More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen2424_6398 on replicon NC_008544
Organism: Burkholderia cenocepacia HI2424



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008544  Bcen2424_6398  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
306 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.737732  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1431  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
306 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53118  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2331  LysR family transcriptional regulator  42 
 
 
305 aa  211  2e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0724376  normal  0.145615 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  39.33 
 
 
305 aa  203  4e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  39.33 
 
 
305 aa  203  4e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.33 
 
 
305 aa  203  4e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.33 
 
 
305 aa  203  4e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.33 
 
 
305 aa  203  4e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.33 
 
 
305 aa  203  4e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  39.33 
 
 
305 aa  203  4e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.33 
 
 
305 aa  203  4e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.4 
 
 
307 aa  203  4e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.33 
 
 
305 aa  203  4e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.2 
 
 
302 aa  202  5e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39 
 
 
305 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39 
 
 
305 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39 
 
 
305 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39 
 
 
305 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39 
 
 
305 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.4 
 
 
307 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.26 
 
 
308 aa  199  3e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.88 
 
 
303 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.22 
 
 
303 aa  199  5e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.88 
 
 
303 aa  199  5e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.41 
 
 
306 aa  199  6e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.22 
 
 
308 aa  197  1.0000000000000001e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 
317 aa  197  2.0000000000000003e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.2 
 
 
303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.2 
 
 
303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.2 
 
 
303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.88 
 
 
303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.2 
 
 
303 aa  196  3e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.2 
 
 
303 aa  196  3e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.2 
 
 
303 aa  196  3e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.2 
 
 
303 aa  196  3e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  39.09 
 
 
306 aa  196  4.0000000000000005e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.85 
 
 
304 aa  196  6e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.76 
 
 
306 aa  195  8.000000000000001e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0279  transcriptional regulator, LysR family  41.31 
 
 
308 aa  195  8.000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.126577  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.86 
 
 
303 aa  194  1e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.2 
 
 
303 aa  195  1e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.2 
 
 
303 aa  194  1e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.2 
 
 
303 aa  194  2e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0495  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 
301 aa  194  2e-48  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000126497  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 
318 aa  192  4e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.42 
 
 
303 aa  190  2e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.19 
 
 
303 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.21 
 
 
293 aa  188  1e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.42 
 
 
305 aa  187  2e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.53 
 
 
312 aa  187  2e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.45 
 
 
307 aa  186  4e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.21 
 
 
310 aa  186  5e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  41.33 
 
 
295 aa  186  5e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.67 
 
 
300 aa  185  7e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.42 
 
 
305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.42 
 
 
305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.42 
 
 
305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 
308 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.05 
 
 
294 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 
311 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3319  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 
296 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.159195  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  37.13 
 
 
314 aa  182  8.000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  39.73 
 
 
312 aa  182  8.000000000000001e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.21 
 
 
294 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.87 
 
 
294 aa  181  1e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.21 
 
 
294 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.88 
 
 
293 aa  180  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.88 
 
 
293 aa  180  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.88 
 
 
293 aa  180  2e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 
317 aa  181  2e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  39.8 
 
 
312 aa  181  2e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.21 
 
 
294 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.21 
 
 
294 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  39.14 
 
 
300 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  37.22 
 
 
315 aa  179  4e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.88 
 
 
294 aa  179  7e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  38.96 
 
 
300 aa  179  7e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.1 
 
 
305 aa  177  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 
301 aa  177  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.25 
 
 
320 aa  175  7e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2568  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 
294 aa  175  8e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0325  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.7 
 
 
320 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0295  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 
294 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  39.14 
 
 
296 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0181  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.36 
 
 
320 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  39.14 
 
 
296 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3697  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 
290 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4192  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 
290 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3885  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 
290 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.19798 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1692  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 
305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3689  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 
290 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0256  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 
290 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3994  transcriptional regulator, LysR family  35.57 
 
 
290 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4104  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 
290 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.54 
 
 
322 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4074  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 
290 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 
311 aa  173  2.9999999999999996e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 
296 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0187  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.7 
 
 
320 aa  172  5e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.163484  normal  0.742641 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.28 
 
 
321 aa  172  5e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>