More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_B2368 on replicon NC_007952
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007951  Bxe_A3535  putative L-carnitine dehydratase  89.74 
 
 
427 aa  788    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.304315 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2368  putative L-carnitine dehydratase/bile acid- inducible protein F  100 
 
 
435 aa  890    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.891999  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5552  putative formyl-coenzyme A transferase  69.54 
 
 
429 aa  614  9.999999999999999e-175  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5543  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  60.58 
 
 
421 aa  516  1.0000000000000001e-145  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3594  hypothetical protein  53.42 
 
 
439 aa  404  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.903396  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5761  putative Formyl-coenzyme A transferase (Formyl-CoA transferase  46.47 
 
 
422 aa  370  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.863224  normal  0.4759 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1970  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.38 
 
 
430 aa  327  3e-88  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05820  hypothetical protein  37.84 
 
 
407 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.69 
 
 
418 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0548  hypothetical protein  37.59 
 
 
407 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5625  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.55 
 
 
415 aa  283  3.0000000000000004e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.344287  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6417  Formyl-CoA transferase  38.69 
 
 
418 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.478883  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0159  CAIB/BAIF family protein  38.27 
 
 
406 aa  282  7.000000000000001e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000839359  hitchhiker  0.0000973372 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0845  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.69 
 
 
431 aa  282  9e-75  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0637303 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0839  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.8 
 
 
402 aa  281  2e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00466449  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0204  Alpha-methylacyl-CoA racemase  37.47 
 
 
435 aa  281  2e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491396  normal  0.983612 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0178  Formyl-CoA transferase  37.76 
 
 
406 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000710796  normal  0.705206 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0176  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.59 
 
 
406 aa  280  4e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000247826  normal  0.235552 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2590  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.52 
 
 
402 aa  278  1e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.323692  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2971  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.11 
 
 
419 aa  278  2e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315436  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.84 
 
 
388 aa  277  2e-73  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.41 
 
 
415 aa  277  3e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2908  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.44 
 
 
411 aa  277  3e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.35571  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0420  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.25 
 
 
407 aa  277  3e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1328  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.79 
 
 
394 aa  276  4e-73  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1077  CAIB/BAIF family protein  38.72 
 
 
420 aa  276  5e-73  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.674108  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6435  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.47 
 
 
415 aa  276  7e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145178 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5067  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.1 
 
 
406 aa  276  7e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000803065  hitchhiker  0.00823437 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0062  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.92 
 
 
402 aa  275  9e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0849  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.96 
 
 
433 aa  275  1.0000000000000001e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2914  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.9 
 
 
406 aa  273  3e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.508097  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3015  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.83 
 
 
411 aa  273  5.000000000000001e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.472695  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2771  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.91 
 
 
405 aa  273  5.000000000000001e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3734  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.59 
 
 
411 aa  273  6e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2751  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.21 
 
 
416 aa  271  1e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.31729 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0442  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.69 
 
 
387 aa  271  1e-71  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3330  formyl-CoA transferase  39.4 
 
 
411 aa  271  2e-71  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7130  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.47 
 
 
434 aa  271  2e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4648  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.39 
 
 
406 aa  270  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.166918 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0830  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.78 
 
 
406 aa  270  2.9999999999999997e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0441069  normal  0.0516739 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0118  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.12 
 
 
406 aa  269  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000440239  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0289  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.02 
 
 
409 aa  269  8.999999999999999e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.158157  normal  0.780487 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24920  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.45 
 
 
407 aa  267  2e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534139  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2931  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.33 
 
 
401 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.465124  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5148  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.71 
 
 
407 aa  267  2.9999999999999995e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.392977  normal  0.592286 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3426  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.9 
 
 
403 aa  266  4e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0253848 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0473  CAIB/BAIF family protein  41.03 
 
 
401 aa  266  4e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.471572  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0637  CAIB/BAIF family protein  41.03 
 
 
401 aa  266  4e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0453  CAIB/BAIF family protein  41.03 
 
 
401 aa  266  4e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0396  CAIB/BAIF family protein  40.77 
 
 
401 aa  266  4e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2825  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.65 
 
 
406 aa  266  4e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0265401 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1756  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.02 
 
 
403 aa  266  5e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0218449 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5111  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.14 
 
 
406 aa  266  5e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.658987  normal  0.523719 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2793  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.95 
 
 
401 aa  266  5.999999999999999e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.227769  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4310  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.84 
 
 
424 aa  265  8e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.201554 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1310  Alpha-methylacyl-CoA racemase  37.65 
 
 
406 aa  265  1e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4160  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.06 
 
 
407 aa  265  1e-69  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3791  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.47 
 
 
407 aa  265  1e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0813  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.04 
 
 
406 aa  265  1e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.279858  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0409  Formyl-CoA transferase  36.34 
 
 
396 aa  265  2e-69  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3414  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.85 
 
 
412 aa  263  3e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4099  acyl-CoA transferase/L-carnitine dehydratase CaiB  36.59 
 
 
411 aa  263  4.999999999999999e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0342589  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1398  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.41 
 
 
418 aa  262  6.999999999999999e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1069  CaiB/BaiF family protein  39.56 
 
 
411 aa  262  8e-69  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0796  putative transmembrane protein  38.3 
 
 
420 aa  262  8.999999999999999e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3231  CAIB/BAIF family protein  40.51 
 
 
401 aa  262  8.999999999999999e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0034  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.09 
 
 
409 aa  262  8.999999999999999e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2812  CAIB/BAIF family protein  40.51 
 
 
401 aa  262  8.999999999999999e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0207  CAIB/BAIF family protein  40.51 
 
 
401 aa  262  8.999999999999999e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.515803  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1385  CAIB/BAIF family protein  40.51 
 
 
401 aa  262  8.999999999999999e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.408143  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5013  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.61 
 
 
406 aa  262  1e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0417063  normal  0.0551154 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0743  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.04 
 
 
406 aa  262  1e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.542273  normal  0.492598 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4428  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.01 
 
 
407 aa  261  1e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000922953  normal  0.414571 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2887  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.43 
 
 
401 aa  261  2e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.289281  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5189  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.79 
 
 
406 aa  261  2e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0395978  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4668  CAIB/BAIF family protein  34.64 
 
 
390 aa  260  3e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3087  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.44 
 
 
411 aa  260  3e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1329  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.54 
 
 
423 aa  260  3e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.94269  normal  0.646992 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6218  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.43 
 
 
401 aa  260  4e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.50881  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3546  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.89 
 
 
411 aa  259  5.0000000000000005e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.906288  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2876  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.43 
 
 
401 aa  259  6e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.251841  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2262  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.43 
 
 
401 aa  259  6e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0831367  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3421  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.25 
 
 
416 aa  258  1e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2211  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.77 
 
 
426 aa  258  1e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.859864 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3874  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.86 
 
 
416 aa  258  2e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.535763  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5106  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.52 
 
 
407 aa  258  2e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.912284  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2948  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.14 
 
 
416 aa  258  2e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1614  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.59 
 
 
406 aa  257  3e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.553519 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5109  putative L-carnitine dehydrogenase  36.54 
 
 
408 aa  257  3e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.367445  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0458  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.32 
 
 
429 aa  257  3e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0806  L-carnitine dehydratase  37.5 
 
 
423 aa  256  4e-67  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.262656  normal  0.194155 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3771  Formyl-CoA transferase  37.8 
 
 
395 aa  256  4e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.531066  normal  0.292423 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2484  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.03 
 
 
407 aa  256  4e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0601081  normal  0.0181338 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0047  Formyl-CoA transferase  35.31 
 
 
412 aa  256  5e-67  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.386629  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3860  Formyl-CoA transferase  37.5 
 
 
396 aa  256  5e-67  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0478269 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0937  Formyl-CoA transferase  36.32 
 
 
407 aa  256  5e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6415  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.31 
 
 
394 aa  255  9e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.835321 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5460  CAIB/BAIF family protein  35.31 
 
 
406 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0019674  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5512  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.81 
 
 
403 aa  255  1.0000000000000001e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2624  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.65 
 
 
399 aa  255  1.0000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>