More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5071 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_4982  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  87.95 
 
 
390 aa  735    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.601828  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3056  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  97.95 
 
 
390 aa  805    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2836  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  88.46 
 
 
390 aa  740    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.182529  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3211  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  99.49 
 
 
390 aa  813    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.514043  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5055  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  97.18 
 
 
390 aa  798    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.902489  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5071  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  100 
 
 
390 aa  814    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435068  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4374  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  97.18 
 
 
390 aa  799    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5805  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  97.18 
 
 
390 aa  798    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.598482  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2709  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  84.92 
 
 
398 aa  701    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0606445  normal  0.111519 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3195  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  73.33 
 
 
390 aa  613  9.999999999999999e-175  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2447  putative mandelate racemase/muconate lactonizing protein  67.1 
 
 
391 aa  568  1e-161  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.549803  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3074  hypothetical protein  67.26 
 
 
391 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.315148  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36070  hypothetical protein  66.75 
 
 
391 aa  560  1e-158  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000846029 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3874  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  44.51 
 
 
401 aa  304  2.0000000000000002e-81  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0228827  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3926  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  40.06 
 
 
409 aa  235  9e-61  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09220  Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  34.86 
 
 
394 aa  207  2e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.986442  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0174  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.98 
 
 
398 aa  204  2e-51  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.348827 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0291  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.17 
 
 
403 aa  200  3e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2257  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  41.06 
 
 
372 aa  196  5.000000000000001e-49  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009048  PICST_50672  hypothetical protein unknown function  34.23 
 
 
429 aa  196  5.000000000000001e-49  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.482129 
 
 
-
 
NC_006684  CNB05750  racemase, putative  35.14 
 
 
423 aa  196  6e-49  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0461425  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5689  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.28 
 
 
392 aa  196  6e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.905556 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1207  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.5 
 
 
392 aa  195  1e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1030  putative mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  36.28 
 
 
392 aa  194  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.778904  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6625  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.28 
 
 
394 aa  193  4e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05672  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein (AFU_orthologue; AFUA_7G04350)  33.04 
 
 
425 aa  189  5e-47  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0812172  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1493  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  34.81 
 
 
395 aa  189  5.999999999999999e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.227667  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6403  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  34.9 
 
 
392 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6636  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.9 
 
 
392 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.159226  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3468  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.1 
 
 
392 aa  188  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.128866 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6234  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.9 
 
 
392 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.297392  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3399  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.6 
 
 
392 aa  183  3e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.645647  normal  0.408285 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2518  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.49 
 
 
372 aa  181  2e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0286824  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3855  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.99 
 
 
370 aa  176  6e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.552694  normal  0.795222 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0636  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.76 
 
 
422 aa  176  9e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.893544 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4435  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.36 
 
 
377 aa  175  9.999999999999999e-43  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0118641  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0864  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34 
 
 
373 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5182  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.86 
 
 
403 aa  172  7.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.028896  normal  0.168371 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4981  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.32 
 
 
389 aa  171  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.713473  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0822  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.54 
 
 
370 aa  170  3e-41  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2405  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.24 
 
 
374 aa  169  5e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.44174  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5451  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.33 
 
 
403 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.911825  normal  0.0412246 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0897  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  30.22 
 
 
387 aa  166  5e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.129101  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1308  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.66 
 
 
384 aa  166  5.9999999999999996e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.577493  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4533  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  28.77 
 
 
384 aa  166  8e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00790465  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5897  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.66 
 
 
382 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.335458  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5866  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.87 
 
 
389 aa  164  3e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0167811  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5118  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  30.23 
 
 
382 aa  164  3e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808237  normal  0.197598 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1685  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.43 
 
 
400 aa  163  4.0000000000000004e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.322016  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1946  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  28.61 
 
 
378 aa  162  7e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  31.01 
 
 
376 aa  162  7e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0951632  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5534  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.78 
 
 
404 aa  160  4e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2580  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.96 
 
 
369 aa  160  5e-38  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2597  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.12 
 
 
388 aa  157  2e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.598556  normal  0.375027 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2476  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.1 
 
 
378 aa  157  4e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4454  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  30.81 
 
 
385 aa  156  5.0000000000000005e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3388  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  31.86 
 
 
401 aa  156  7e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3858  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.53 
 
 
373 aa  156  7e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0581351  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2389  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  31.86 
 
 
405 aa  155  8e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3574  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.8 
 
 
387 aa  155  9e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.410724  normal  0.113329 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6032  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.44 
 
 
395 aa  155  1e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.159313  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2401  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  31.56 
 
 
401 aa  155  1e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02173  predicted enolase  31.56 
 
 
405 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1411  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.56 
 
 
401 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.697139  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2635  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  31.56 
 
 
401 aa  154  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.944785 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2519  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  31.56 
 
 
401 aa  154  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3949  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.14 
 
 
388 aa  154  2.9999999999999998e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.841858  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2427  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  31.56 
 
 
401 aa  154  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02132  hypothetical protein  31.56 
 
 
405 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1402  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.56 
 
 
401 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.25889  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2476  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  31.56 
 
 
401 aa  154  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.267716  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2531  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  31.56 
 
 
401 aa  154  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.420884  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4388  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.69 
 
 
423 aa  152  7e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.43815  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5070  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.07 
 
 
377 aa  151  2e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.356872  normal  0.166182 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0466  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.82 
 
 
377 aa  151  2e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4678  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.77 
 
 
387 aa  150  4e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.194789  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3136  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.14 
 
 
367 aa  150  5e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.207627 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4161  galactonate dehydratase  30.7 
 
 
382 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4112  galactonate dehydratase  30.7 
 
 
382 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.205397  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4219  galactonate dehydratase  30.7 
 
 
382 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0009  galactonate dehydratase  34.36 
 
 
382 aa  147  3e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4975  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.7 
 
 
370 aa  147  4.0000000000000006e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0890752 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3046  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  30 
 
 
386 aa  147  4.0000000000000006e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.958371  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3894  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.92 
 
 
384 aa  146  5e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.519515  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1145  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.8 
 
 
412 aa  146  5e-34  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1011  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.75 
 
 
415 aa  146  5e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.635403  normal  0.302413 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2285  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.41 
 
 
412 aa  146  6e-34  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0025  galactonate dehydratase  31.13 
 
 
382 aa  146  6e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.192366  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0821  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.49 
 
 
405 aa  146  6e-34  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0011  galactonate dehydratase  30.64 
 
 
382 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03575  galactonate dehydratase  30.64 
 
 
382 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.923731  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0011  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.64 
 
 
382 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2654  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.42 
 
 
412 aa  146  8.000000000000001e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4201  galactonate dehydratase  30.64 
 
 
382 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03519  hypothetical protein  30.64 
 
 
382 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.84784  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0313  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.62 
 
 
371 aa  146  8.000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4057  galactonate dehydratase  30.64 
 
 
382 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5256  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.19 
 
 
392 aa  145  1e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2394  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.53 
 
 
390 aa  145  1e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.7542  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2866  galactonate dehydratase  33.45 
 
 
382 aa  145  1e-33  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>