More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_3628 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_3628  50S ribosomal protein L13  100 
 
 		 144 aa  296  9e-80  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000132589  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0752  50S ribosomal protein L13  63.38 
 
 		 142 aa  204  3e-52  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272076  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3545  50S ribosomal protein L13  63.38 
 
 		 142 aa  203  7e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  1.43146e-16  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03091  50S ribosomal protein L13  63.38 
 
 		 142 aa  202  1e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000630317  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0475  ribosomal protein L13  63.38 
 
 		 142 aa  202  1e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000038374  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4548  50S ribosomal protein L13  63.38 
 
 		 142 aa  202  1e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000000032614  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03042  hypothetical protein  63.38 
 
 		 142 aa  202  1e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0000311613  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3536  50S ribosomal protein L13  63.38 
 
 		 142 aa  202  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000942951  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3714  50S ribosomal protein L13  63.38 
 
 		 142 aa  202  1e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000482392  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3608  50S ribosomal protein L13  63.38 
 
 		 142 aa  202  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000171486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0475  50S ribosomal protein L13  63.38 
 
 		 142 aa  202  1e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000136634  normal  0.174588 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3537  50S ribosomal protein L13  63.38 
 
 		 142 aa  202  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.000000244686  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0292  50S ribosomal protein L13  63.38 
 
 		 142 aa  202  1e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000415233  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3705  50S ribosomal protein L13  63.38 
 
 		 142 aa  202  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000756717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3420  50S ribosomal protein L13  63.38 
 
 		 142 aa  202  1e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  1.0043600000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3643  50S ribosomal protein L13  63.38 
 
 		 142 aa  202  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000310969  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3527  50S ribosomal protein L13  63.38 
 
 		 142 aa  202  1e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000295186  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3666  50S ribosomal protein L13  64.08 
 
 		 142 aa  201  2e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000138225  normal  0.0768978 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0299  50S ribosomal protein L13  63.38 
 
 		 142 aa  201  2e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0000151129  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3639  50S ribosomal protein L13  63.38 
 
 		 142 aa  201  3e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.0081105  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1134  50S ribosomal protein L13  62.68 
 
 		 142 aa  201  4e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000016322  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0524  50S ribosomal protein L13  62.68 
 
 		 142 aa  201  4e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000026356  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0459  50S ribosomal protein L13  62.68 
 
 		 142 aa  201  4e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000127467  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3797  50S ribosomal protein L13  62.68 
 
 		 142 aa  199  8e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000189229  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1014  50S ribosomal protein L13  68.31 
 
 		 142 aa  199  9e-51  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00728449  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03383  50S ribosomal protein L13  62.68 
 
 		 142 aa  197  3.9999999999999996e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000333795  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0103  50S ribosomal protein L13  63.38 
 
 		 142 aa  197  6e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000123224  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4349  50S ribosomal protein L13  61.27 
 
 		 142 aa  197  6e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000122799  hitchhiker  0.00298092 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2664  50S ribosomal protein L13  61.27 
 
 		 142 aa  196  7e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000266621  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00881  50S ribosomal protein L13  61.27 
 
 		 142 aa  196  9e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004511  LSU ribosomal protein L13p (L13Ae)  61.27 
 
 		 142 aa  196  1.0000000000000001e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000254571  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3071  50S ribosomal protein L13  61.97 
 
 		 142 aa  193  5.000000000000001e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000152627  normal  0.192156 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0506  50S ribosomal protein L13  61.27 
 
 		 142 aa  193  7e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000158843  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2836  50S ribosomal protein L13  62.68 
 
 		 142 aa  192  1e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0732  50S ribosomal protein L13  60.56 
 
 		 142 aa  191  2e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000680495  hitchhiker  0.00347567 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0744  50S ribosomal protein L13  60.56 
 
 		 142 aa  191  2e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000000518641  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3652  50S ribosomal protein L13  60.56 
 
 		 142 aa  191  2e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000055141  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0723  50S ribosomal protein L13  60.56 
 
 		 142 aa  191  2e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000205135  hitchhiker  0.00003559 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4443  50S ribosomal protein L13  56.34 
 
 		 142 aa  191  3e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3940  50S ribosomal protein L13  60.56 
 
 		 142 aa  191  3e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3703  50S ribosomal protein L13  60.56 
 
 		 142 aa  191  3e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000271958  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3269  50S ribosomal protein L13  60.56 
 
 		 142 aa  191  3e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000128707  hitchhiker  0.00000918521 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0678  50S ribosomal protein L13  60.56 
 
 		 142 aa  191  3e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000445483  hitchhiker  0.000251831 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0692  50S ribosomal protein L13  60.56 
 
 		 142 aa  191  3e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000556575  decreased coverage  0.00000194665 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0702  50S ribosomal protein L13  60.56 
 
 		 142 aa  191  4e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000111952  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3360  50S ribosomal protein L13  60.56 
 
 		 142 aa  189  8e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000892865  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3595  50S ribosomal protein L13  61.43 
 
 		 143 aa  189  9e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000249881  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0794  50S ribosomal protein L13  59.15 
 
 		 144 aa  188  2e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000000000346357  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3294  50S ribosomal protein L13  60 
 
 		 143 aa  188  2.9999999999999997e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000182384  hitchhiker  0.00115677 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2472  50S ribosomal protein L13  60.56 
 
 		 142 aa  187  4e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00672084  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0922  50S ribosomal protein L13  58.45 
 
 		 142 aa  186  1e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1315  50S ribosomal protein L13  57.75 
 
 		 142 aa  185  2e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.161959  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1783  50S ribosomal protein L13  60.99 
 
 		 145 aa  185  2e-46  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000000118025  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0747  50S ribosomal protein L13  59.29 
 
 		 143 aa  185  2e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000197035  normal  0.0408198 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0140  50S ribosomal protein L13  59.57 
 
 		 145 aa  185  2e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02460  50S ribosomal protein L13  59.15 
 
 		 142 aa  185  2e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000118525  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4222  50S ribosomal protein L13  59.29 
 
 		 143 aa  185  2e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000936521  hitchhiker  0.00032903 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01510  50S ribosomal protein L13  59.15 
 
 		 142 aa  185  2e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  1.25739e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2298  50S ribosomal protein L13  58.74 
 
 		 144 aa  185  2e-46  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000160952  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4534  50S ribosomal protein L13  57.75 
 
 		 142 aa  185  2e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4409  50S ribosomal protein L13  57.75 
 
 		 142 aa  185  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.867094  normal  0.414733 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1340  50S ribosomal protein L13  61.7 
 
 		 149 aa  184  3e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000100491  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1346  50S ribosomal protein L13  61.7 
 
 		 149 aa  184  3e-46  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000278561  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0735  ribosomal protein L13  60.56 
 
 		 145 aa  184  3e-46  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.000000000119852  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2364  50S ribosomal protein L13  59.03 
 
 		 144 aa  184  3e-46  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000000697609  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2877  50S ribosomal protein L13  58.45 
 
 		 142 aa  184  4e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.114707  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2680  ribosomal protein L13  60.74 
 
 		 148 aa  183  7e-46  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0154715  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2015  50S ribosomal protein L13  60.56 
 
 		 150 aa  183  7e-46  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.624053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2400  50S ribosomal protein L13  58.45 
 
 		 142 aa  183  7e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.767077  normal  0.0664641 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1812  50S ribosomal protein L13  64.23 
 
 		 149 aa  183  8e-46  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.181539  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13040  50S ribosomal protein L13  57.75 
 
 		 142 aa  182  1.0000000000000001e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4694  50S ribosomal protein L13  57.75 
 
 		 142 aa  182  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00889549  normal  0.0218905 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1747  50S ribosomal protein L13  59.15 
 
 		 142 aa  182  1.0000000000000001e-45  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000000679553  normal  0.257999 
 
 
 
NC_008261  CPF_2679  50S ribosomal protein L13  58.33 
 
 		 144 aa  182  1.0000000000000001e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000000200743  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0143  50S ribosomal protein L13  57.45 
 
 		 145 aa  181  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000145264  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4426  ribosomal protein L13  58.33 
 
 		 142 aa  182  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.145375  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0143  50S ribosomal protein L13  57.45 
 
 		 145 aa  181  2.0000000000000003e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000000163354  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0138  50S ribosomal protein L13  57.45 
 
 		 145 aa  181  2.0000000000000003e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  7.36726e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4120  50S ribosomal protein L13  57.75 
 
 		 142 aa  181  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.954115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0143  50S ribosomal protein L13  57.45 
 
 		 145 aa  181  2.0000000000000003e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000175046  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5161  50S ribosomal protein L13  57.45 
 
 		 145 aa  181  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000749627  hitchhiker  0.00000001137 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0156  50S ribosomal protein L13  57.45 
 
 		 145 aa  181  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.54845e-34 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0541  ribosomal protein L13  54.93 
 
 		 142 aa  181  2.0000000000000003e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0111293  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0175  50S ribosomal protein L13  57.45 
 
 		 145 aa  181  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000580183  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0165  50S ribosomal protein L13  57.45 
 
 		 145 aa  181  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000103793  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0649  50S ribosomal protein L13  59.86 
 
 		 142 aa  181  3e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  3.71181e-17  normal  0.0947726 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0904  50S ribosomal protein L13  58.45 
 
 		 142 aa  181  4.0000000000000006e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.222508  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0144  50S ribosomal protein L13  56.74 
 
 		 145 aa  181  4.0000000000000006e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000514694  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0137  50S ribosomal protein L13  56.74 
 
 		 145 aa  180  5.0000000000000004e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000751399  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1565  50S ribosomal protein L13  57.75 
 
 		 142 aa  180  6e-45  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000267326  normal  0.325038 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1232  50S ribosomal protein L13  57.04 
 
 		 142 aa  180  6e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.0000000229053  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2789  50S ribosomal protein L13  54.23 
 
 		 142 aa  180  6e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.000000137696  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0901  50S ribosomal protein L13  56.34 
 
 		 142 aa  180  7e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2207  50S ribosomal protein L13  58.45 
 
 		 142 aa  179  8.000000000000001e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.146726  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0726  50S ribosomal protein L13  57.64 
 
 		 144 aa  180  8.000000000000001e-45  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.618323  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0138  50S ribosomal protein L13  56.03 
 
 		 145 aa  178  2e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000000668177  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57590  50S ribosomal protein L13  54.93 
 
 		 142 aa  178  2e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000544643  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1881  ribosomal protein L13  55.94 
 
 		 144 aa  179  2e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.366723  normal  0.0642672 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0798  50S ribosomal protein L13  57.75 
 
 		 142 aa  178  2.9999999999999997e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000205698  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0745  ribosomal protein L13  58.45 
 
 		 146 aa  177  2.9999999999999997e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>