More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2688 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_1554  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  99.24 
 
 		 393 aa  808    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.124139  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2688  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  100 
 
 		 393 aa  812    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4537  galactonate dehydratase  50.89 
 
 		 385 aa  413  1e-114  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0994  putative mandelate racemase / muconatelactonizing enzyme  46.12 
 
 		 392 aa  376  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0973014  normal  0.486209 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3574  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  47.25 
 
 		 387 aa  363  4e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.410724  normal  0.113329 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3949  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.36 
 
 		 388 aa  240  2.9999999999999997e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.841858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0586  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.88 
 
 		 382 aa  238  1e-61  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00367627 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0127  galactonate dehydratase  36.97 
 
 		 381 aa  237  3e-61  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.425277  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0218  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.39 
 
 		 381 aa  234  1.0000000000000001e-60  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0106637  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2811  galactonate dehydratase  35.59 
 
 		 382 aa  234  2.0000000000000002e-60  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.275596  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5256  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.37 
 
 		 392 aa  233  4.0000000000000004e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3598  galactonate dehydratase  37.03 
 
 		 382 aa  231  2e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.729698  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0390  galactonate dehydratase  36.76 
 
 		 382 aa  230  3e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100514  normal  0.488186 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3624  galactonate dehydratase  37.44 
 
 		 382 aa  230  4e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.694628  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3479  galactonate dehydratase  36 
 
 		 382 aa  229  6e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.412363  normal  0.814852 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3848  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.27 
 
 		 388 aa  229  9e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.161688 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3767  galactonate dehydratase  37.03 
 
 		 382 aa  228  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.854343  normal  0.799766 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3303  galactonate dehydratase  36 
 
 		 382 aa  228  2e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.703331 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1011  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.59 
 
 		 415 aa  227  3e-58  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.635403  normal  0.302413 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0122  galactonate dehydratase  35.68 
 
 		 384 aa  226  6e-58  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.041758  normal  0.798356 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4653  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.46 
 
 		 400 aa  225  1e-57  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0414891  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2866  galactonate dehydratase  36.31 
 
 		 382 aa  224  2e-57  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0611  galactonate dehydratase  35.41 
 
 		 502 aa  224  3e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0433  galactonate dehydratase  35.5 
 
 		 382 aa  224  3e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.34187  normal  0.994334 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0656  galactonate dehydratase  35.25 
 
 		 382 aa  223  4.9999999999999996e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.789075 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0752  galactonate dehydratase  35.25 
 
 		 382 aa  222  8e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0740  galactonate dehydratase  35.25 
 
 		 382 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2597  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.5 
 
 		 388 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.598556  normal  0.375027 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0918  galactonate dehydratase  35.25 
 
 		 382 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.462959  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2695  galactonate dehydratase  34.25 
 
 		 382 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2666  galactonate dehydratase  34.25 
 
 		 382 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5994  galactonate dehydratase  34.25 
 
 		 382 aa  220  3e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.126789 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0254  galactonate dehydratase  35 
 
 		 382 aa  220  3.9999999999999997e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.114802  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2694  galactonate dehydratase  35 
 
 		 382 aa  220  3.9999999999999997e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2383  galactonate dehydratase  35 
 
 		 382 aa  220  3.9999999999999997e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.330745  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2464  galactonate dehydratase  35 
 
 		 382 aa  220  3.9999999999999997e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2055  galactonate dehydratase  34 
 
 		 382 aa  219  5e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2591  galactonate dehydratase  34 
 
 		 382 aa  219  6e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2719  galactonate dehydratase  34 
 
 		 382 aa  219  6e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3894  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.59 
 
 		 384 aa  219  7e-56  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.519515  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2615  galactonate dehydratase  34.67 
 
 		 382 aa  219  7e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0100  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.58 
 
 		 382 aa  218  2e-55  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.85667  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0009  galactonate dehydratase  34.25 
 
 		 382 aa  218  2e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0631  galactonate dehydratase  34 
 
 		 382 aa  216  4e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2580  galactonate dehydratase  35.45 
 
 		 382 aa  216  5e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3904  galactonate dehydratase  34.69 
 
 		 382 aa  215  9e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6937  galactonate dehydratase  41.77 
 
 		 381 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00161206  normal  0.967512 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03575  galactonate dehydratase  34.69 
 
 		 382 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.923731  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0011  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.69 
 
 		 382 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4201  galactonate dehydratase  34.69 
 
 		 382 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03519  hypothetical protein  34.69 
 
 		 382 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.84784  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4057  galactonate dehydratase  34.69 
 
 		 382 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0011  galactonate dehydratase  34.69 
 
 		 382 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2990  galactonate dehydratase  35.45 
 
 		 382 aa  214  2.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.554919  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1095  galactonate dehydratase  34.69 
 
 		 382 aa  214  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0742  galactonate dehydratase  33 
 
 		 378 aa  211  1e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.495163  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0025  galactonate dehydratase  34.93 
 
 		 382 aa  211  2e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.192366  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1901  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.25 
 
 		 395 aa  211  2e-53  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2751  galactonate dehydratase  35.24 
 
 		 382 aa  210  3e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00121  galactonate dehydratase  35.41 
 
 		 382 aa  209  5e-53  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.220191  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4112  galactonate dehydratase  33.25 
 
 		 382 aa  209  6e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.205397  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4219  galactonate dehydratase  33.25 
 
 		 382 aa  209  6e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4161  galactonate dehydratase  33.25 
 
 		 382 aa  209  6e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4123  galactonate dehydratase  35.75 
 
 		 382 aa  208  1e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0234002  normal  0.927238 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4441  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.88 
 
 		 391 aa  207  3e-52  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0607658  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3772  galactonate dehydratase  34.23 
 
 		 382 aa  207  3e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.451307 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51320  galactonate dehydratase  34.6 
 
 		 382 aa  206  6e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0044  galactonate dehydratase  34.13 
 
 		 382 aa  206  8e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.360565 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5013  galactonate dehydratase  37.85 
 
 		 381 aa  204  2e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.527728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1786  galactonate dehydratase  33.51 
 
 		 381 aa  202  6e-51  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.805255  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1989  galactonate dehydratase  34.59 
 
 		 401 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.217877  normal  0.0214185 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0154  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.11 
 
 		 398 aa  201  1.9999999999999998e-50  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.434953  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2179  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  34.34 
 
 		 382 aa  199  7.999999999999999e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0507727  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1664  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.24 
 
 		 382 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0951  galactonate dehydratase  34.77 
 
 		 382 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1004  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.78 
 
 		 403 aa  198  2.0000000000000003e-49  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.123594 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2499  mandelate racemase  34.03 
 
 		 400 aa  197  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.45257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2409  mandelate racemase  34.03 
 
 		 400 aa  197  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0679047  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4358  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  36.76 
 
 		 386 aa  195  1e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.370383  normal  0.442664 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0045  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.15 
 
 		 381 aa  195  1e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1380  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.76 
 
 		 381 aa  194  2e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.467109  normal  0.938738 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5451  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.79 
 
 		 403 aa  194  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.911825  normal  0.0412246 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3665  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.75 
 
 		 387 aa  194  3e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5329  galactonate dehydratase  33.92 
 
 		 382 aa  193  3e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3392  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34 
 
 		 398 aa  193  4e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0131029  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2617  mandelate racemase  34.29 
 
 		 400 aa  193  5e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.588885  normal  0.211139 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2513  mandelate racemase  34.29 
 
 		 400 aa  193  5e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.440237  normal  0.0724209 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2458  mandelate racemase  34.29 
 
 		 400 aa  192  6e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0484555  normal  0.111686 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07140  D-mannonate dehydratase  32.62 
 
 		 402 aa  192  7e-48  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.537507  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4412  galactonate dehydratase  33.51 
 
 		 375 aa  192  7e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.737612  normal  0.426328 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4678  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.09 
 
 		 387 aa  192  1e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.194789  normal  1 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_10599  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein (AFU_orthologue; AFUA_1G05520)  31.01 
 
 		 381 aa  191  2.9999999999999997e-47  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.185657  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2380  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  34.03 
 
 		 400 aa  190  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.162609  normal  0.98097 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02420  D-mannonate dehydratase  33 
 
 		 402 aa  189  5e-47  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.296933  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2277  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.17 
 
 		 402 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.612864  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4867  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.81 
 
 		 387 aa  189  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.823236  normal  0.123267 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1427  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30 
 
 		 403 aa  187  2e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.993388  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4035  galactonate dehydratase  36.36 
 
 		 382 aa  188  2e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5182  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.97 
 
 		 403 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.028896  normal  0.168371 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3008  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  33.57 
 
 		 417 aa  186  4e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.334254  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>