30 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1378 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1378  O-antigen polymerase  100 
 
 		 416 aa  817    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.486003  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2821  O-antigen polymerase  35.77 
 
 		 437 aa  237  4e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1091  exopolysaccharide production protein  30.66 
 
 		 429 aa  154  2e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.802391  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6427  O-antigen polymerase  26.64 
 
 		 439 aa  80.1  0.00000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.445902  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0892  O-antigen polymerase  25.57 
 
 		 428 aa  77.4  0.0000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0864328  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1176  O-antigen polymerase  26.76 
 
 		 433 aa  73.6  0.000000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6232  O-antigen polymerase  28.52 
 
 		 441 aa  72.4  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.394036  normal  0.503415 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3696  O-antigen polymerase  25 
 
 		 417 aa  72  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0487808  normal  0.621123 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1688  O-antigen polymerase  25.85 
 
 		 421 aa  69.3  0.0000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0910283  normal  0.076767 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4842  O-antigen polymerase  26.96 
 
 		 433 aa  68.6  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000342709  normal  0.0564871 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2587  O-antigen polymerase  27.3 
 
 		 409 aa  68.2  0.0000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4801  O-antigen polymerase  26.16 
 
 		 440 aa  65.9  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.141517 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1531  O-antigen polymerase  25.27 
 
 		 419 aa  62.8  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.543111  normal  0.517094 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1595  O-antigen polymerase  21.67 
 
 		 467 aa  56.6  0.0000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1077  O-antigen polymerase  23.29 
 
 		 440 aa  55.8  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.7973  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3184  O-antigen polymerase  24.7 
 
 		 442 aa  55.1  0.000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0274  O-antigen polymerase  24.84 
 
 		 444 aa  52.8  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1973  O-antigen polymerase  21.71 
 
 		 433 aa  48.5  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.15228 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0304  O-antigen polymerase  21.74 
 
 		 451 aa  47.8  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1179  O-antigen polymerase  23.42 
 
 		 446 aa  47.4  0.0004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1208  O-antigen polymerase  21.38 
 
 		 429 aa  47  0.0006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0923682 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0388  O-antigen polymerase  28.57 
 
 		 358 aa  46.6  0.0008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1130  O-antigen polymerase  23.81 
 
 		 438 aa  46.2  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0651  O-antigen polymerase  24.51 
 
 		 428 aa  45.8  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0810  O-antigen polymerase  28.41 
 
 		 441 aa  45.8  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.319403 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0963  O-antigen polymerase  23.39 
 
 		 460 aa  45.8  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.18005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2549  putative polysaccharide polymerase  21.05 
 
 		 429 aa  45.4  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4944  O-antigen polymerase  26.79 
 
 		 434 aa  44.3  0.004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.367217  normal  0.330229 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4354  O-antigen polymerase  28.57 
 
 		 443 aa  44.3  0.004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.201605  normal  0.814699 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1380  O-antigen polymerase  32 
 
 		 313 aa  43.5  0.007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.563149  normal  0.0271558 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>