More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_2404 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007794  Saro_2404  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  100 
 
 
462 aa  961    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6553  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  53.66 
 
 
467 aa  518  1e-146  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0277028  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2861  aminomethyltransferase  53.22 
 
 
466 aa  496  1e-139  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1565  aminomethyltransferase  53.08 
 
 
457 aa  496  1e-139  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.287343  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11650  aminomethyltransferase  52.59 
 
 
466 aa  476  1e-133  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0192  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  50.99 
 
 
462 aa  464  1e-129  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.000184996  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33030  aminomethyltransferase  50.33 
 
 
450 aa  445  1.0000000000000001e-124  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0209  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  48.9 
 
 
450 aa  442  1e-123  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.000425405  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5560  glycine cleavage system T protein aminomethyltransferase  48.2 
 
 
472 aa  428  1e-119  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1944  aminomethyltransferase, putative  33.65 
 
 
425 aa  231  3e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000857452 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24920  glycine cleavage system T protein (aminomethyltransferase)  29.77 
 
 
460 aa  182  1e-44  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.852439  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0320  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.12 
 
 
469 aa  150  5e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1756  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  27.99 
 
 
362 aa  97.4  5e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.971274  normal  0.141351 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1818  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  24.82 
 
 
403 aa  92.4  2e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2285  glycine cleavage system T protein  26.73 
 
 
370 aa  89.7  1e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00010894 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23440  glycine cleavage system T protein  26.42 
 
 
357 aa  87.8  3e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000137386  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1496  glycine cleavage system T protein  26.35 
 
 
371 aa  87.8  4e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0232  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  24.94 
 
 
368 aa  87.4  5e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0961  glycine cleavage system T protein  25.45 
 
 
364 aa  86.3  0.000000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.132468  normal  0.780252 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13330  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  25.71 
 
 
370 aa  84.7  0.000000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2361  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  23.42 
 
 
364 aa  83.6  0.000000000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.365627  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0396  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  28.89 
 
 
365 aa  83.6  0.000000000000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2461  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  27.94 
 
 
380 aa  82.8  0.00000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0470  aminomethyltransferase  23.45 
 
 
440 aa  82.8  0.00000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000173433  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0767  glycine cleavage system T protein  23.45 
 
 
442 aa  82.8  0.00000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3364  glycine cleavage system T protein  27.23 
 
 
369 aa  82.4  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1800  glycine cleavage system T protein  25.47 
 
 
367 aa  80.5  0.00000000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0716  glycine cleavage system T protein  21.83 
 
 
365 aa  79.7  0.0000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1983  aminomethyltransferase  25 
 
 
366 aa  79.3  0.0000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00232491  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1892  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  22.85 
 
 
363 aa  78.6  0.0000000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.323877 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1173  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  21.78 
 
 
380 aa  78.2  0.0000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.113377  normal  0.236681 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1804  glycine cleavage system T protein  26.32 
 
 
375 aa  77.8  0.0000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.280258  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1885  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  23.16 
 
 
363 aa  77  0.0000000000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2005  glycine cleavage system T protein  27.44 
 
 
350 aa  77  0.0000000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.55358  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1526  glycine cleavage system T protein  24.76 
 
 
371 aa  76.6  0.0000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.293085 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0045  glycine cleavage system T protein  26.71 
 
 
379 aa  76.3  0.000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0713  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  23.4 
 
 
364 aa  75.9  0.000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1817  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  26.22 
 
 
363 aa  75.5  0.000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000448698  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1559  glycine cleavage system T protein  27.69 
 
 
359 aa  75.5  0.000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.338769 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1914  glycine cleavage system T protein  25.73 
 
 
381 aa  75.1  0.000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00180377 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11173  aminomethyltransferase  22.84 
 
 
360 aa  75.1  0.000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.324081  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0737  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  23.1 
 
 
364 aa  75.1  0.000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2522  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  25 
 
 
360 aa  74.3  0.000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.167801 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0426  glycine cleavage system T protein  25.08 
 
 
372 aa  74.3  0.000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.473658  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1269  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  23.91 
 
 
400 aa  73.2  0.000000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0094  glycine cleavage system T protein  25.15 
 
 
401 aa  72.8  0.00000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0214  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  23.56 
 
 
364 aa  72.8  0.00000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2054  glycine cleavage system T protein  21.66 
 
 
374 aa  72  0.00000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2824  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  21.67 
 
 
369 aa  72.4  0.00000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4141  glycine cleavage system T protein  23.71 
 
 
366 aa  72.4  0.00000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5660  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  23.65 
 
 
365 aa  71.2  0.00000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19710  glycine cleavage system T protein (aminomethyltransferase)  22.2 
 
 
425 aa  71.2  0.00000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.207697  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1595  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  21.09 
 
 
363 aa  70.9  0.00000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0825414  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1628  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  21.09 
 
 
363 aa  70.9  0.00000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4039  glycine cleavage system T protein  22.59 
 
 
365 aa  70.9  0.00000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000142158  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1240  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  23.61 
 
 
390 aa  70.5  0.00000000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.199307 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1945  aminomethyltransferase  23.91 
 
 
366 aa  70.1  0.00000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000285507 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0339  glycine cleavage system T protein  23.2 
 
 
363 aa  70.1  0.00000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000293484  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1102  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  21.07 
 
 
363 aa  68.6  0.0000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.547647  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1403  glycine cleavage system T protein  24.61 
 
 
376 aa  68.9  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2760  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  23.65 
 
 
376 aa  68.6  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.792697 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3845  glycine cleavage system T protein  25.32 
 
 
369 aa  68.6  0.0000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00490  aminomethyltransferase  24.69 
 
 
381 aa  68.9  0.0000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.155954 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3824  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  22.41 
 
 
369 aa  67.4  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3874  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  22.41 
 
 
369 aa  67.4  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.644537  normal  0.546163 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3299  glycine cleavage system T protein  23.58 
 
 
389 aa  67.4  0.0000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.212433  normal  0.550694 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0155  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  24.31 
 
 
368 aa  67  0.0000000007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.843588  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2868  glycine cleavage system T protein  24.05 
 
 
361 aa  66.6  0.0000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0901  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  22.98 
 
 
366 aa  66.6  0.0000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.281219  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0136  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  24.15 
 
 
368 aa  67  0.0000000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0764  aminomethyltransferase  20.26 
 
 
401 aa  66.6  0.0000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.214671  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1847  aminomethyltransferase  25.16 
 
 
386 aa  66.6  0.0000000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.674665 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3463  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  24.92 
 
 
830 aa  65.9  0.000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4863  glycine cleavage system T protein  23.72 
 
 
378 aa  65.9  0.000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3574  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  27.5 
 
 
369 aa  65.9  0.000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0601666  normal  0.0493616 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4131  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  22.98 
 
 
366 aa  66.6  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3971  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  22.98 
 
 
366 aa  66.6  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2714  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  24.49 
 
 
360 aa  66.2  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2020  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  22.67 
 
 
403 aa  66.2  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.436876 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0469  glycine cleavage system T protein  25.11 
 
 
371 aa  65.9  0.000000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4449  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  22.98 
 
 
366 aa  66.6  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.268637  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4247  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  22.98 
 
 
366 aa  66.6  0.000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2017  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  25.33 
 
 
365 aa  66.2  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00105963  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4305  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  23.44 
 
 
366 aa  65.5  0.000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3981  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  23.44 
 
 
366 aa  65.9  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0395  glycine cleavage system T protein  24.52 
 
 
363 aa  65.5  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2360  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  24.89 
 
 
365 aa  65.1  0.000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0807615  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12380  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  26.18 
 
 
377 aa  65.5  0.000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0676633  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4358  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  23.44 
 
 
366 aa  65.5  0.000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.51819  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1587  glycine cleavage system T protein  22.2 
 
 
363 aa  65.1  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02950  aminomethyltransferase  28.28 
 
 
388 aa  65.1  0.000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01654  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  25.08 
 
 
369 aa  64.7  0.000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2620  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  24.24 
 
 
360 aa  64.7  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.398044  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2751  aminomethyltransferase  20.83 
 
 
365 aa  65.1  0.000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12239  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  23.9 
 
 
379 aa  63.9  0.000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0923739  normal  0.265533 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4082  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  24.54 
 
 
366 aa  64.3  0.000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1996  glycine cleavage system T protein  22.16 
 
 
367 aa  63.5  0.000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.672194  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4706  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  23.47 
 
 
850 aa  63.5  0.000000008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.449188  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_26241  predicted protein  27.23 
 
 
414 aa  63.2  0.000000009  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.010386 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2562  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  22.74 
 
 
360 aa  62.8  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>