281 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1944 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1944  aminomethyltransferase, putative  100 
 
 
425 aa  888    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000857452 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33030  aminomethyltransferase  38.68 
 
 
450 aa  279  7e-74  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6553  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  35.79 
 
 
467 aa  274  3e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0277028  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0209  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.59 
 
 
450 aa  269  5.9999999999999995e-71  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.000425405  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0192  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.38 
 
 
462 aa  268  2e-70  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.000184996  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1565  aminomethyltransferase  36.92 
 
 
457 aa  262  8.999999999999999e-69  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.287343  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24920  glycine cleavage system T protein (aminomethyltransferase)  35.78 
 
 
460 aa  238  2e-61  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.852439  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11650  aminomethyltransferase  36.53 
 
 
466 aa  235  1.0000000000000001e-60  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2404  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  33.65 
 
 
462 aa  231  3e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2861  aminomethyltransferase  34.28 
 
 
466 aa  223  3e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5560  glycine cleavage system T protein aminomethyltransferase  31.32 
 
 
472 aa  209  7e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0320  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  33.33 
 
 
469 aa  204  2e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1173  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  23.39 
 
 
380 aa  98.6  2e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.113377  normal  0.236681 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0764  aminomethyltransferase  23.32 
 
 
401 aa  91.3  3e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.214671  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1269  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  23.98 
 
 
400 aa  89.7  8e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0232  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  22.85 
 
 
368 aa  87.4  4e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1818  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  22.9 
 
 
403 aa  86.7  8e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2063  FAD dependent oxidoreductase  25 
 
 
806 aa  85.1  0.000000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0713  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  21.12 
 
 
364 aa  85.1  0.000000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23440  glycine cleavage system T protein  24.07 
 
 
357 aa  84.3  0.000000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000137386  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2496  aminomethyltransferase  28.24 
 
 
977 aa  83.2  0.000000000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2751  aminomethyltransferase  22.17 
 
 
365 aa  83.2  0.000000000000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0737  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  21.5 
 
 
364 aa  82.4  0.00000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1496  glycine cleavage system T protein  21.34 
 
 
371 aa  82.4  0.00000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5660  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  24.48 
 
 
365 aa  80.9  0.00000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2461  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  23.73 
 
 
380 aa  79.7  0.00000000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0469  glycine cleavage system T protein  22.41 
 
 
371 aa  79.3  0.0000000000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4131  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  21.22 
 
 
366 aa  78.2  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3971  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  21.22 
 
 
366 aa  78.2  0.0000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3981  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  21.22 
 
 
366 aa  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4247  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  21.22 
 
 
366 aa  78.2  0.0000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4449  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  21.22 
 
 
366 aa  78.2  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.268637  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13330  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  24.1 
 
 
370 aa  77.4  0.0000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19710  glycine cleavage system T protein (aminomethyltransferase)  21.11 
 
 
425 aa  77.8  0.0000000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.207697  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0901  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  21.22 
 
 
366 aa  77.4  0.0000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.281219  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4305  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  21.22 
 
 
366 aa  77  0.0000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4358  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  21.22 
 
 
366 aa  77  0.0000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.51819  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3364  glycine cleavage system T protein  23.67 
 
 
369 aa  76.6  0.0000000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0426  glycine cleavage system T protein  22.99 
 
 
372 aa  76.6  0.0000000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.473658  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2361  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  22.03 
 
 
364 aa  76.3  0.0000000000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.365627  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3184  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  25.5 
 
 
772 aa  76.3  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.932347  normal  0.101013 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5134  aminomethyltransferase  23.34 
 
 
757 aa  76.3  0.000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4039  glycine cleavage system T protein  21.89 
 
 
365 aa  75.1  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000142158  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1847  aminomethyltransferase, putative  38.79 
 
 
131 aa  74.7  0.000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000160694  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0470  aminomethyltransferase  23.11 
 
 
440 aa  73.6  0.000000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000173433  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0767  glycine cleavage system T protein  23.11 
 
 
442 aa  73.9  0.000000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4339  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  21.22 
 
 
366 aa  73.2  0.000000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.485786  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3838  FAD dependent oxidoreductase  27.6 
 
 
827 aa  73.2  0.000000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.761233  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3460  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  22.55 
 
 
781 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0720  glycine cleavage system T protein  20.87 
 
 
364 aa  72  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2805  FAD dependent oxidoreductase  22.37 
 
 
802 aa  71.6  0.00000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.898682  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4082  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  21.32 
 
 
366 aa  71.2  0.00000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0716  glycine cleavage system T protein  21.79 
 
 
365 aa  70.9  0.00000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2915  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  19.56 
 
 
366 aa  70.9  0.00000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.75153  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0155  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  24.57 
 
 
790 aa  71.2  0.00000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2285  glycine cleavage system T protein  25.56 
 
 
370 aa  70.9  0.00000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00010894 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3474  aminomethyltransferase  25.35 
 
 
965 aa  70.9  0.00000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2222  aminomethyltransferase  27.14 
 
 
968 aa  70.5  0.00000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.282485  normal  0.38236 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0214  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  21.23 
 
 
364 aa  70.5  0.00000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1756  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  24.27 
 
 
362 aa  68.9  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.971274  normal  0.141351 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3603  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  23.37 
 
 
761 aa  69.3  0.0000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0434  FAD dependent oxidoreductase  23.24 
 
 
819 aa  68.9  0.0000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1202  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  22.6 
 
 
752 aa  69.3  0.0000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0949  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  24.18 
 
 
433 aa  68.2  0.0000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2522  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  25.37 
 
 
360 aa  68.9  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.167801 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2689  putative sarcosine oxidase, alpha subunit  24.58 
 
 
993 aa  68.2  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1347  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  24.15 
 
 
993 aa  67.4  0.0000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0394007 
 
 
-
 
NC_002950  PG1559  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  25 
 
 
362 aa  67  0.0000000006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3299  glycine cleavage system T protein  25.74 
 
 
389 aa  67  0.0000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.212433  normal  0.550694 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1914  glycine cleavage system T protein  23.99 
 
 
381 aa  66.6  0.0000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00180377 
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_56477  glycine decarboxylase t-protein  25 
 
 
854 aa  67  0.0000000007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.645348  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1843  hypothetical protein  54 
 
 
74 aa  66.6  0.0000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000707061  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1983  aminomethyltransferase  22.28 
 
 
366 aa  66.6  0.0000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00232491  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3316  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  21.61 
 
 
789 aa  66.6  0.0000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2450  sarcosine oxidase, alpha subunit  25.76 
 
 
968 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0353624  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2351  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  22.85 
 
 
372 aa  66.2  0.000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.417081  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1538  glycine cleavage system T protein  22.58 
 
 
360 aa  65.9  0.000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.641003  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1945  aminomethyltransferase  26.64 
 
 
366 aa  65.5  0.000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000285507 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2102  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  25.12 
 
 
967 aa  65.5  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4350  FAD dependent oxidoreductase  25 
 
 
816 aa  65.5  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000248836 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6592  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  21.7 
 
 
789 aa  65.9  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00642843 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3574  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  25.06 
 
 
369 aa  65.1  0.000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0601666  normal  0.0493616 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1874  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  24.23 
 
 
993 aa  64.3  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5112  FAD dependent oxidoreductase  21.26 
 
 
806 aa  64.3  0.000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0323529 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00490  aminomethyltransferase  23.77 
 
 
381 aa  63.9  0.000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.155954 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5656  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  21.95 
 
 
789 aa  63.9  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.240642  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0045  glycine cleavage system T protein  23.2 
 
 
379 aa  63.5  0.000000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1217  glycine cleavage system T protein  27.09 
 
 
377 aa  63.5  0.000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0104927 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1696  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  25.1 
 
 
963 aa  63.5  0.000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1847  aminomethyltransferase  22.37 
 
 
386 aa  63.2  0.000000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.674665 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0961  glycine cleavage system T protein  22.59 
 
 
364 aa  62.8  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.132468  normal  0.780252 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1934  sarcosine oxidase, alpha subunit family  22.03 
 
 
1008 aa  62.8  0.00000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.857913  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1349  aminomethyltransferase  20.96 
 
 
961 aa  62  0.00000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0486795  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1245  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  23.53 
 
 
360 aa  61.6  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2714  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  23.88 
 
 
360 aa  62  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4021  FAD dependent oxidoreductase  25.54 
 
 
816 aa  61.6  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0998  sarcosine oxidase, alpha subunit  21.18 
 
 
1002 aa  61.6  0.00000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3218  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  21.76 
 
 
1003 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.6611  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5149  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  21.76 
 
 
1003 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.685714  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5130  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  21.76 
 
 
1003 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.564835  normal  0.907469 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>