More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bfae_08660 on replicon NC_013172
Organism: Brachybacterium faecium DSM 4810



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013172  Bfae_08660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  100 
 
 		 305 aa  590  1e-167  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0554  pseudouridine synthase  44.69 
 
 		 299 aa  190  2.9999999999999997e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  41.33 
 
 		 303 aa  185  9e-46  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.727795 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5332  pseudouridine synthase  42.66 
 
 		 302 aa  183  3e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.776192  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13329  hypothetical protein  45.52 
 
 		 305 aa  183  4.0000000000000006e-45  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0617  pseudouridine synthase  38.67 
 
 		 314 aa  182  9.000000000000001e-45  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4820  pseudouridine synthase  44.7 
 
 		 286 aa  181  1e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0140866 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0745  pseudouridine synthase  37.9 
 
 		 326 aa  179  2.9999999999999997e-44  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0672  pseudouridine synthase  42.86 
 
 		 309 aa  179  4.999999999999999e-44  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.526087  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4011  pseudouridine synthase  42.91 
 
 		 305 aa  179  7e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0431  pseudouridine synthase  45.15 
 
 		 317 aa  179  8e-44  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.344664  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1621  pseudouridine synthase  42.8 
 
 		 285 aa  176  3e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0153149 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4309  pseudouridine synthase  39.61 
 
 		 310 aa  175  8e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03250  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  37.89 
 
 		 348 aa  173  2.9999999999999996e-42  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.243016  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3559  pseudouridine synthase  41.28 
 
 		 304 aa  172  3.9999999999999995e-42  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0639  pseudouridine synthase  39.02 
 
 		 362 aa  166  4e-40  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.898355 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1895  pseudouridine synthase  37.54 
 
 		 302 aa  165  6.9999999999999995e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1623  pseudouridine synthase  40.48 
 
 		 292 aa  164  2.0000000000000002e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.449518  normal  0.260522 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4738  pseudouridine synthase  37.76 
 
 		 303 aa  163  3e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38090  putative pseudouridylate synthase  40.4 
 
 		 300 aa  161  1e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0112741 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3244  RNA pseudouridine synthase family protein  40.56 
 
 		 275 aa  159  6e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1453  pseudouridine synthase  38.11 
 
 		 293 aa  157  2e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2605  pseudouridine synthase  36.59 
 
 		 314 aa  157  3e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.602447 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2953  pseudouridine synthase  35.71 
 
 		 293 aa  156  4e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2937  pseudouridine synthase  36.95 
 
 		 302 aa  154  2e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.519419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1330  pseudouridine synthase  35.49 
 
 		 293 aa  153  4e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0166738  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2674  pseudouridine synthase  37.31 
 
 		 307 aa  152  8.999999999999999e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0930515 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3964  pseudouridine synthase  38.49 
 
 		 297 aa  150  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1777  pseudouridine synthase  37.5 
 
 		 304 aa  151  2e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1251  pseudouridine synthase  41.91 
 
 		 287 aa  150  3e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.375028  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1268  pseudouridine synthase  41.91 
 
 		 287 aa  150  3e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2906  pseudouridine synthase  36.77 
 
 		 303 aa  150  4e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.932753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1278  pseudouridine synthase  41.61 
 
 		 287 aa  149  4e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.175088 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4251  pseudouridine synthase  35.61 
 
 		 305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00270285  normal  0.0267319 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1212  pseudouridine synthase  34.93 
 
 		 299 aa  147  3e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.415796  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0257  pseudouridine synthase  33.79 
 
 		 293 aa  146  4.0000000000000006e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0319588  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1531  pseudouridine synthase  33.78 
 
 		 303 aa  145  9e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.216028 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1652  pseudouridine synthase  36.95 
 
 		 294 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.192086  normal  0.562298 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4073  pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 312 aa  143  5e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0572  pseudouridine synthase  35.07 
 
 		 306 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3557  pseudouridine synthase  32.63 
 
 		 326 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.656396  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1629  pseudouridine synthase  37.59 
 
 		 294 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.876181  normal  0.456368 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3348  pseudouridine synthase  31.82 
 
 		 313 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0242654 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20160  RNA pseudouridine synthase family protein  37.37 
 
 		 301 aa  139  7.999999999999999e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3629  pseudouridine synthase  36.43 
 
 		 301 aa  138  8.999999999999999e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2349  RNA pseudouridine synthase family protein  36.08 
 
 		 296 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.189292  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2133  pseudouridine synthase  35.74 
 
 		 313 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.112549  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08910  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  40.84 
 
 		 316 aa  137  2e-31  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.267328  normal  0.027473 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0932  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  38.71 
 
 		 254 aa  137  2e-31  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0506  pseudouridine synthase  32.88 
 
 		 309 aa  137  2e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.95991 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0418  pseudouridine synthase  34.75 
 
 		 308 aa  136  4e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0482  pseudouridine synthase  31.58 
 
 		 312 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0519  pseudouridine synthase  33.47 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3712  pseudouridine synthase  35.68 
 
 		 305 aa  134  3e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3537  pseudouridine synthase  35.02 
 
 		 308 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.966501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0459  pseudouridine synthase  32.22 
 
 		 305 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0433  pseudouridine synthase  31.8 
 
 		 305 aa  126  5e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0445  pseudouridine synthase  31.8 
 
 		 303 aa  126  5e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3881  pseudouridine synthase  31.69 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.792189  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0549  pseudouridine synthase  30.56 
 
 		 312 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02575  pseudouridylate synthase  38.16 
 
 		 206 aa  115  7.999999999999999e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2804  pseudouridylate synthase  34.96 
 
 		 215 aa  90.9  2e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.257511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0072  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  31.6 
 
 		 217 aa  89.4  6e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2529  pseudouridine synthase  31.82 
 
 		 578 aa  86.3  6e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0107  pseudouridine synthase, RluA family  31.64 
 
 		 304 aa  84.3  0.000000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0569  putative RNA pseudouridylate synthase  30.7 
 
 		 561 aa  82.4  0.000000000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0213  pseudouridine synthase  35.75 
 
 		 240 aa  81.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0138576 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1430  pseudouridine synthase  31.03 
 
 		 223 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2067  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.27 
 
 		 294 aa  80.9  0.00000000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08290  pseudouridine synthase, RluA family  28.71 
 
 		 310 aa  80.9  0.00000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3106  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32 
 
 		 219 aa  80.5  0.00000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.774477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0035  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 221 aa  79.7  0.00000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1969  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 541 aa  79.7  0.00000000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.434828  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1883  pseudouridine synthase  33.97 
 
 		 264 aa  79.3  0.00000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4177  pseudouridine synthase, RluD  32.05 
 
 		 318 aa  79  0.00000000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.463318  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0315  pseudouridine synthase  32.64 
 
 		 264 aa  78.6  0.0000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  31.65 
 
 		 223 aa  78.6  0.0000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0072267 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3242  pseudouridine synthase, RluA family  29.32 
 
 		 303 aa  78.6  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.341693  normal  0.607359 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5337  pseudouridine synthase  34.78 
 
 		 224 aa  78.6  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.588803  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4308  pseudouridine synthase, RluA family  32.59 
 
 		 323 aa  77.4  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1377  pseudouridylate synthase  30.3 
 
 		 223 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000802724 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1442  pseudouridylate synthase  31.42 
 
 		 223 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.81175  normal  0.0720615 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1610  pseudouridine synthase  31.08 
 
 		 211 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00911925  normal  0.237577 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0410  pseudouridine synthase  29.26 
 
 		 246 aa  77.4  0.0000000000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.503733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0688  pseudouridine synthase  31.69 
 
 		 593 aa  77  0.0000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.241992  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1358  pseudouridine synthase, RluA family  36.81 
 
 		 303 aa  77  0.0000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.364414  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0963  pseudouridine synthase  30.57 
 
 		 314 aa  76.6  0.0000000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.334173  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0155  pseudouridine synthase  29.91 
 
 		 215 aa  76.3  0.0000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.62363 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4020  pseudouridine synthase, RluA family  27.12 
 
 		 306 aa  76.3  0.0000000000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1506  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  29.91 
 
 		 215 aa  76.3  0.0000000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  31.02 
 
 		 560 aa  75.9  0.0000000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4330  pseudouridine synthase, RluA family  31.7 
 
 		 323 aa  75.9  0.0000000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3978  pseudouridine synthase, RluA family  27.12 
 
 		 306 aa  75.5  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0886  pseudouridine synthase  32.62 
 
 		 579 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4781  pseudouridine synthase Rlu family protein  30.23 
 
 		 224 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0134814  unclonable  0.0000000101532 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1328  pseudouridine synthase RluA-like  28.25 
 
 		 238 aa  74.3  0.000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.182697  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2722  pseudouridine synthase  36.07 
 
 		 239 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2328  pseudouridine synthase  31.38 
 
 		 567 aa  74.7  0.000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1467  pseudouridine synthase  29.65 
 
 		 217 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4390  pseudouridine synthase Rlu family protein  30.81 
 
 		 224 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000480203 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>