50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5938 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5938  exopolysaccharide production protein  100 
 
 		 425 aa  835    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4944  O-antigen polymerase  64.44 
 
 		 434 aa  521  1e-147  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.367217  normal  0.330229 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1973  O-antigen polymerase  35.58 
 
 		 433 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.15228 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2549  putative polysaccharide polymerase  31.28 
 
 		 429 aa  124  4e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1208  O-antigen polymerase  31.38 
 
 		 429 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0923682 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4801  O-antigen polymerase  28.1 
 
 		 440 aa  117  5e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.141517 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0651  O-antigen polymerase  32.72 
 
 		 428 aa  111  3e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3696  O-antigen polymerase  33.33 
 
 		 417 aa  99.4  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0487808  normal  0.621123 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4530  O-antigen polymerase  31.76 
 
 		 444 aa  98.6  2e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1130  O-antigen polymerase  26.64 
 
 		 438 aa  81.3  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3343  O-antigen polymerase  28.49 
 
 		 401 aa  80.1  0.00000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6427  O-antigen polymerase  31.42 
 
 		 439 aa  75.1  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.445902  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1688  O-antigen polymerase  27.86 
 
 		 421 aa  73.2  0.000000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0910283  normal  0.076767 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3184  O-antigen polymerase  24.23 
 
 		 442 aa  72  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6232  O-antigen polymerase  29.36 
 
 		 441 aa  70.9  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.394036  normal  0.503415 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1077  O-antigen polymerase  25.84 
 
 		 440 aa  65.9  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.7973  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1176  O-antigen polymerase  26.25 
 
 		 433 aa  65.1  0.000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0963  O-antigen polymerase  27.91 
 
 		 460 aa  64.7  0.000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.18005  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0274  O-antigen polymerase  27.65 
 
 		 444 aa  64.3  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1531  O-antigen polymerase  31.5 
 
 		 419 aa  61.6  0.00000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.543111  normal  0.517094 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0257  O-antigen polymerase  25.89 
 
 		 453 aa  57  0.0000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4579  O-antigen polymerase  33.33 
 
 		 448 aa  55.1  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.17078 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4842  O-antigen polymerase  24.43 
 
 		 433 aa  55.5  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000342709  normal  0.0564871 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1595  O-antigen polymerase  28.22 
 
 		 467 aa  54.3  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1380  O-antigen polymerase  23.97 
 
 		 313 aa  53.5  0.000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.563149  normal  0.0271558 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0304  O-antigen polymerase  25.1 
 
 		 451 aa  52  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0108  exopolysaccharide production protein, putative  26.29 
 
 		 441 aa  50.4  0.00006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0892  O-antigen polymerase  25.17 
 
 		 428 aa  48.5  0.0002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0864328  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1691  O-antigen polymerase  28.32 
 
 		 512 aa  48.9  0.0002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.121195  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0665  O-antigen polymerase  29.52 
 
 		 436 aa  48.9  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.658587 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0388  O-antigen polymerase  26.7 
 
 		 358 aa  48.5  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2587  O-antigen polymerase  25.94 
 
 		 409 aa  48.5  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1378  O-antigen polymerase  24.38 
 
 		 416 aa  48.9  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.486003  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4237  O-antigen polymerase  29.67 
 
 		 429 aa  47  0.0006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.201172  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2813  O-antigen polymerase  26.55 
 
 		 773 aa  47  0.0006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.192356  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02223  hypothetical protein  29.29 
 
 		 461 aa  47  0.0007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0083  membrane protein  33.72 
 
 		 443 aa  47  0.0007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.735968  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0069  O-antigen polymerase  33.72 
 
 		 443 aa  46.6  0.0007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3061  O-antigen polymerase  36.26 
 
 		 465 aa  45.8  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.433121  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0810  O-antigen polymerase  27.63 
 
 		 441 aa  45.4  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.319403 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0709  transcriptional regulator, SARP family  28.17 
 
 		 379 aa  44.7  0.003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.122417  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1918  O-antigen polymerase  31.63 
 
 		 420 aa  44.7  0.003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.998924 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2384  O-antigen polymerase  25.73 
 
 		 436 aa  44.7  0.003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.486663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1091  exopolysaccharide production protein  23.71 
 
 		 429 aa  44.3  0.004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.802391  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0301  O-antigen polymerase  30.53 
 
 		 464 aa  44.3  0.004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2212  O-antigen polymerase  33.33 
 
 		 415 aa  44.7  0.004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0880149  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5004  O-antigen polymerase family protein  34.34 
 
 		 436 aa  43.9  0.006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1650  hypothetical protein  30.08 
 
 		 404 aa  43.5  0.007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.192586  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3103  O-antigen polymerase  34.15 
 
 		 498 aa  43.5  0.007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.313581  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2875  O-antigen polymerase  26.98 
 
 		 440 aa  43.5  0.008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.184555  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>