263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0956 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_4369  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  57.16 
 
 		 701 aa  794    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0404  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  63.97 
 
 		 777 aa  972    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2586  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  54.06 
 
 		 727 aa  772    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.577877  normal  0.134975 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1239  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  53.72 
 
 		 760 aa  758    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3329  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  54.91 
 
 		 733 aa  762    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.10801  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3289  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  57.16 
 
 		 724 aa  745    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0726267  normal  0.258667 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1095  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  55.19 
 
 		 760 aa  778    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.729278  normal  0.459772 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2402  glycyl-tRNA synthetase beta chain  48.7 
 
 		 720 aa  638    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0966728  normal  0.754916 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4348  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  53.33 
 
 		 728 aa  762    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.314297  hitchhiker  0.00562302 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2126  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  47.61 
 
 		 821 aa  695    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0583  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  77.75 
 
 		 704 aa  1168    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.496315 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3210  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  52.31 
 
 		 764 aa  733    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.58245  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3416  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  58.98 
 
 		 696 aa  772    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.269984  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1138  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  59.64 
 
 		 699 aa  783    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0714  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  63.63 
 
 		 789 aa  996    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0538  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  78.56 
 
 		 727 aa  1174    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.533831  normal  0.300886 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0466  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  71.6 
 
 		 721 aa  1075    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3096  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  58.75 
 
 		 726 aa  796    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0413  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  63.84 
 
 		 777 aa  971    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1109  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  53.56 
 
 		 737 aa  661    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0522  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  65.81 
 
 		 764 aa  972    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2357  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  54.7 
 
 		 701 aa  757    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.306896  normal  0.223006 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0956  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  100 
 
 		 764 aa  1533    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0380  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  56.09 
 
 		 740 aa  855    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2759  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  60.89 
 
 		 704 aa  629  1e-179  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0644  glycine--tRNA ligase  47 
 
 		 758 aa  626  1e-178  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.121642  normal  0.442369 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0728  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  48.45 
 
 		 741 aa  622  1e-177  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2178  glycine--tRNA ligase  48.47 
 
 		 738 aa  625  1e-177  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2310  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.85 
 
 		 687 aa  622  1e-176  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.75706 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0540  glycine--tRNA ligase  46.87 
 
 		 685 aa  619  1e-176  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.228601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1858  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.4 
 
 		 697 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0507  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.53 
 
 		 697 aa  613  9.999999999999999e-175  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.250134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2731  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.92 
 
 		 739 aa  613  9.999999999999999e-175  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0985358  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1221  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  53.34 
 
 		 822 aa  614  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.64374 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2175  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.03 
 
 		 728 aa  561  1e-158  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.754598  normal  0.117585 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2111  glycine--tRNA ligase  43.23 
 
 		 738 aa  536  1e-151  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.541212  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1611  glycine--tRNA ligase  44.71 
 
 		 723 aa  515  1e-144  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0785205 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4858  glycine--tRNA ligase  43.6 
 
 		 677 aa  509  9.999999999999999e-143  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2955  glycine--tRNA ligase  41.16 
 
 		 721 aa  477  1e-133  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0577  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  39.24 
 
 		 686 aa  431  1e-119  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0505087  hitchhiker  0.0000000000000536601 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2185  glycine--tRNA ligase  39.11 
 
 		 723 aa  414  1e-114  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2210  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.31 
 
 		 697 aa  391  1e-107  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2472  glycine--tRNA ligase  34.59 
 
 		 695 aa  379  1e-104  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0180526  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2055  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  33.33 
 
 		 697 aa  377  1e-103  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.35855  normal  0.503298 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3059  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.63 
 
 		 687 aa  379  1e-103  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0579  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.28 
 
 		 687 aa  372  1e-101  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2941  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.15 
 
 		 686 aa  371  1e-101  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.125162  hitchhiker  0.000287233 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1773  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  33.38 
 
 		 697 aa  367  1e-100  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0663369  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0599  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.94 
 
 		 688 aa  367  1e-100  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000487119  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1022  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  33.64 
 
 		 687 aa  367  1e-100  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.208045  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0355  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  33.85 
 
 		 690 aa  365  2e-99  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1441  glycine--tRNA ligase  33.12 
 
 		 700 aa  365  2e-99  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.764176  normal  0.147312 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.33 
 
 		 689 aa  363  8e-99  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000111985 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0644  glycine--tRNA ligase  34.94 
 
 		 708 aa  358  1.9999999999999998e-97  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4177  glycine--tRNA ligase  35.46 
 
 		 708 aa  358  1.9999999999999998e-97  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.787875  normal  0.54331 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.59 
 
 		 689 aa  357  5e-97  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0544  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  35.09 
 
 		 720 aa  356  1e-96  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2445  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.07 
 
 		 694 aa  354  2.9999999999999997e-96  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  31.81 
 
 		 688 aa  352  1e-95  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0656  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  33.29 
 
 		 687 aa  352  2e-95  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.70031e-23 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0479  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  33.03 
 
 		 688 aa  350  7e-95  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0642  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  33.81 
 
 		 687 aa  350  8e-95  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.91532  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3535  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  34.82 
 
 		 712 aa  348  1e-94  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.028288 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2347  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  35.58 
 
 		 701 aa  348  1e-94  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.501634 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0011  glycine--tRNA ligase  33.55 
 
 		 693 aa  349  1e-94  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.466423 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.24 
 
 		 689 aa  348  2e-94  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00736647 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1289  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  35.52 
 
 		 704 aa  348  2e-94  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.708462 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0400  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.98 
 
 		 697 aa  347  3e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.543468 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.88 
 
 		 694 aa  347  5e-94  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0415  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.71 
 
 		 697 aa  346  8.999999999999999e-94  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.474954  normal  0.979484 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0604  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  32.81 
 
 		 694 aa  346  1e-93  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2116  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  32.77 
 
 		 689 aa  345  1e-93  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2051  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  34.28 
 
 		 692 aa  345  2e-93  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3372  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  33.93 
 
 		 705 aa  345  2e-93  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.173732  normal  0.25449 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0528  glycine--tRNA ligase  34.84 
 
 		 720 aa  345  2e-93  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0942391 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0207  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  32.64 
 
 		 692 aa  344  2.9999999999999997e-93  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0013  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.29 
 
 		 684 aa  344  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0155  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  31.94 
 
 		 705 aa  344  4e-93  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.117933  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3255  Glycine--tRNA ligase  32.55 
 
 		 696 aa  343  9e-93  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0025  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  33.51 
 
 		 689 aa  340  5e-92  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0144037 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0686  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.4 
 
 		 699 aa  339  9e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.509477  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2965  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  33.38 
 
 		 688 aa  339  9.999999999999999e-92  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.425514  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3047  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  33.51 
 
 		 698 aa  339  9.999999999999999e-92  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.228214  normal  0.0284837 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1864  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.06 
 
 		 712 aa  339  9.999999999999999e-92  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0014  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  32.9 
 
 		 689 aa  338  1.9999999999999998e-91  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000639104 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  32.73 
 
 		 692 aa  338  1.9999999999999998e-91  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0555063  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0163  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.42 
 
 		 689 aa  338  1.9999999999999998e-91  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4130  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  33.42 
 
 		 689 aa  337  3.9999999999999995e-91  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4202  glycine--tRNA ligase  35.45 
 
 		 731 aa  337  3.9999999999999995e-91  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0023  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  33.42 
 
 		 689 aa  337  3.9999999999999995e-91  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3782  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  33.42 
 
 		 689 aa  337  3.9999999999999995e-91  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0405  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.11 
 
 		 699 aa  337  5e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.721596  normal  0.352354 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4037  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  33.9 
 
 		 689 aa  337  5.999999999999999e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.414013 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00100  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  33.51 
 
 		 685 aa  337  5.999999999999999e-91  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3849  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.03 
 
 		 689 aa  336  7.999999999999999e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0070  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.16 
 
 		 689 aa  336  1e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.118047  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3977  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  33.77 
 
 		 689 aa  335  1e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3931  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  33.77 
 
 		 689 aa  335  1e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3868  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.03 
 
 		 689 aa  335  2e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1568  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  33.68 
 
 		 712 aa  335  2e-90  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.269615  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>