More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_A3594 on replicon NC_007951
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007951  Bxe_A3594  hypothetical protein  100 
 
 
439 aa  900    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.903396  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5552  putative formyl-coenzyme A transferase  55.86 
 
 
429 aa  444  1e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3535  putative L-carnitine dehydratase  53.05 
 
 
427 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.304315 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2368  putative L-carnitine dehydratase/bile acid- inducible protein F  53.42 
 
 
435 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.891999  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5543  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.9 
 
 
421 aa  409  1e-113  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5761  putative Formyl-coenzyme A transferase (Formyl-CoA transferase  48.36 
 
 
422 aa  363  3e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.863224  normal  0.4759 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1038  Alpha-methylacyl-CoA racemase  36.29 
 
 
413 aa  272  9e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000337447  normal  0.997405 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3330  formyl-CoA transferase  36.65 
 
 
411 aa  268  2e-70  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2908  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.8 
 
 
411 aa  266  5e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.35571  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.78 
 
 
418 aa  265  1e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2211  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.15 
 
 
426 aa  263  6e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.859864 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1970  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.72 
 
 
430 aa  263  6.999999999999999e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0845  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.56 
 
 
431 aa  262  6.999999999999999e-69  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0637303 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6417  Formyl-CoA transferase  36.52 
 
 
418 aa  262  8e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.478883  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2484  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.71 
 
 
407 aa  262  1e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0601081  normal  0.0181338 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0204  Alpha-methylacyl-CoA racemase  35.47 
 
 
435 aa  261  2e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491396  normal  0.983612 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2971  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.98 
 
 
419 aa  260  3e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315436  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2914  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.82 
 
 
406 aa  259  7e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.508097  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5748  acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  37.72 
 
 
395 aa  259  9e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0681269  normal  0.471663 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0839  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.19 
 
 
402 aa  258  2e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00466449  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5189  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.61 
 
 
406 aa  257  2e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0395978  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3421  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.01 
 
 
416 aa  258  2e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3426  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.31 
 
 
403 aa  257  3e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0253848 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1069  CaiB/BaiF family protein  38.9 
 
 
411 aa  256  4e-67  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2154  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.63 
 
 
413 aa  256  5e-67  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.575353  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1329  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.31 
 
 
423 aa  256  5e-67  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.94269  normal  0.646992 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0047  Formyl-CoA transferase  37.03 
 
 
412 aa  256  7e-67  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.386629  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0458  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.43 
 
 
429 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0244  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.62 
 
 
395 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0937  Formyl-CoA transferase  36.99 
 
 
407 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2590  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.59 
 
 
402 aa  254  3e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.323692  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3024  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.46 
 
 
416 aa  253  3e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.370383  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2771  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.66 
 
 
405 aa  253  5.000000000000001e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6435  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.71 
 
 
415 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145178 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5625  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.98 
 
 
415 aa  253  5.000000000000001e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.344287  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1077  CAIB/BAIF family protein  37.5 
 
 
420 aa  252  7e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.674108  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0899  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.99 
 
 
407 aa  252  9.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5111  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.31 
 
 
406 aa  252  1e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.658987  normal  0.523719 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0247  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.31 
 
 
382 aa  252  1e-65  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0289  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.73 
 
 
409 aa  251  1e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.158157  normal  0.780487 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3734  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.5 
 
 
411 aa  251  2e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4198  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.91 
 
 
401 aa  251  2e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0409  Formyl-CoA transferase  34.6 
 
 
396 aa  251  2e-65  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3015  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.5 
 
 
411 aa  251  2e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.472695  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5106  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.24 
 
 
407 aa  250  3e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.912284  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1310  Alpha-methylacyl-CoA racemase  35.07 
 
 
406 aa  250  3e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2997  Alpha-methylacyl-CoA racemase  36.63 
 
 
419 aa  250  4e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4648  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.06 
 
 
406 aa  249  5e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.166918 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3300  acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  34.91 
 
 
389 aa  249  6e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.217224 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0846  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.05 
 
 
415 aa  249  8e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2825  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.58 
 
 
406 aa  249  8e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0265401 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4668  CAIB/BAIF family protein  33.59 
 
 
390 aa  247  2e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0456  CAIB/BAIF family protein  34.58 
 
 
406 aa  248  2e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367298  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0704  CAIB/BAIF family protein  34.58 
 
 
406 aa  248  2e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.504433  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4039  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.53 
 
 
407 aa  248  2e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.194141  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1635  CAIB/BAIF family protein  34.58 
 
 
406 aa  248  2e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0382163  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1658  CAIB/BAIF family protein  34.58 
 
 
406 aa  248  2e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0837995  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1814  CAIB/BAIF family protein  34.49 
 
 
544 aa  247  3e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00543882  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2662  CAIB/BAIF family protein  34.83 
 
 
406 aa  247  3e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0894  CAIB/BAIF family protein  34.49 
 
 
577 aa  247  4e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.846716  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1851  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.56 
 
 
404 aa  246  4e-64  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.990249  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1422  CAIB/BAIF family protein  34.49 
 
 
568 aa  247  4e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.498676  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0039  Formyl-CoA transferase  36.92 
 
 
406 aa  246  4.9999999999999997e-64  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0899  Formyl-CoA transferase  35.21 
 
 
427 aa  246  6.999999999999999e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1907  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.49 
 
 
452 aa  246  6.999999999999999e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.323218 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1398  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.25 
 
 
418 aa  246  6.999999999999999e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1328  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.7 
 
 
394 aa  246  6.999999999999999e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0151  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.47 
 
 
450 aa  245  9e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0442  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.03 
 
 
387 aa  244  1.9999999999999999e-63  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0133  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.56 
 
 
428 aa  244  1.9999999999999999e-63  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6256  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.61 
 
 
406 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.326861  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3414  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.32 
 
 
412 aa  244  1.9999999999999999e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3087  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.02 
 
 
411 aa  244  3e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0159  CAIB/BAIF family protein  33.33 
 
 
406 aa  243  6e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000839359  hitchhiker  0.0000973372 
 
 
-
 
NC_006684  CNB03190  expressed protein  33.49 
 
 
450 aa  243  6e-63  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0170398  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2399  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.7 
 
 
389 aa  243  7e-63  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1614  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34 
 
 
406 aa  242  1e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.553519 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05820  hypothetical protein  34.81 
 
 
407 aa  241  2e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0558  Formyl-CoA transferase  37.94 
 
 
396 aa  241  2e-62  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0905  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.7 
 
 
410 aa  241  2.9999999999999997e-62  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.36953  normal  0.0364065 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.31 
 
 
413 aa  240  2.9999999999999997e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0176  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33 
 
 
406 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000247826  normal  0.235552 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0178  Formyl-CoA transferase  33.09 
 
 
406 aa  240  4e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000710796  normal  0.705206 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2751  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.66 
 
 
416 aa  240  5e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.31729 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4099  acyl-CoA transferase/L-carnitine dehydratase CaiB  34.52 
 
 
411 aa  239  5.999999999999999e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0342589  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3771  Formyl-CoA transferase  37.08 
 
 
395 aa  239  9e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.531066  normal  0.292423 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.47 
 
 
388 aa  238  1e-61  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3187  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.58 
 
 
395 aa  238  1e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5109  putative L-carnitine dehydrogenase  33.66 
 
 
408 aa  239  1e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.367445  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3860  Formyl-CoA transferase  37.22 
 
 
396 aa  237  2e-61  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0478269 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2624  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.64 
 
 
399 aa  238  2e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0830  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.99 
 
 
406 aa  238  2e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0441069  normal  0.0516739 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0548  hypothetical protein  34.32 
 
 
407 aa  238  2e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1285  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.16 
 
 
426 aa  237  3e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0637  CAIB/BAIF family protein  37.4 
 
 
401 aa  237  3e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0473  CAIB/BAIF family protein  37.4 
 
 
401 aa  237  3e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.471572  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1386  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.42 
 
 
406 aa  237  3e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.331191  normal  0.197084 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2408  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.45 
 
 
418 aa  237  3e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0207  CAIB/BAIF family protein  33.91 
 
 
413 aa  237  3e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0062  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.57 
 
 
402 aa  237  3e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>