More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_0307 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_0307  two component transcriptional regulator, LytTR family  100 
 
 		 250 aa  509  1e-143  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3229  LytTR family two component transcriptional regulator  46.4 
 
 		 250 aa  227  2e-58  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2091  two component transcriptional regulator, LytTR family  43.02 
 
 		 259 aa  223  2e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0504817  normal  0.478744 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0804  two component transcriptional regulator, LytTR family  45.16 
 
 		 251 aa  223  2e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0271  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.77 
 
 		 256 aa  207  1e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2256  two component transcriptional regulator, LytTR family  42.48 
 
 		 262 aa  203  2e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.596319 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5312  two component transcriptional regulator, LytTR family  41.9 
 
 		 255 aa  203  2e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0977362 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2775  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.69 
 
 		 258 aa  201  9e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5824  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.61 
 
 		 258 aa  196  3e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0489181 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2789  response regulator receiver  40.32 
 
 		 254 aa  196  3e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12408  two-component system response regulator  40.08 
 
 		 251 aa  193  2e-48  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.401855  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4908  LytTR family two component transcriptional regulator  42.52 
 
 		 255 aa  190  2e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2354  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.45 
 
 		 256 aa  188  8e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6102  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.37 
 
 		 252 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6060  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.51 
 
 		 253 aa  181  1e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1794  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.29 
 
 		 260 aa  179  4e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2868  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.15 
 
 		 259 aa  177  1e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0154807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1317  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.77 
 
 		 261 aa  177  2e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1444  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.65 
 
 		 256 aa  176  5e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.317386 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4001  LytTR family two component transcriptional regulator  37.4 
 
 		 255 aa  175  7e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2661  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.65 
 
 		 252 aa  173  1.9999999999999998e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0600  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.23 
 
 		 265 aa  171  1e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.315052 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1475  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.83 
 
 		 255 aa  171  1e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.059663 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0758  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.68 
 
 		 256 aa  160  2e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.649382 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7151  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.6 
 
 		 249 aa  159  3e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6676  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.66 
 
 		 253 aa  156  3e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5405  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.92 
 
 		 243 aa  153  2.9999999999999998e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.379459 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3726  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.46 
 
 		 252 aa  152  4e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.304835 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6406  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.73 
 
 		 252 aa  150  2e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0800  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.66 
 
 		 251 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1836  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.63 
 
 		 258 aa  144  2e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.367672  normal  0.467017 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2439  LytTr DNA-binding region  33.47 
 
 		 255 aa  142  5e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.697869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5335  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.9 
 
 		 253 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.709567 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2443  LytTR family two component transcriptional regulator  31.85 
 
 		 279 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0137  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.81 
 
 		 237 aa  119  3.9999999999999996e-26  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4674  LytTR family two component transcriptional regulator  32.56 
 
 		 254 aa  119  6e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.124147  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1761  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.42 
 
 		 251 aa  116  3e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  31.5 
 
 		 237 aa  113  2.0000000000000002e-24  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3594  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.33 
 
 		 260 aa  114  2.0000000000000002e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.833136  normal  0.0457058 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4386  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.98 
 
 		 260 aa  113  3e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  32.41 
 
 		 238 aa  112  5e-24  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.89 
 
 		 257 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2186  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.58 
 
 		 275 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 252 aa  110  2.0000000000000002e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0847  response regulator receiver  28.4 
 
 		 232 aa  110  3e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.82 
 
 		 242 aa  108  7.000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.57 
 
 		 260 aa  107  1e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0119  response regulator receiver protein  32.16 
 
 		 249 aa  108  1e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  31.72 
 
 		 268 aa  107  2e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1209  LytTr DNA-binding region  26.1 
 
 		 240 aa  107  2e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1004  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.16 
 
 		 257 aa  106  4e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00878343  normal  0.279198 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0036  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 248 aa  104  2e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.57 
 
 		 244 aa  102  7e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0469  response regulator receiver protein  32.55 
 
 		 254 aa  100  1e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0979  LytTR family two component transcriptional regulator  29.79 
 
 		 242 aa  100  2e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0238694 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4801  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.02 
 
 		 240 aa  100  2e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.154299  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0715  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.13 
 
 		 245 aa  99.4  5e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00500528  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2397  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.91 
 
 		 261 aa  99.4  5e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 240 aa  98.2  1e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2723  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.04 
 
 		 239 aa  97.8  1e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02054  predicted response regulator in two-component system withYehU  29.17 
 
 		 239 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1533  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.17 
 
 		 239 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.726215  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2413  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.17 
 
 		 239 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02012  hypothetical protein  29.17 
 
 		 239 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3112  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.17 
 
 		 239 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.148941 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1522  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.17 
 
 		 239 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2259  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.17 
 
 		 239 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1400  response regulator  32.64 
 
 		 243 aa  96.3  4e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0959  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.2 
 
 		 241 aa  95.1  9e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.606019  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2397  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.17 
 
 		 239 aa  95.1  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.423362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0919  putative two-component response-regulatory protein YehT  28.75 
 
 		 239 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2348  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.17 
 
 		 239 aa  95.1  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2505  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.17 
 
 		 239 aa  95.1  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2304  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.17 
 
 		 239 aa  95.1  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2393  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.17 
 
 		 239 aa  95.1  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1246  LytTR family two component transcriptional regulator  29.29 
 
 		 254 aa  93.6  2e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  30.56 
 
 		 245 aa  94  2e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1001  LytR/AlgR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 262 aa  94.4  2e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07024  transcriptional regulator  27.54 
 
 		 263 aa  94.4  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0865  putative two-component response-regulatory protein YehT  28.33 
 
 		 239 aa  93.6  2e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2791  LytTR family two component transcriptional regulator  31 
 
 		 250 aa  94.4  2e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.073585  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000974  response regulator of the LytR/AlgR family  27.49 
 
 		 263 aa  94.4  2e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.728867  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0059  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.95 
 
 		 243 aa  93.6  3e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.182784  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0161  LytR/AlgR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 270 aa  93.2  3e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2906  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.96 
 
 		 245 aa  93.2  4e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3838  LytR/AlgR family transcriptional regulator  24.51 
 
 		 254 aa  93.2  4e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.479778 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1259  response regulator receiver protein  28.93 
 
 		 252 aa  92.8  4e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1113  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 256 aa  92.8  4e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.45992  normal  0.29087 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2603  response regulator  32.92 
 
 		 243 aa  92.4  5e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0055  LytTR family two component transcriptional regulator  30.95 
 
 		 243 aa  92.4  6e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.868518  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5137  response regulator  30.16 
 
 		 246 aa  92.4  6e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6684  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 243 aa  92.4  6e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0837  response regulator receiver protein  38.14 
 
 		 153 aa  92.4  6e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.925678  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5295  response regulator LytR  30.43 
 
 		 246 aa  92  8e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5122  response regulator  30.43 
 
 		 246 aa  92  8e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5691  response regulator LytR  30.43 
 
 		 246 aa  92  8e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5536  response regulator LytR  30.43 
 
 		 246 aa  92  8e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2093  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.03 
 
 		 237 aa  91.7  9e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1226  LytTR family two component transcriptional regulator  28.93 
 
 		 252 aa  92  9e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0060  LytTR family two component transcriptional regulator  31.75 
 
 		 243 aa  91.7  1e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0478076  hitchhiker  0.000497336 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>