  66.15 
 
 
91 aa  82.4  0.000000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4210  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  67.69 
 
 
91 aa  82.4  0.000000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0111  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  61.54 
 
 
65 aa  81.6  0.000000000000003  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.849529  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2022  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  52.7 
 
 
93 aa  79.7  0.00000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1213  RNA polymerase, omega subunit  55.84 
 
 
86 aa  80.1  0.00000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.492791  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2002  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  58.33 
 
 
91 aa  77.8  0.00000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5301  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.52 
 
 
87 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.337181  normal  0.206293 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0172  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.52 
 
 
87 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.840834  hitchhiker  0.0041623 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5210  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.52 
 
 
87 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.715758  normal  0.333342 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5349  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.52 
 
 
87 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.402844 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6113  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  55.07 
 
 
88 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.33063  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2443  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  50 
 
 
107 aa  75.9  0.0000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.604938  normal  0.307716 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70450  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  55.07 
 
 
88 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4389  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  49.41 
 
 
87 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.100298 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3696  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  54.55 
 
 
90 aa  74.7  0.0000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.229461 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0970  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  62.5 
 
 
123 aa  73.9  0.0000000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.528161  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3186  RNA polymerase, omega subunit  55.41 
 
 
87 aa  73.6  0.0000000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0635  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  56.25 
 
 
70 aa  73.6  0.0000000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0718  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  49.41 
 
 
91 aa  72.8  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.485199  hitchhiker  0.000000920527 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0564  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  49.41 
 
 
91 aa  72.8  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02820  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  59.32 
 
 
87 aa  72  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1724  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.92 
 
 
86 aa  71.6  0.000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.624474 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5550  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  61.4 
 
 
87 aa  71.6  0.000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.374891 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0034  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  56.92 
 
 
107 aa  71.6  0.000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2004  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.92 
 
 
86 aa  71.6  0.000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.159154 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4385  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  56.92 
 
 
74 aa  72  0.000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3234  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  55.38 
 
 
83 aa  70.1  0.00000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.665488  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0210  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  46.51 
 
 
87 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0074  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  56.14 
 
 
87 aa  68.2  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0051  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  54.69 
 
 
68 aa  67.8  0.00000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0139624  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0576  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  54.79 
 
 
86 aa  67.4  0.00000000007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.064194  normal  0.105379 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00629  DNA-directed RNA polymerase subunit kappa/omega  70.21 
 
 
59 aa  67  0.00000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0252  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  57.14 
 
 
121 aa  65.9  0.0000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00381696  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3528  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  60.94 
 
 
113 aa  65.9  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.408605  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0872  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.25 
 
 
67 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0049  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  54.55 
 
 
70 aa  64.3  0.0000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2577  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  50 
 
 
117 aa  63.5  0.0000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00611684 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2143  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  50.85 
 
 
74 aa  63.5  0.0000000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1923  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  46.25 
 
 
130 aa  63.2  0.000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.457786 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1669  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  54.69 
 
 
117 aa  63.5  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2634  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  46.25 
 
 
130 aa  62.8  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.23682  normal  0.434333 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0302  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  54.69 
 
 
117 aa  63.5  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.445694  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4688  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  46.25 
 
 
130 aa  63.2  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.195619 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2095  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  54.69 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3048  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  54.69 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.377963  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4108  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  54.69 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00419927  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2646  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  46.25 
 
 
130 aa  62.4  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.192683  normal  0.0194181 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3084  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  54.69 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.590238  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0960  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  54.69 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0844309  normal  0.542066 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0521  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  54.69 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0945  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  51.56 
 
 
131 aa  62.8  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2948  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  54.69 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.287207  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3014  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  54.69 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>