More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5534 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5534  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  100 
 
 		 404 aa  829    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3341  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  58.79 
 
 		 399 aa  483  1e-135  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0917  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  54.27 
 
 		 398 aa  441  9.999999999999999e-123  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5837  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  55.47 
 
 		 400 aa  438  1e-121  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3761  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  51.12 
 
 		 401 aa  405  1.0000000000000001e-112  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3623  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  47.39 
 
 		 404 aa  382  1e-105  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.498648  normal  0.36382 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1460  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  45.16 
 
 		 403 aa  324  2e-87  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4210  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  42.71 
 
 		 402 aa  321  9.999999999999999e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2597  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.96 
 
 		 388 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.598556  normal  0.375027 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3949  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.91 
 
 		 388 aa  183  4.0000000000000006e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.841858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0074  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.53 
 
 		 395 aa  181  1e-44  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3671  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.85 
 
 		 388 aa  179  5.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4678  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.27 
 
 		 387 aa  178  1e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.194789  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4861  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.85 
 
 		 388 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.580739 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0475  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.65 
 
 		 393 aa  176  8e-43  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1011  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.81 
 
 		 415 aa  173  5e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.635403  normal  0.302413 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1554  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.39 
 
 		 393 aa  172  9e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.124139  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1665  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  32.68 
 
 		 406 aa  172  1e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0687285  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2688  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.39 
 
 		 393 aa  171  2e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0127  galactonate dehydratase  29.8 
 
 		 381 aa  171  2e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.425277  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0586  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.25 
 
 		 382 aa  170  4e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00367627 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4480  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.98 
 
 		 409 aa  168  1e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1303  gluconate dehydratase / galactonate dehydratase  30.56 
 
 		 393 aa  168  2e-40  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0154  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.26 
 
 		 398 aa  167  2e-40  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.434953  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0547  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  31.73 
 
 		 400 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3598  galactonate dehydratase  32.08 
 
 		 382 aa  167  2.9999999999999998e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.729698  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2518  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.65 
 
 		 372 aa  167  4e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0286824  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3894  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.51 
 
 		 384 aa  166  6.9999999999999995e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.519515  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3479  galactonate dehydratase  31.77 
 
 		 382 aa  166  6.9999999999999995e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.412363  normal  0.814852 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1901  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.72 
 
 		 395 aa  166  6.9999999999999995e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5055  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  32.71 
 
 		 390 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.902489  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5805  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.71 
 
 		 390 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.598482  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3767  galactonate dehydratase  31.28 
 
 		 382 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.854343  normal  0.799766 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4374  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.4 
 
 		 390 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4537  galactonate dehydratase  32.11 
 
 		 385 aa  162  8.000000000000001e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4653  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.75 
 
 		 400 aa  162  9e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0414891  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4982  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.5 
 
 		 390 aa  162  1e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.601828  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3211  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.78 
 
 		 390 aa  161  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.514043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2837  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.71 
 
 		 405 aa  161  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.679243  normal  0.849067 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0218  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.5 
 
 		 381 aa  161  2e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0106637  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3056  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.78 
 
 		 390 aa  160  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0552  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  28.86 
 
 		 390 aa  160  4e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.133728  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5071  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.78 
 
 		 390 aa  160  4e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435068  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2909  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.71 
 
 		 415 aa  160  4e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.119891 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1155  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.55 
 
 		 412 aa  160  5e-38  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.516862  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2242  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.4 
 
 		 412 aa  160  5e-38  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.464149  normal  0.318777 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1686  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  28.57 
 
 		 391 aa  160  5e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0122  galactonate dehydratase  30.21 
 
 		 384 aa  160  5e-38  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.041758  normal  0.798356 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0321  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.81 
 
 		 411 aa  159  8e-38  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1992  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.62 
 
 		 405 aa  159  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.589725 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0821  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.93 
 
 		 405 aa  159  1e-37  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1300  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.2 
 
 		 412 aa  159  1e-37  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1173  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  29.09 
 
 		 391 aa  158  2e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0426063  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2285  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.22 
 
 		 412 aa  158  2e-37  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2579  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.25 
 
 		 405 aa  157  2e-37  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5451  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.09 
 
 		 403 aa  157  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.911825  normal  0.0412246 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2836  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  30.94 
 
 		 390 aa  157  3e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.182529  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2254  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.97 
 
 		 428 aa  157  3e-37  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.967336  normal  0.603396 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3624  galactonate dehydratase  31.19 
 
 		 382 aa  157  3e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.694628  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4521  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  30.13 
 
 		 406 aa  157  4e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1145  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.28 
 
 		 412 aa  156  5.0000000000000005e-37  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2615  galactonate dehydratase  32.25 
 
 		 382 aa  156  5.0000000000000005e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3673  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  29.58 
 
 		 410 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.232525  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5182  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.57 
 
 		 403 aa  156  6e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.028896  normal  0.168371 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2654  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.95 
 
 		 412 aa  155  9e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0994  putative mandelate racemase / muconatelactonizing enzyme  30.81 
 
 		 392 aa  155  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0973014  normal  0.486209 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2866  galactonate dehydratase  29.72 
 
 		 382 aa  155  1e-36  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0752  galactonate dehydratase  32.06 
 
 		 382 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0918  galactonate dehydratase  32.06 
 
 		 382 aa  155  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.462959  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2811  galactonate dehydratase  31.51 
 
 		 382 aa  154  2e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.275596  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0740  galactonate dehydratase  32.06 
 
 		 382 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3392  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.23 
 
 		 398 aa  153  5.9999999999999996e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0131029  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0254  galactonate dehydratase  31.81 
 
 		 382 aa  152  8e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.114802  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2694  galactonate dehydratase  31.81 
 
 		 382 aa  152  8e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2383  galactonate dehydratase  31.81 
 
 		 382 aa  152  8e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.330745  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2464  galactonate dehydratase  31.81 
 
 		 382 aa  152  8e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0864  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.6 
 
 		 373 aa  152  1e-35  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3195  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  30.79 
 
 		 390 aa  152  1e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0611  galactonate dehydratase  31.83 
 
 		 502 aa  151  2e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3574  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.46 
 
 		 387 aa  151  2e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.410724  normal  0.113329 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00121  galactonate dehydratase  31.19 
 
 		 382 aa  151  2e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.220191  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4388  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.46 
 
 		 423 aa  150  5e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.43815  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0631  galactonate dehydratase  31.58 
 
 		 382 aa  150  5e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2709  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30 
 
 		 398 aa  149  6e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0606445  normal  0.111519 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0390  galactonate dehydratase  30.89 
 
 		 382 aa  149  7e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100514  normal  0.488186 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3008  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  30.79 
 
 		 417 aa  149  7e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.334254  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0935  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.39 
 
 		 395 aa  148  2.0000000000000003e-34  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.152576  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01739  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  27.49 
 
 		 394 aa  147  2.0000000000000003e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2409  mandelate racemase  28.02 
 
 		 400 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0679047  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5994  galactonate dehydratase  30.81 
 
 		 382 aa  147  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.126789 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2695  galactonate dehydratase  30.81 
 
 		 382 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2055  galactonate dehydratase  30.81 
 
 		 382 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1095  galactonate dehydratase  29.75 
 
 		 382 aa  147  3e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2499  mandelate racemase  28.02 
 
 		 400 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.45257  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2666  galactonate dehydratase  30.81 
 
 		 382 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0009  galactonate dehydratase  29.75 
 
 		 382 aa  147  3e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03575  galactonate dehydratase  29.75 
 
 		 382 aa  147  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.923731  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0011  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.75 
 
 		 382 aa  147  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0011  galactonate dehydratase  29.75 
 
 		 382 aa  147  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03519  hypothetical protein  29.75 
 
 		 382 aa  147  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.84784  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>