More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_0171 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_0171  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 719 aa  1471    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1758  response regulatory protein (sensory transduction system)  30.53 
 
 		 289 aa  140  6e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.110721  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2043  GGDEF domain-containing protein  30.74 
 
 		 289 aa  140  1e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2113  two component transcriptional regulator, AraC family  33.79 
 
 		 538 aa  102  2e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.141697  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15370  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.51 
 
 		 415 aa  99.4  2e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2786  AraC family transcriptional regulator  26.81 
 
 		 411 aa  99  3e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.173826  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1572  AraC-type DNA-binding protein, response regulator  28.32 
 
 		 387 aa  95.1  4e-18  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4578  AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 409 aa  94.4  7e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0591899  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4562  AraC family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 409 aa  93.2  2e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00627934  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5603  AraC family transcriptional regulator  22.78 
 
 		 409 aa  92.8  2e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4969  transcriptional regulator, AraC family  30.73 
 
 		 409 aa  93.2  2e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2113  two component AraC family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 548 aa  92  3e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1633  AraC family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 386 aa  89.7  2e-16  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3127  transcriptional regulator, AraC family  22.6 
 
 		 409 aa  86.3  0.000000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1410  diguanylate cyclase  33.12 
 
 		 497 aa  85.5  0.000000000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4320  transcriptional regulator, AraC family  24.42 
 
 		 427 aa  85.5  0.000000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3115  helix-turn-helix domain-containing protein  23.74 
 
 		 412 aa  85.5  0.000000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1205  AraC family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 440 aa  84.7  0.000000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.909691  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1001  transcriptional regulator, AraC family  30.99 
 
 		 307 aa  84  0.000000000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0410  two component transcriptional regulator, AraC family  37.74 
 
 		 233 aa  84  0.000000000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3148  transcriptional regulator, AraC family  22.36 
 
 		 409 aa  82.4  0.00000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.322003 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2894  AraC family transcriptional regulator  22.36 
 
 		 409 aa  82.4  0.00000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00223441  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3249  two component transcriptional regulator, AraC family  29.02 
 
 		 531 aa  82.8  0.00000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  34.43 
 
 		 515 aa  82.8  0.00000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3282  two component AraC family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 535 aa  82.4  0.00000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3497  AraC family transcriptional regulator  40.37 
 
 		 198 aa  81.6  0.00000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.27794  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3861  two component AraC family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 259 aa  81.3  0.00000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  29.49 
 
 		 457 aa  80.9  0.00000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1925  diguanylate cyclase  26.85 
 
 		 299 aa  80.5  0.00000000000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.201271  normal  0.0141794 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4889  two component AraC family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 288 aa  80.5  0.0000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.298891  hitchhiker  0.00503781 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  35.09 
 
 		 513 aa  80.1  0.0000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0888  AraC family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 369 aa  80.5  0.0000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3751  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  38.53 
 
 		 198 aa  79.3  0.0000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000128468 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3485  AraC family transcriptional regulator  38.53 
 
 		 198 aa  79  0.0000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.781082  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2110  transcriptional regulator, AraC family  28.41 
 
 		 185 aa  79  0.0000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.695339  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3585  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  38.53 
 
 		 198 aa  78.2  0.0000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3869  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  38.53 
 
 		 198 aa  78.2  0.0000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3788  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  38.53 
 
 		 198 aa  77.8  0.0000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  29.05 
 
 		 316 aa  77.8  0.0000000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0600  two component transcriptional regulator, AraC family  40.95 
 
 		 546 aa  77.8  0.0000000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  32.84 
 
 		 519 aa  77.4  0.0000000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3657  AraC family transcriptional regulator  20.75 
 
 		 430 aa  77.4  0.0000000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3772  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  37.61 
 
 		 198 aa  77  0.000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  37.37 
 
 		 287 aa  76.6  0.000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  37.62 
 
 		 286 aa  76.6  0.000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0399  response regulator receiver protein  29.94 
 
 		 365 aa  76.6  0.000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2212  AraC family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 302 aa  76.6  0.000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2535  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 408 aa  75.9  0.000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 1201 aa  75.5  0.000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1459  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  36.79 
 
 		 198 aa  75.5  0.000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000164097 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  30.71 
 
 		 457 aa  75.9  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0610  response regulator PleD  28.93 
 
 		 461 aa  74.7  0.000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.961713  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0575  response regulator PleD  28.93 
 
 		 456 aa  74.7  0.000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3840  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  36.79 
 
 		 198 aa  74.3  0.000000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  27.35 
 
 		 530 aa  74.7  0.000000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1506  helix-turn-helix domain-containing protein  25.75 
 
 		 240 aa  74.7  0.000000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 361 aa  74.3  0.000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2788  transcriptional regulator, AraC family  28 
 
 		 408 aa  74.3  0.000000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000435011  hitchhiker  0.0000000035636 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  30.71 
 
 		 457 aa  74.3  0.000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1624  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  25 
 
 		 673 aa  73.9  0.000000000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1537  transcriptional regulator, AraC family  30.7 
 
 		 282 aa  73.6  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164062  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3164  two component AraC family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 544 aa  73.9  0.00000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0633186  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  34.34 
 
 		 331 aa  73.6  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3508  AraC family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 196 aa  72.8  0.00000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0210792  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  29.05 
 
 		 455 aa  72.8  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  28.92 
 
 		 609 aa  72.8  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  28.99 
 
 		 709 aa  72.4  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1915  AraC family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 775 aa  73.2  0.00000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000415573  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  25.6 
 
 		 316 aa  72.4  0.00000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.103678  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3653  helix-turn-helix domain-containing protein  36.84 
 
 		 240 aa  72.4  0.00000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0555  AraC family DNA-binding response regulator  25.22 
 
 		 529 aa  72.4  0.00000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2917  transcriptional regulator, AraC family  33.65 
 
 		 118 aa  72.4  0.00000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.932782  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  33.33 
 
 		 461 aa  72  0.00000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1537  AraC family transcriptional regulator  22.58 
 
 		 370 aa  71.6  0.00000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0210  AraC family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 274 aa  71.2  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 299 aa  70.9  0.00000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4229  transcriptional regulator, AraC family  26.55 
 
 		 278 aa  70.9  0.00000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 316 aa  70.9  0.00000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0937  transcriptional regulator, AraC family  35.35 
 
 		 291 aa  70.9  0.00000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.440102  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1732  transcriptional regulator, AraC family  29.82 
 
 		 288 aa  70.9  0.00000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0803469 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0135  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 391 aa  70.5  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0106255  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 154 aa  70.5  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  30 
 
 		 386 aa  70.1  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2718  two component transcriptional regulator, AraC family  26.09 
 
 		 259 aa  70.5  0.0000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.32 
 
 		 312 aa  70.1  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  25.9 
 
 		 710 aa  70.5  0.0000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1106  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 309 aa  69.7  0.0000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3807  AraC family two component transcriptional regulator  26.74 
 
 		 289 aa  69.3  0.0000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.536318  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  33.66 
 
 		 537 aa  70.1  0.0000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3986  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  27.86 
 
 		 289 aa  69.7  0.0000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.542106  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0579  two component AraC family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 531 aa  69.3  0.0000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  25.17 
 
 		 466 aa  69.3  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0276  helix-turn-helix domain-containing protein  33.65 
 
 		 291 aa  69.7  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4632  AraC family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 316 aa  69.3  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.569454  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0937  transcriptional regulator, AraC family  21.53 
 
 		 291 aa  68.9  0.0000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.127184  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  34.04 
 
 		 457 aa  68.9  0.0000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3104  response regulator receiver protein  34.26 
 
 		 266 aa  68.9  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3448  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  22.88 
 
 		 608 aa  68.9  0.0000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.838223  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6617  transcriptional regulator, AraC family  33.67 
 
 		 287 aa  68.9  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.131937 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  25.17 
 
 		 460 aa  68.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>