More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5764 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5764  transcriptional regulator LacI family  100 
 
 		 337 aa  672    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.73775  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5365  transcriptional regulator, LacI family  68.75 
 
 		 345 aa  478  1e-134  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000864241  normal  0.850622 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5085  transcriptional regulator, LacI family  69.14 
 
 		 359 aa  478  1e-134  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.127627 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0665  transcriptional regulator, LacI family  42.42 
 
 		 343 aa  255  8e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0509948  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3669  transcriptional regulator, LacI family  41.69 
 
 		 349 aa  250  3e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.555961  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3520  transcriptional regulator, LacI family  41.74 
 
 		 349 aa  247  2e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0717  transcriptional regulator, LacI family  40.61 
 
 		 344 aa  245  6.999999999999999e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1697  transcriptional regulator, LacI family  36.59 
 
 		 351 aa  171  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1883  transcriptional regulator, LacI family  37.13 
 
 		 350 aa  171  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.275447 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1870  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.28 
 
 		 337 aa  140  1.9999999999999998e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.796705  normal  0.714887 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.32 
 
 		 333 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0297  LacI family transcription regulator  30.9 
 
 		 340 aa  135  9.999999999999999e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  30.32 
 
 		 333 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  31.31 
 
 		 333 aa  132  1.0000000000000001e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  29.32 
 
 		 338 aa  131  2.0000000000000002e-29  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4007  transcriptional regulator, LacI family  31.6 
 
 		 343 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0509  transcriptional regulator, LacI family  25.9 
 
 		 335 aa  129  8.000000000000001e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.0000000057395  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  30.14 
 
 		 332 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0091  LacI family transcription regulator  30.26 
 
 		 346 aa  128  1.0000000000000001e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0299  transcriptional regulator protein  28.85 
 
 		 365 aa  128  2.0000000000000002e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  31.64 
 
 		 353 aa  127  2.0000000000000002e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  29.82 
 
 		 340 aa  126  6e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  27.79 
 
 		 334 aa  126  6e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22540  transcriptional regulator, LacI family  27.3 
 
 		 332 aa  126  7e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  29.04 
 
 		 338 aa  125  9e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0519  LacI family transcription regulator  30.36 
 
 		 334 aa  125  9e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  29.64 
 
 		 340 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4336  transcriptional regulator, LacI family  30.1 
 
 		 339 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.563264  hitchhiker  0.000141472 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  29.64 
 
 		 340 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  31.69 
 
 		 337 aa  124  2e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  28.45 
 
 		 334 aa  123  3e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  27.03 
 
 		 333 aa  123  4e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  27.65 
 
 		 331 aa  123  4e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0549  Alanine racemase  32.08 
 
 		 340 aa  123  4e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.275696 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  29.97 
 
 		 333 aa  123  5e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0892  LacI family transcription regulator  31.95 
 
 		 391 aa  123  5e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0728  transcriptional regulator, LacI family  29.03 
 
 		 337 aa  123  6e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.3979  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4111  transcriptional repressor RbsR  26.73 
 
 		 333 aa  122  7e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0488485  normal  0.0159443 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0201  transcriptional regulator, LacI family  33.04 
 
 		 342 aa  122  9e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0642992 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  27.38 
 
 		 386 aa  122  9.999999999999999e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2788  transcriptional regulator, LacI family  30.97 
 
 		 339 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0275  transcriptional regulator, LacI family  32.94 
 
 		 339 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.555598 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  26.81 
 
 		 333 aa  121  1.9999999999999998e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0941  alanine racemase  29.07 
 
 		 328 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00393533  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01670  transcriptional regulator  31.34 
 
 		 348 aa  120  1.9999999999999998e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1559  alanine racemase  26.25 
 
 		 333 aa  121  1.9999999999999998e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000066632  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  29 
 
 		 343 aa  120  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1520  transcriptional regulator, LacI family  30.97 
 
 		 338 aa  120  3e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0658956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3579  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.59 
 
 		 344 aa  120  3e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1732  transcriptional regulator, LacI family  29.97 
 
 		 340 aa  120  3e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0521835  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  28.9 
 
 		 334 aa  120  3e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3227  LacI family transcription regulator  29.43 
 
 		 362 aa  120  3.9999999999999996e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  26.69 
 
 		 331 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2000  LacI family transcription regulator  29.5 
 
 		 346 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  26.71 
 
 		 336 aa  120  3.9999999999999996e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6278  transcriptional regulator, LacI family  29.13 
 
 		 338 aa  120  3.9999999999999996e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2475  transcriptional regulator, LacI family  31.94 
 
 		 340 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.0000000000232076  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  26.89 
 
 		 334 aa  120  3.9999999999999996e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0309  transcriptional regulator, LacI family  30.86 
 
 		 346 aa  119  4.9999999999999996e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  29.34 
 
 		 338 aa  119  9e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23440  transcriptional regulator, LacI family  30.7 
 
 		 350 aa  119  9e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.769589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2260  transcriptional regulator, LacI family  28.7 
 
 		 346 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167374  normal  0.588495 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  29.73 
 
 		 337 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23020  transcriptional regulator, LacI family  27.42 
 
 		 336 aa  118  9.999999999999999e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000406909  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  29.17 
 
 		 353 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  28.31 
 
 		 339 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  26.84 
 
 		 342 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2219  transcriptional regulator, LacI family  29.87 
 
 		 343 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000733875  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0352  transcriptional regulator, LacI family  29.59 
 
 		 347 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00162695  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1685  transcriptional regulator, LacI family  31.16 
 
 		 337 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3343  ribose operon repressor RbsR  29.43 
 
 		 337 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142594  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1878  transcriptional regulator, LacI family  31.63 
 
 		 351 aa  118  1.9999999999999998e-25  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0941149  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  30.5 
 
 		 346 aa  117  3e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4368  transcriptional regulator, LacI family  30.15 
 
 		 347 aa  117  3e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0952029  normal  0.0119453 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2545  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.03 
 
 		 341 aa  117  3e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  28.83 
 
 		 340 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06141  hypothetical protein  27.18 
 
 		 336 aa  117  3e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1187  LacI family regulatory protein  30 
 
 		 384 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.34285  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  30.21 
 
 		 346 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2822  LacI family transcription regulator  30 
 
 		 352 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.531617  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1550  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.71 
 
 		 328 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000390905  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4278  transcriptional repressor RbsR  27 
 
 		 332 aa  116  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134192  normal  0.933942 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1683  DNA-binding transcriptional repressor PurR  29.11 
 
 		 341 aa  116  6e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4113  transcriptional repressor RbsR  27 
 
 		 332 aa  115  6.9999999999999995e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.493547  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3482  Alanine racemase  35.56 
 
 		 359 aa  116  6.9999999999999995e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0777863  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4098  transcriptional repressor RbsR  27 
 
 		 332 aa  115  7.999999999999999e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.396512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4169  transcriptional repressor RbsR  27 
 
 		 332 aa  115  8.999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.451515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0345  transcriptional regulator for D-ribose, periplasmic binding protein, LacI family protein  28.62 
 
 		 334 aa  115  8.999999999999998e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  29.13 
 
 		 338 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4122  transcriptional repressor RbsR  28.7 
 
 		 330 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.305602  normal  0.0911869 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5190  transcriptional repressor RbsR  28.7 
 
 		 330 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00327915  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  28.53 
 
 		 333 aa  115  1.0000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  25.72 
 
 		 328 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0113  transcriptional regulator, LacI family  33.24 
 
 		 350 aa  115  1.0000000000000001e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4165  transcriptional repressor RbsR  28.7 
 
 		 330 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0172446  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4270  transcriptional repressor RbsR  28.7 
 
 		 330 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000205239  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4219  transcriptional repressor RbsR  26.71 
 
 		 332 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.817954  normal  0.878921 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2467  LacI family transcription regulator  29.57 
 
 		 336 aa  115  2.0000000000000002e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3665  LacI family transcription regulator  28.01 
 
 		 343 aa  114  2.0000000000000002e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1600  LacI family transcription regulator  28.39 
 
 		 328 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>