More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_4132 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010676  Bphyt_4132  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 
329 aa  667    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0558  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  83.08 
 
 
331 aa  546  1e-154  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1631  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  58.95 
 
 
316 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.817449  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0573  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  54.49 
 
 
321 aa  351  1e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1503  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  57.34 
 
 
316 aa  351  1e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.137642  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  57.39 
 
 
316 aa  349  4e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.39428  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4745  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  57.19 
 
 
316 aa  348  6e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.193376  normal  0.645584 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2475  binding protein component precursor of ABC ribose transporter  57.04 
 
 
320 aa  347  2e-94  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1583  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  56.69 
 
 
316 aa  346  2e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0401008  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1997  ABC ribose transporter, periplasmic ligand binding protein  54.72 
 
 
320 aa  347  2e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.192656  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1126  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  56.69 
 
 
316 aa  346  2e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.217978  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1606  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  56.69 
 
 
316 aa  346  2e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.099451  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2019  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  57.04 
 
 
320 aa  346  3e-94  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.395211  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2263  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  54.72 
 
 
320 aa  346  3e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1853  putative ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  57.04 
 
 
320 aa  346  3e-94  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1866  putative ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  57.04 
 
 
376 aa  345  7e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1237  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  54.46 
 
 
318 aa  340  2e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0190495  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4157  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  54.64 
 
 
321 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.645067 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1919  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  54.23 
 
 
318 aa  323  3e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.186495  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39350  binding protein component precursor of ABC ribose transporter  53.35 
 
 
319 aa  323  3e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.743894 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3346  ribose ABC transporter periplasmic binding protein  49.55 
 
 
337 aa  317  1e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.694286  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2367  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  52.41 
 
 
319 aa  311  1e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.107926  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2151  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  52.76 
 
 
319 aa  311  1e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.144836  normal  0.707296 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0882  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  48.89 
 
 
319 aa  305  9.000000000000001e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.577745  normal  0.335079 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3492  monosaccharide-transporting ATPase  52.63 
 
 
319 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.324039 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3236  monosaccharide-transporting ATPase  52.63 
 
 
319 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.271334  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2454  monosaccharide-transporting ATPase  52.63 
 
 
319 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0947  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  51.77 
 
 
319 aa  303  3.0000000000000004e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.103002  normal  0.0230828 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1017  sugar-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  53.36 
 
 
319 aa  301  7.000000000000001e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.353153  normal  0.189775 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1956  monosaccharide-transporting ATPase  51.93 
 
 
318 aa  297  2e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0141518 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4636  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  53.17 
 
 
318 aa  287  2e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2133  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  48.72 
 
 
320 aa  286  2.9999999999999996e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4196  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  50.16 
 
 
318 aa  276  5e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2204  monosaccharide-transporting ATPase  39.06 
 
 
335 aa  222  6e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00482964  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2807  monosaccharide-transporting ATPase  35.24 
 
 
326 aa  201  9.999999999999999e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.538449  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4597  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.49 
 
 
328 aa  199  7.999999999999999e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0491755 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4334  Monosaccharide-transporting ATPase  34.84 
 
 
327 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.731249 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3087  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.17 
 
 
343 aa  185  9e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.154884  normal  0.401469 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0767  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  30.41 
 
 
312 aa  144  3e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000173406  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1110  transcriptional regulator, periplasmic binding protein of LacI family protein  31.8 
 
 
334 aa  138  1e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.963711  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3044  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.87 
 
 
330 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03960  D-allose transporter subunit  31.02 
 
 
311 aa  123  4e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3903  Monosaccharide-transporting ATPase  31.02 
 
 
311 aa  123  4e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3938  D-allose transporter subunit  31.02 
 
 
311 aa  123  4e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03920  hypothetical protein  31.02 
 
 
311 aa  123  4e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4554  D-allose transporter subunit  31.02 
 
 
313 aa  123  5e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1618  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.37 
 
 
316 aa  119  4.9999999999999996e-26  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2906  Monosaccharide-transporting ATPase  29.82 
 
 
308 aa  116  5e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0655902 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7364  ABC transporter substrate binding protein  30.49 
 
 
316 aa  108  8.000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.180283  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3328  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.96 
 
 
311 aa  108  1e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0273  RbsB protein  26.62 
 
 
364 aa  108  2e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2277  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.69 
 
 
321 aa  106  4e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.455143  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4898  D-ribose transporter subunit RbsB  26.35 
 
 
296 aa  105  1e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00612951  hitchhiker  0.000000869292 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4113  D-ribose transporter subunit RbsB  25.91 
 
 
296 aa  104  2e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.114782  normal  0.0406773 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2124  Monosaccharide-transporting ATPase  29.84 
 
 
316 aa  104  2e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0039  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.04 
 
 
320 aa  103  5e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0166  monosaccharide-transporting ATPase  26.24 
 
 
307 aa  100  3e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3001  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.14 
 
 
343 aa  99.8  5e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2685  Monosaccharide-transporting ATPase  24.35 
 
 
306 aa  99  9e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.450778  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4111  D-ribose transporter subunit RbsB  26.12 
 
 
296 aa  99  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.817672  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50320  ABC transporter substrate binding protein  31.02 
 
 
315 aa  98.6  1e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.193489  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4167  D-ribose transporter subunit RbsB  26.12 
 
 
296 aa  99  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4217  D-ribose transporter subunit RbsB  26.12 
 
 
296 aa  99  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  normal  0.765182 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4096  D-ribose transporter subunit RbsB  26.12 
 
 
296 aa  99  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4267  D-ribose transporter subunit RbsB  25.75 
 
 
294 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00505283  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03637  D-ribose transporter subunit  24.92 
 
 
296 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00458293  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5187  D-ribose transporter subunit RbsB  24.92 
 
 
296 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0574953  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4119  D-ribose transporter subunit RbsB  24.92 
 
 
296 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.161287 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03582  hypothetical protein  24.92 
 
 
296 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00518541  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4243  D-ribose transporter subunit RbsB  24.92 
 
 
296 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00260164 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3967  D-ribose transporter subunit RbsB  25.75 
 
 
294 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.56483  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4216  Monosaccharide-transporting ATPase  24.92 
 
 
296 aa  97.1  4e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4276  D-ribose transporter subunit RbsB  25.75 
 
 
296 aa  97.1  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09540  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.36 
 
 
320 aa  96.7  6e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0566218  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06143  D-ribose transporter subunit RbsB  24.76 
 
 
292 aa  95.9  9e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3975  D-ribose transporter subunit RbsB  27.12 
 
 
296 aa  95.1  1e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0740173  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1871  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.66 
 
 
314 aa  95.5  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.37 
 
 
315 aa  95.1  1e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2801  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.08 
 
 
310 aa  93.6  4e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3294  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.87 
 
 
318 aa  93.6  4e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4172  D-ribose transporter subunit RbsB  26.69 
 
 
296 aa  93.2  5e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000287299  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000339  ribose ABC transport system ribose-binding protein RbsB  24.43 
 
 
292 aa  93.6  5e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4525  D-ribose transporter subunit RbsB  25.98 
 
 
295 aa  93.2  6e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00203677  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1794  monosaccharide-transporting ATPase  29.13 
 
 
295 aa  93.2  6e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4235  D-ribose transporter subunit RbsB  25.98 
 
 
295 aa  92.8  7e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000930744  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2026  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.17 
 
 
320 aa  92.4  9e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0344  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.25 
 
 
306 aa  92  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2902  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.97 
 
 
349 aa  92  1e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0247  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.46 
 
 
348 aa  91.7  1e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.626925  normal  0.777752 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  23.59 
 
 
289 aa  92.4  1e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3338  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.86 
 
 
312 aa  91.7  2e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26220  Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator protein  25.85 
 
 
308 aa  89.7  6e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2435  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  27.78 
 
 
316 aa  89.4  7e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.919395  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2160  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.63 
 
 
301 aa  89.4  8e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0343  D-ribose transporter subunit RbsB  24.62 
 
 
292 aa  89  9e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0583  monosaccharide-transporting ATPase  28.57 
 
 
307 aa  89  1e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3000  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.82 
 
 
312 aa  88.2  2e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.434934  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1684  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.15 
 
 
313 aa  87.8  2e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.181861  normal  0.351536 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0008  D-ribose transporter subunit RbsB  22.92 
 
 
294 aa  87.8  2e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50140  Periplasmic substrate-binding protein of sugar ABC transporter  27.04 
 
 
310 aa  87.4  3e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>