More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0788 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_0788  putative ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  100 
 
 
302 aa  617  1e-176  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00334731 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0729  extracellular solute-binding protein  82.87 
 
 
318 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.446742  normal  0.30254 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0150  extracellular solute-binding protein  73.2 
 
 
306 aa  476  1e-133  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.975549 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5167  extracellular solute-binding protein family 3  79.49 
 
 
318 aa  468  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0999  extracellular solute-binding protein  85.66 
 
 
304 aa  465  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.584157 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0202  extracellular solute-binding protein  75.99 
 
 
306 aa  461  1e-129  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.725948  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0887  extracellular solute-binding protein  86.45 
 
 
290 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3023  extracellular solute-binding protein family 3  52.73 
 
 
294 aa  284  1.0000000000000001e-75  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2383  extracellular solute-binding protein  54.44 
 
 
317 aa  275  8e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2860  extracellular solute-binding protein family 3  50.4 
 
 
279 aa  274  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.107141  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0266  extracellular solute-binding protein  50.78 
 
 
292 aa  273  2.0000000000000002e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3770  extracellular solute-binding protein  48.25 
 
 
295 aa  270  2e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.169569  normal  0.253377 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3226  extracellular solute-binding protein  48.53 
 
 
307 aa  260  2e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0831998  normal  0.589747 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1626  extracellular solute-binding protein  48.24 
 
 
327 aa  259  4e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.536801  normal  0.13632 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3550  extracellular solute-binding protein family 3  48.16 
 
 
307 aa  259  5.0000000000000005e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.73273 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3421  extracellular solute-binding protein family 3  47.45 
 
 
306 aa  249  3e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0186  extracellular solute-binding protein family 3  39.78 
 
 
291 aa  212  7e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0015  extracellular solute-binding protein  41.06 
 
 
279 aa  211  1e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0215  extracellular solute-binding protein family 3  41.77 
 
 
291 aa  209  6e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.195827  normal  0.274459 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0578  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  41.52 
 
 
306 aa  208  8e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0135  extracellular solute-binding protein  40.71 
 
 
283 aa  202  6e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.798842  normal  0.332804 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0308  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  36.9 
 
 
280 aa  187  2e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0295  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  36.51 
 
 
280 aa  186  3e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0378  extracellular solute-binding protein  37.01 
 
 
282 aa  179  7e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1562  extracellular solute-binding protein  34.35 
 
 
261 aa  163  3e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.470134  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4274  extracellular solute-binding protein  35.5 
 
 
258 aa  162  9e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0882363  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0854  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.4 
 
 
282 aa  160  2e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1588  extracellular solute-binding protein  35.29 
 
 
260 aa  159  5e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2214  extracellular solute-binding protein  34.51 
 
 
268 aa  159  6e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6191  extracellular solute-binding protein  38.22 
 
 
262 aa  158  1e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0955  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.96 
 
 
268 aa  156  5.0000000000000005e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0776363  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2235  extracellular solute-binding protein  34.48 
 
 
268 aa  155  9e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0425  extracellular solute-binding protein  34.43 
 
 
319 aa  151  1e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.495581  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52790  arginine/ornithine binding protein AotJ  34.91 
 
 
259 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1379  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  35.37 
 
 
243 aa  148  9e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4485  extracellular solute-binding protein family 3  30.7 
 
 
268 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.8611  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2456  extracellular solute-binding protein  32.74 
 
 
265 aa  147  3e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.68791  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0631  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.19 
 
 
253 aa  146  5e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00542513  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0593  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.19 
 
 
253 aa  146  5e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6710  extracellular solute-binding protein family 3  37.33 
 
 
256 aa  146  5e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000229164  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4626  arginine/ornithine binding protein AotJ  34.05 
 
 
259 aa  145  6e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2066  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  33.48 
 
 
258 aa  145  8.000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1967  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  34.21 
 
 
243 aa  144  2e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.471515  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1701  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  33.19 
 
 
243 aa  144  2e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0117133  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2377  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  33.19 
 
 
243 aa  144  2e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.730778  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00868  arginine transporter subunit  35.37 
 
 
243 aa  142  5e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.208844  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2779  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  35.37 
 
 
243 aa  142  5e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0149314  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0632  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.76 
 
 
257 aa  142  5e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0329945  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2733  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  34.93 
 
 
243 aa  142  5e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0727882  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0936  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  35.37 
 
 
243 aa  142  5e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.570643  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2468  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  35.37 
 
 
243 aa  142  5e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.381979  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00874  hypothetical protein  35.37 
 
 
243 aa  142  5e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.183806  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0967  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  35.37 
 
 
243 aa  142  5e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3710  extracellular solute-binding protein  30.9 
 
 
253 aa  142  7e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.33118  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6436  extracellular solute-binding protein family 3  29.39 
 
 
268 aa  142  8e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00118461 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0891  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  35.37 
 
 
243 aa  142  9e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.437353  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2064  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  32.33 
 
 
259 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0594  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.76 
 
 
257 aa  141  9.999999999999999e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3711  extracellular solute-binding protein  32.19 
 
 
253 aa  141  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3775  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  33.19 
 
 
261 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.361266  hitchhiker  0.000380628 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1025  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  34.5 
 
 
243 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4292  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  34.05 
 
 
257 aa  140  3e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.887396 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2277  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  31.86 
 
 
243 aa  140  3e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1044  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  34.5 
 
 
243 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.180668  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0962  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  34.5 
 
 
245 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1098  extracellular solute-binding protein  35.09 
 
 
254 aa  140  3e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.041078  normal  0.0345837 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1023  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  34.93 
 
 
243 aa  140  3e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.916151 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0994  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  34.5 
 
 
243 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.633483  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0927  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  34.5 
 
 
245 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1582  arginine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein ArtI  33.19 
 
 
243 aa  138  1e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2711  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  33.19 
 
 
243 aa  138  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2626  arginine ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein ArtI  33.19 
 
 
243 aa  138  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.359067  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2879  putative amino acid binding protein  31.3 
 
 
263 aa  138  1e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.336803  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1655  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  35.22 
 
 
243 aa  137  2e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.568539 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05529  ABC amino acid transporter periplasmic ligand binding protein  33.78 
 
 
247 aa  137  2e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4365  extracellular solute-binding protein  32.44 
 
 
264 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0700  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein  32.44 
 
 
243 aa  135  6.0000000000000005e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.347684  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001573  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  32.89 
 
 
247 aa  135  7.000000000000001e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.74719  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2916  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  30.77 
 
 
257 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0769727 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1429  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  31.9 
 
 
261 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0594365  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4486  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  31.9 
 
 
261 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3991  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  31.9 
 
 
261 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003972  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  31.9 
 
 
256 aa  133  3.9999999999999996e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1928  extracellular solute-binding protein  32.02 
 
 
265 aa  133  3.9999999999999996e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.402085 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1067  extracellular solute-binding protein family 3  29.41 
 
 
294 aa  132  9e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0464798 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0598  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.76 
 
 
264 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2839  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.76 
 
 
264 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2777  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  32.76 
 
 
264 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.262545  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1729  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.76 
 
 
264 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.133589  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2417  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.76 
 
 
264 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.131702  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2873  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.76 
 
 
264 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.223269  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1958  arginine/ornithine periplasmic binding protein-dependent transporter  31.33 
 
 
258 aa  130  2.0000000000000002e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.488249  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1783  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.33 
 
 
264 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0591  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein  32.3 
 
 
269 aa  130  2.0000000000000002e-29  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0748117  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2808  extracellular solute-binding protein  30.9 
 
 
250 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.951072 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2719  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  32.76 
 
 
264 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3571  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  32.76 
 
 
258 aa  130  3e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.820005  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2397  extracellular solute-binding protein  32.19 
 
 
257 aa  130  3e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1454  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.6 
 
 
260 aa  130  3e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000138881  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0175  extracellular solute-binding protein  31.7 
 
 
260 aa  130  4.0000000000000003e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.42214 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>