153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5560 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5560  glycine cleavage system T protein aminomethyltransferase  100 
 
 		 472 aa  981    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6553  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  59.02 
 
 		 467 aa  574  1.0000000000000001e-162  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0277028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2861  aminomethyltransferase  55.63 
 
 		 466 aa  529  1e-149  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11650  aminomethyltransferase  51.69 
 
 		 466 aa  494  9.999999999999999e-139  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2404  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  48.2 
 
 		 462 aa  428  1e-118  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1565  aminomethyltransferase  47.97 
 
 		 457 aa  426  1e-118  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.287343  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0192  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  44.92 
 
 		 462 aa  379  1e-104  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.000184996  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33030  aminomethyltransferase  42.89 
 
 		 450 aa  365  1e-99  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0209  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  44.72 
 
 		 450 aa  360  2e-98  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.000425405  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1944  aminomethyltransferase, putative  31.32 
 
 		 425 aa  209  8e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000857452 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24920  glycine cleavage system T protein (aminomethyltransferase)  27.78 
 
 		 460 aa  149  8e-35  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.852439  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0320  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.34 
 
 		 469 aa  127  6e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1496  glycine cleavage system T protein  22.97 
 
 		 371 aa  88.6  2e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0232  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  26.77 
 
 		 368 aa  87.8  3e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2361  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  27.53 
 
 		 364 aa  83.6  0.000000000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.365627  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0469  glycine cleavage system T protein  28.45 
 
 		 371 aa  80.5  0.00000000000006  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4141  glycine cleavage system T protein  23.84 
 
 		 366 aa  79.7  0.0000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2461  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  25.96 
 
 		 380 aa  76.6  0.0000000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1914  glycine cleavage system T protein  23.9 
 
 		 381 aa  75.5  0.000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00180377 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2751  aminomethyltransferase  28.11 
 
 		 365 aa  75.5  0.000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23440  glycine cleavage system T protein  23.82 
 
 		 357 aa  74.3  0.000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000137386  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1756  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  23.18 
 
 		 362 aa  73.9  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.971274  normal  0.141351 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2285  glycine cleavage system T protein  24.6 
 
 		 370 aa  72  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00010894 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0396  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  28.69 
 
 		 365 aa  71.2  0.00000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0901  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  25.33 
 
 		 366 aa  70.9  0.00000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.281219  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4039  glycine cleavage system T protein  23.96 
 
 		 365 aa  70.9  0.00000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000142158  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2915  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  25.66 
 
 		 366 aa  70.9  0.00000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.75153  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1595  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  27.46 
 
 		 363 aa  70.5  0.00000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0825414  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1628  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  27.46 
 
 		 363 aa  70.5  0.00000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4131  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  25.08 
 
 		 366 aa  70.5  0.00000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3971  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  25.08 
 
 		 366 aa  70.5  0.00000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4449  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  25.08 
 
 		 366 aa  70.5  0.00000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.268637  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4247  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  25.08 
 
 		 366 aa  70.5  0.00000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5660  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  25.43 
 
 		 365 aa  70.1  0.00000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3981  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  25.08 
 
 		 366 aa  68.9  0.0000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2005  glycine cleavage system T protein  25.31 
 
 		 350 aa  68.9  0.0000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.55358  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12239  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  21.94 
 
 		 379 aa  68.9  0.0000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0923739  normal  0.265533 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0214  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  23.92 
 
 		 364 aa  68.9  0.0000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3845  glycine cleavage system T protein  25.99 
 
 		 369 aa  68.6  0.0000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4305  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  25.08 
 
 		 366 aa  68.2  0.0000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1847  aminomethyltransferase  25 
 
 		 386 aa  68.2  0.0000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.674665 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4358  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  25.08 
 
 		 366 aa  68.2  0.0000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.51819  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4082  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  25.63 
 
 		 366 aa  67.8  0.0000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1817  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  26.47 
 
 		 363 aa  67.8  0.0000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000448698  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1627  glycine cleavage system T protein  23.64 
 
 		 357 aa  65.9  0.000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0426  glycine cleavage system T protein  23.13 
 
 		 372 aa  66.2  0.000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.473658  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0713  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  22.62 
 
 		 364 aa  65.9  0.000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_56477  glycine decarboxylase t-protein  24.56 
 
 		 854 aa  65.1  0.000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.645348  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3364  glycine cleavage system T protein  23.45 
 
 		 369 aa  65.1  0.000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1538  glycine cleavage system T protein  23.8 
 
 		 360 aa  63.9  0.000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.641003  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1269  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  22.37 
 
 		 400 aa  63.5  0.000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00490  aminomethyltransferase  24.29 
 
 		 381 aa  63.5  0.000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.155954 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0737  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  21.37 
 
 		 364 aa  63.5  0.000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1804  glycine cleavage system T protein  23.2 
 
 		 375 aa  63.5  0.000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.280258  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1526  glycine cleavage system T protein  23.62 
 
 		 371 aa  62.8  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.293085 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0094  glycine cleavage system T protein  24.9 
 
 		 401 aa  63.2  0.00000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02950  aminomethyltransferase  25.73 
 
 		 388 aa  62.4  0.00000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3320  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  21.21 
 
 		 364 aa  62.4  0.00000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.095795 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4339  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  25.08 
 
 		 366 aa  62.4  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.485786  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3071  glycine cleavage system T protein  22.93 
 
 		 372 aa  61.6  0.00000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.483432  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3309  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  21.21 
 
 		 364 aa  61.2  0.00000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3371  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  21.21 
 
 		 364 aa  61.2  0.00000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.577029  normal  0.23112 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13330  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  22.45 
 
 		 370 aa  61.2  0.00000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0961  glycine cleavage system T protein  25.56 
 
 		 364 aa  61.2  0.00000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.132468  normal  0.780252 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0716  glycine cleavage system T protein  21.93 
 
 		 365 aa  60.8  0.00000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1712  glycine cleavage system T protein  23.43 
 
 		 351 aa  60.5  0.00000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.304402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1885  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  23.75 
 
 		 363 aa  60.5  0.00000007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2054  glycine cleavage system T protein  21.43 
 
 		 374 aa  60.5  0.00000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2351  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  25 
 
 		 372 aa  60.1  0.00000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.417081  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1102  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  25 
 
 		 363 aa  59.7  0.0000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.547647  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2824  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  22.05 
 
 		 369 aa  59.3  0.0000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2522  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  21.81 
 
 		 360 aa  58.5  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.167801 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2360  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  22.77 
 
 		 365 aa  58.2  0.0000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0807615  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0406  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  24.69 
 
 		 359 aa  57.4  0.0000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.885714  normal  0.283909 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4706  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  23.66 
 
 		 850 aa  57.4  0.0000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.449188  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2017  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  26.45 
 
 		 365 aa  57  0.0000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00105963  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0720  glycine cleavage system T protein  22.22 
 
 		 364 aa  57.4  0.0000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0949  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  25.65 
 
 		 433 aa  56.6  0.0000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0765  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  24.46 
 
 		 385 aa  56.2  0.000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.858386  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1403  glycine cleavage system T protein  22.17 
 
 		 376 aa  56.6  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2562  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  24.79 
 
 		 360 aa  56.2  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3617  glycine cleavage system T protein  22.51 
 
 		 410 aa  56.2  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.987909  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1983  aminomethyltransferase  23.18 
 
 		 366 aa  55.5  0.000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00232491  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12380  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  25.63 
 
 		 377 aa  55.5  0.000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0676633  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0341  glycine cleavage system T protein  22.79 
 
 		 362 aa  55.8  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.117183 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1656  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  25.42 
 
 		 366 aa  54.7  0.000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.200164  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3574  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  20.55 
 
 		 369 aa  55.1  0.000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0601666  normal  0.0493616 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3184  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  24.05 
 
 		 772 aa  55.1  0.000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.932347  normal  0.101013 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1800  glycine cleavage system T protein  23.78 
 
 		 367 aa  54.7  0.000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1173  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  21 
 
 		 380 aa  54.3  0.000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.113377  normal  0.236681 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1559  glycine cleavage system T protein  24.67 
 
 		 359 aa  54.3  0.000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.338769 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3299  glycine cleavage system T protein  21.05 
 
 		 389 aa  53.9  0.000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.212433  normal  0.550694 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1892  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  22.19 
 
 		 363 aa  54.3  0.000005  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.323877 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0786  glycine cleavage system T protein  24.27 
 
 		 360 aa  53.9  0.000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1818  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  21.57 
 
 		 403 aa  53.5  0.000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1120  glycine cleavage system T protein  25.61 
 
 		 349 aa  53.5  0.000008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16310  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  24.36 
 
 		 372 aa  53.5  0.000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0622613  normal  0.221 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0049  glycine cleavage system T protein  24.79 
 
 		 366 aa  52.8  0.00001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.866309  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0994  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  23.4 
 
 		 998 aa  52.8  0.00001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1354  glycine cleavage system T protein  23.56 
 
 		 371 aa  53.1  0.00001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.91248  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>