More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5394 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_5394  IclR family transcriptional regulator  100 
 
 		 274 aa  560  1e-158  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.340198 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4847  IclR family transcriptional regulator  98.54 
 
 		 300 aa  549  1e-155  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0298139  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0136  IclR family transcriptional regulator  91.73 
 
 		 257 aa  479  1e-134  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.731827  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4749  IclR family transcriptional regulator  89.37 
 
 		 257 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5338  IclR family transcriptional regulator  89.37 
 
 		 257 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5523  IclR family transcriptional regulator  89.37 
 
 		 257 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3282  IclR family transcriptional regulator  87.35 
 
 		 257 aa  451  1.0000000000000001e-126  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0217163 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1074  IclR family transcriptional regulator  74.81 
 
 		 274 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0636  IclR family transcriptional regulator  74.81 
 
 		 274 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1794  IclR family transcriptional regulator  74.81 
 
 		 274 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.353439  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2367  IclR family transcriptional regulator  75.88 
 
 		 300 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.314257  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1611  IclR family transcriptional regulator  75.97 
 
 		 292 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0830  IclR family transcriptional regulator  74.81 
 
 		 274 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1151  IclR family transcriptional regulator  74.81 
 
 		 274 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.82938  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2965  IclR family transcriptional regulator  74.31 
 
 		 272 aa  391  1e-108  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2201  IclR family transcriptional regulator  71.38 
 
 		 315 aa  390  1e-107  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6921  transcriptional regulator, IclR family  76.42 
 
 		 262 aa  389  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.095189  normal  0.134919 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0411  IclR family transcriptional regulator  69.93 
 
 		 308 aa  380  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1560  IclR family transcriptional regulator  69.93 
 
 		 308 aa  380  1e-105  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.552414  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2994  IclR family transcriptional regulator  69.93 
 
 		 308 aa  381  1e-105  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0847126  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4303  IclR family transcriptional regulator  71.94 
 
 		 270 aa  381  1e-105  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0370  IclR family transcriptional regulator  70 
 
 		 274 aa  379  1e-104  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.013251  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1747  IclR family transcriptional regulator  70 
 
 		 274 aa  379  1e-104  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.273271  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1233  IclR family transcriptional regulator  69.63 
 
 		 274 aa  378  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00230944  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2877  IclR family transcriptional regulator  69.63 
 
 		 274 aa  378  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1090  regulatory proteins, IclR  60.89 
 
 		 253 aa  313  1.9999999999999998e-84  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.102092 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3127  IclR family transcriptional regulator  60 
 
 		 279 aa  308  9e-83  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2272  IclR family transcriptional regulator  61.67 
 
 		 256 aa  293  3e-78  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.344477  hitchhiker  0.000000361839 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3400  IclR family transcriptional regulator  48.73 
 
 		 268 aa  234  8e-61  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.279316  normal  0.966908 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0308  regulatory protein IclR  48.78 
 
 		 259 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0234  IclR family transcriptional regulator  47.97 
 
 		 264 aa  229  3e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7200  transcriptional regulator, IclR family  47.22 
 
 		 261 aa  228  6e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.07043 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6042  transcriptional regulator, IclR family  47.41 
 
 		 261 aa  228  7e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0227  IclR family transcriptional regulator  47.56 
 
 		 259 aa  227  2e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4980  regulatory protein IclR  47.37 
 
 		 260 aa  225  5.0000000000000005e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.057245  normal  0.0161062 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2281  regulatory proteins, IclR  39.18 
 
 		 288 aa  182  6e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.864202  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0188  regulatory proteins, IclR  38.72 
 
 		 271 aa  173  2.9999999999999996e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0816  IclR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 289 aa  169  3e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6756  IclR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 285 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.152181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2487  transcriptional regulator KdgR  36.11 
 
 		 258 aa  160  2e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.823978  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0796  IclR family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 252 aa  154  2e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.060065  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1542  IclR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 260 aa  150  2e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.58926 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2434  IclR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 272 aa  148  1.0000000000000001e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02755  transcriptional regulator  39.91 
 
 		 258 aa  147  2.0000000000000003e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1548  IclR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 256 aa  142  6e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.88716 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2760  regulatory protein IclR  37.04 
 
 		 259 aa  136  5e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1258  IclR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 255 aa  108  8.000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210097 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1960  IclR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 256 aa  106  3e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.124593  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3689  IclR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 278 aa  99  7e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.230342  normal  0.909085 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 268 aa  93.2  4e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1912  IclR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 283 aa  88.6  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3169  transcriptional regulator, IclR family  28.57 
 
 		 278 aa  87  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669044  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4638  transcriptional regulator, IclR family  26.97 
 
 		 275 aa  86.3  6e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.214771  normal  0.0505557 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  26.46 
 
 		 261 aa  85.9  6e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4506  transcriptional regulator, IclR family  26.97 
 
 		 275 aa  86.3  6e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0945557  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  24.88 
 
 		 259 aa  85.9  7e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0957  IclR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 295 aa  85.9  7e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  24.26 
 
 		 256 aa  83.6  0.000000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3598  IclR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 274 aa  82  0.000000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.213229  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2397  regulatory protein, IclR  26.42 
 
 		 263 aa  82  0.00000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.162621  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3573  IclR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 285 aa  80.5  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0802291  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4386  transcriptional regulator, IclR family  26.7 
 
 		 257 aa  80.1  0.00000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.7103e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2208  transcriptional regulator, IclR family  26.77 
 
 		 290 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3857  transcriptional regulator, IclR family  26.32 
 
 		 287 aa  78.6  0.0000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1473  transcriptional regulator KdgR  25.94 
 
 		 263 aa  77.8  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0115946  normal  0.370857 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2043  transcriptional regulator KdgR  25.94 
 
 		 263 aa  77.8  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.374419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1985  transcriptional regulator KdgR  25.94 
 
 		 263 aa  77.8  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.364862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2850  IclR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 260 aa  77.4  0.0000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000441287  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1981  transcriptional regulator KdgR  25.94 
 
 		 263 aa  77.8  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.364283  normal  0.0913734 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1289  transcriptional regulator KdgR  25.94 
 
 		 263 aa  77.8  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000107384  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01798  predicted DNA-binding transcriptional regulator  25.47 
 
 		 263 aa  77  0.0000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.440803  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2095  transcriptional regulator KdgR  25.47 
 
 		 263 aa  77  0.0000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000995956  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1340  IclR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 316 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2490  IclR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 316 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1360  transcriptional regulator KdgR  25.47 
 
 		 263 aa  77  0.0000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000169219  normal  0.0136372 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0323  IclR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 316 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0600  IclR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 316 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0614585  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1805  IclR family transcriptional regulator  25.47 
 
 		 263 aa  77  0.0000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.954449  normal  0.233357 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0968  IclR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 316 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1301  IclR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 316 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1918  transcriptional regulator KdgR  25.47 
 
 		 263 aa  77  0.0000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000201259  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1229  IclR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 316 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2559  transcriptional regulator KdgR  25.47 
 
 		 263 aa  77  0.0000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000361362  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5397  transcriptional regulator, IclR family  24.78 
 
 		 261 aa  77  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.429612  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01786  hypothetical protein  25.47 
 
 		 263 aa  77  0.0000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2056  transcriptional regulator KdgR  25.47 
 
 		 263 aa  76.6  0.0000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000211216  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4531  IclR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 283 aa  76.6  0.0000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.924227  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2149  IclR family transcriptional regulator, putative  25 
 
 		 248 aa  76.3  0.0000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.999761  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2055  transcriptional regulator, IclR family  25.94 
 
 		 263 aa  75.9  0.0000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0903474  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3670  IclR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 267 aa  76.3  0.0000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.461825  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2822  IclR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 264 aa  76.3  0.0000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4280  regulatory proteins, IclR  27.95 
 
 		 254 aa  75.9  0.0000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0373374  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1949  transcriptional regulator, IclR family  25.47 
 
 		 263 aa  75.5  0.0000000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00482853  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1505  IclR family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 316 aa  75.5  0.0000000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.18867  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4229  IclR family transcriptional regulator  24.46 
 
 		 318 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.423697  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7055  transcriptional regulator, IclR family  25 
 
 		 324 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.444053  normal  0.38621 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0759  IclR family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 261 aa  74.7  0.000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.46118e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4433  regulatory proteins, IclR  28.51 
 
 		 254 aa  74.3  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.343959  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3479  regulatory proteins, IclR  26.22 
 
 		 251 aa  74.3  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0476526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4081  IclR family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 291 aa  74.7  0.000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>