263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0400 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_0400  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  100 
 
 
697 aa  1397    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.543468 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2350  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  64.23 
 
 
699 aa  839    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0524  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  89.47 
 
 
697 aa  1226    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0189981 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2430  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  64.23 
 
 
699 aa  839    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.726931  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1864  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  56.37 
 
 
712 aa  757    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0218  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  64.23 
 
 
699 aa  839    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3535  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  55.37 
 
 
712 aa  719    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.028288 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0701  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  64.23 
 
 
699 aa  839    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0507  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  73.4 
 
 
710 aa  962    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.524717  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3380  glycine--tRNA ligase  56.42 
 
 
705 aa  689    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0350484  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2347  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  54.27 
 
 
701 aa  657    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.501634 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0881  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  64.23 
 
 
699 aa  839    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.59966  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6029  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  64.53 
 
 
699 aa  832    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.174982  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0686  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  65.55 
 
 
699 aa  873    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.509477  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0550  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  51.4 
 
 
739 aa  652    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0584  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  64.53 
 
 
699 aa  842    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0716  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  64.09 
 
 
699 aa  836    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0215  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  53.99 
 
 
713 aa  636    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.101783 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2163  glycine--tRNA ligase  51.63 
 
 
718 aa  645    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.669407  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3695  glycine--tRNA ligase  53.11 
 
 
744 aa  657    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.641842  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0644  glycine--tRNA ligase  54.78 
 
 
708 aa  699    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4202  glycine--tRNA ligase  54.95 
 
 
731 aa  684    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4013  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  65.26 
 
 
699 aa  851    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.454838  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0415  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  98.85 
 
 
697 aa  1383    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.474954  normal  0.979484 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1568  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  55.67 
 
 
712 aa  758    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.269615  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0446  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  74 
 
 
707 aa  1015    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2090  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  64.96 
 
 
699 aa  848    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.339656  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0544  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  54.22 
 
 
720 aa  688    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2754  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  65.55 
 
 
699 aa  832    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.200754  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0405  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  65.26 
 
 
699 aa  861    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.721596  normal  0.352354 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2729  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  64.82 
 
 
699 aa  835    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2702  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  64.96 
 
 
699 aa  849    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0207133  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2619  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  65.26 
 
 
699 aa  830    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4743  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  56.26 
 
 
712 aa  694    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1289  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  55.65 
 
 
704 aa  684    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.708462 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4177  glycine--tRNA ligase  54.3 
 
 
708 aa  674    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.787875  normal  0.54331 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0444  glycine--tRNA ligase  54.65 
 
 
711 aa  675    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0906989  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0528  glycine--tRNA ligase  53.59 
 
 
720 aa  668    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0942391 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0597  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  66.28 
 
 
699 aa  854    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2728  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  64.23 
 
 
699 aa  839    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0871  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  53.86 
 
 
695 aa  613  9.999999999999999e-175  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.306102  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4934  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.08 
 
 
689 aa  556  1e-157  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.711684 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0373  glycine--tRNA ligase  44.91 
 
 
691 aa  555  1e-157  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.87078  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3881  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.08 
 
 
689 aa  558  1e-157  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4054  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.08 
 
 
689 aa  555  1e-157  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03410  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.93 
 
 
689 aa  555  1e-156  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0152  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  45.93 
 
 
689 aa  555  1e-156  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0156  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.93 
 
 
689 aa  555  1e-156  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3966  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.93 
 
 
689 aa  553  1e-156  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3761  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.93 
 
 
689 aa  555  1e-156  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.677293  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03361  hypothetical protein  45.93 
 
 
689 aa  555  1e-156  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0070  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.4 
 
 
689 aa  550  1e-155  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.118047  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4449  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.12 
 
 
689 aa  547  1e-154  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4130  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.43 
 
 
689 aa  545  1e-154  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3782  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.43 
 
 
689 aa  545  1e-154  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0023  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.43 
 
 
689 aa  545  1e-154  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0043  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.47 
 
 
694 aa  543  1e-153  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0012  glycine--tRNA ligase  45.48 
 
 
690 aa  545  1e-153  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.948293  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0479  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  43.74 
 
 
688 aa  543  1e-153  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4167  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.6 
 
 
689 aa  545  1e-153  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3977  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.36 
 
 
689 aa  541  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3849  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.36 
 
 
689 aa  541  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4037  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.22 
 
 
689 aa  540  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.414013 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3868  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.36 
 
 
689 aa  540  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3931  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.36 
 
 
689 aa  541  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0061  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  44.87 
 
 
689 aa  535  1e-151  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0163  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  44.57 
 
 
689 aa  538  1e-151  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3255  Glycine--tRNA ligase  44.99 
 
 
696 aa  535  1e-150  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0076  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.26 
 
 
684 aa  530  1e-149  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000133889  normal  0.112381 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.04 
 
 
684 aa  526  1e-148  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000238485  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0013  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.18 
 
 
684 aa  528  1e-148  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0060  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  44.83 
 
 
684 aa  524  1e-147  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0355  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  42.59 
 
 
690 aa  523  1e-147  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3726  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  43.47 
 
 
688 aa  523  1e-147  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  41.46 
 
 
692 aa  521  1e-146  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0076  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  44.32 
 
 
683 aa  515  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.589695  hitchhiker  0.000000000290731 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2965  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  44.13 
 
 
688 aa  516  1.0000000000000001e-145  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.425514  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0079  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  43.88 
 
 
683 aa  514  1e-144  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.248487  decreased coverage  0.0000000000235888 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0011  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  43.47 
 
 
684 aa  511  1e-143  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0185  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  43.76 
 
 
684 aa  508  9.999999999999999e-143  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2499  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  44.54 
 
 
688 aa  505  9.999999999999999e-143  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00100  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  43.68 
 
 
685 aa  506  9.999999999999999e-143  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2210  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  41.51 
 
 
697 aa  505  1e-141  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  44.14 
 
 
692 aa  503  1e-141  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0555063  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0011  glycine--tRNA ligase  44.33 
 
 
693 aa  504  1e-141  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.466423 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.69 
 
 
685 aa  504  1e-141  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0038  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  43.12 
 
 
693 aa  500  1e-140  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.903555  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  42.32 
 
 
689 aa  499  1e-139  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000111985 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  42.53 
 
 
689 aa  495  9.999999999999999e-139  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00090  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.04 
 
 
684 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0025  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  44 
 
 
689 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0144037 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  43.24 
 
 
689 aa  492  1e-137  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00736647 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  42.25 
 
 
694 aa  490  1e-137  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0014  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  42.65 
 
 
689 aa  489  1e-137  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000639104 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2051  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  42.06 
 
 
692 aa  486  1e-136  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002000  glycyl-tRNA synthetase beta chain  43.6 
 
 
688 aa  483  1e-135  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  43.57 
 
 
689 aa  485  1e-135  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  43.67 
 
 
694 aa  482  1e-135  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.829353  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  40.32 
 
 
688 aa  480  1e-134  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2050  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  43.29 
 
 
693 aa  476  1e-133  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>