263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0013 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03410  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  51.02 
 
 		 689 aa  648    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0152  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  51.02 
 
 		 689 aa  648    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0060  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  82.31 
 
 		 684 aa  1158    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0076  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  82.02 
 
 		 684 aa  1154    Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000133889  normal  0.112381 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0185  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  81.14 
 
 		 684 aa  1131    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0011  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  80.85 
 
 		 684 aa  1134    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1773  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  49.78 
 
 		 697 aa  659    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0663369  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3849  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  51.16 
 
 		 689 aa  640    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3977  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  51.31 
 
 		 689 aa  640    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0023  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  51.6 
 
 		 689 aa  658    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0373  glycine--tRNA ligase  50.58 
 
 		 691 aa  656    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.87078  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  80.26 
 
 		 684 aa  1125    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000238485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0013  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  100 
 
 		 684 aa  1366    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2210  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  50 
 
 		 697 aa  673    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4037  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  51.31 
 
 		 689 aa  641    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.414013 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0355  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  48.11 
 
 		 690 aa  647    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3782  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  51.6 
 
 		 689 aa  658    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03361  hypothetical protein  51.02 
 
 		 689 aa  648    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0079  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  82.02 
 
 		 683 aa  1152    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.248487  decreased coverage  0.0000000000235888 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0163  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  51.45 
 
 		 689 aa  654    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  80.41 
 
 		 685 aa  1075    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3966  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  51.02 
 
 		 689 aa  647    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0012  glycine--tRNA ligase  51.61 
 
 		 690 aa  676    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.948293  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3868  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  51.16 
 
 		 689 aa  639    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  52.84 
 
 		 688 aa  649    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2055  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  50 
 
 		 697 aa  662    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.35855  normal  0.503298 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0070  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  50.87 
 
 		 689 aa  643    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.118047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4130  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  51.6 
 
 		 689 aa  658    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0156  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  51.02 
 
 		 689 aa  648    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  48.91 
 
 		 692 aa  651    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0479  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  51.6 
 
 		 688 aa  655    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3881  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  51.16 
 
 		 689 aa  651    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4167  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  51.02 
 
 		 689 aa  645    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00090  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  79.97 
 
 		 684 aa  1064    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3761  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  51.02 
 
 		 689 aa  648    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.677293  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4054  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  51.16 
 
 		 689 aa  648    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4934  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  51.16 
 
 		 689 aa  650    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.711684 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4449  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  51.16 
 
 		 689 aa  640    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3726  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  48.69 
 
 		 688 aa  664    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0038  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  53.84 
 
 		 693 aa  688    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.903555  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0076  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  82.31 
 
 		 683 aa  1154    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.589695  hitchhiker  0.000000000290731 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0061  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  51.02 
 
 		 689 aa  636    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3255  Glycine--tRNA ligase  53.06 
 
 		 696 aa  684    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3931  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  51.31 
 
 		 689 aa  640    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00100  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  77.92 
 
 		 685 aa  1075    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2965  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  49.85 
 
 		 688 aa  632  1e-180  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.425514  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0043  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  50.79 
 
 		 694 aa  632  1e-180  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  49.27 
 
 		 689 aa  624  1e-177  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00736647 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2050  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  49.71 
 
 		 693 aa  621  1e-176  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  48.55 
 
 		 689 aa  622  1e-176  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0011  glycine--tRNA ligase  50.51 
 
 		 693 aa  620  1e-176  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.466423 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  48.26 
 
 		 689 aa  620  1e-176  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000111985 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.43 
 
 		 688 aa  617  1e-175  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0025  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  49.13 
 
 		 689 aa  609  1e-173  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0144037 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0207  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.96 
 
 		 692 aa  606  9.999999999999999e-173  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2051  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  48.76 
 
 		 692 aa  608  9.999999999999999e-173  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0014  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.97 
 
 		 689 aa  608  9.999999999999999e-173  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000639104 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2116  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.67 
 
 		 689 aa  603  1.0000000000000001e-171  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.62 
 
 		 694 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  49.06 
 
 		 692 aa  600  1e-170  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0555063  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  48.4 
 
 		 689 aa  601  1e-170  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002000  glycyl-tRNA synthetase beta chain  50 
 
 		 688 aa  598  1e-170  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2499  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  48.54 
 
 		 688 aa  600  1e-170  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  48.84 
 
 		 689 aa  595  1e-169  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00449  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  49.2 
 
 		 693 aa  589  1e-167  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  48.55 
 
 		 689 aa  591  1e-167  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0151663 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  48.55 
 
 		 689 aa  590  1e-167  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000499537 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1803  glycyl-tRNA synthetase beta chain  46.21 
 
 		 688 aa  585  1e-166  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  48.4 
 
 		 689 aa  588  1e-166  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0014  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  49.27 
 
 		 688 aa  585  1.0000000000000001e-165  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.91 
 
 		 694 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.829353  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1804  glycyl-tRNA synthetase beta chain  45.92 
 
 		 688 aa  578  1.0000000000000001e-163  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0016  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  48.84 
 
 		 688 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000327788 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  48.55 
 
 		 688 aa  575  1.0000000000000001e-162  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000120926 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  48.55 
 
 		 688 aa  575  1.0000000000000001e-162  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0754706 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2574  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  48.55 
 
 		 693 aa  560  1e-158  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00568144 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0889  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  43.85 
 
 		 722 aa  533  1e-150  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1013  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  43.93 
 
 		 722 aa  534  1e-150  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.40504  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1221  glycine--tRNA ligase  45.22 
 
 		 696 aa  531  1e-149  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0686  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.51 
 
 		 699 aa  528  1e-148  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.509477  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0160  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  41.27 
 
 		 699 aa  526  1e-148  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.520924  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03829  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  42.74 
 
 		 745 aa  525  1e-147  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3982  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.98 
 
 		 691 aa  517  1.0000000000000001e-145  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.295232 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0400  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  44.82 
 
 		 697 aa  514  1e-144  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.543468 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4013  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.21 
 
 		 699 aa  511  1e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.454838  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0415  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.11 
 
 		 697 aa  511  1e-143  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.474954  normal  0.979484 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0405  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.77 
 
 		 699 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.721596  normal  0.352354 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2702  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.63 
 
 		 699 aa  503  1e-141  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0207133  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0524  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  44.83 
 
 		 697 aa  500  1e-140  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0189981 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2090  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.48 
 
 		 699 aa  500  1e-140  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.339656  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0597  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.3 
 
 		 699 aa  497  1e-139  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0701  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.48 
 
 		 699 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0218  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.48 
 
 		 699 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2350  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.48 
 
 		 699 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0881  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.48 
 
 		 699 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.59966  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1568  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  42.7 
 
 		 712 aa  493  9.999999999999999e-139  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.269615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2430  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.48 
 
 		 699 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.726931  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0716  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.48 
 
 		 699 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2728  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.48 
 
 		 699 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2729  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.77 
 
 		 699 aa  492  1e-137  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>