263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_0006 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03410  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  54.43 
 
 		 689 aa  751    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0152  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  54.43 
 
 		 689 aa  751    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4037  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  54.43 
 
 		 689 aa  748    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.414013 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0043  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  56.34 
 
 		 694 aa  771    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  100 
 
 		 688 aa  1403    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2499  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  55.56 
 
 		 688 aa  748    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0014  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  57.33 
 
 		 688 aa  754    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03361  hypothetical protein  54.43 
 
 		 689 aa  751    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1773  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.98 
 
 		 697 aa  639    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0663369  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3931  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  54.43 
 
 		 689 aa  747    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0023  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  55.15 
 
 		 689 aa  760    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3782  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  55.15 
 
 		 689 aa  760    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0061  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  55.88 
 
 		 689 aa  769    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0373  glycine--tRNA ligase  46.58 
 
 		 691 aa  651    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.87078  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0163  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  53.9 
 
 		 689 aa  738    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3881  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  54.43 
 
 		 689 aa  752    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0355  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  47.97 
 
 		 690 aa  654    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0070  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  55.59 
 
 		 689 aa  763    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.118047  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3255  Glycine--tRNA ligase  48.11 
 
 		 696 aa  665    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3761  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  54.43 
 
 		 689 aa  751    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.677293  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  56.6 
 
 		 689 aa  782    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3977  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  54.43 
 
 		 689 aa  747    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4449  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  55.59 
 
 		 689 aa  768    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0156  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  54.43 
 
 		 689 aa  751    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2210  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  48.41 
 
 		 697 aa  660    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  57.76 
 
 		 689 aa  759    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4167  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  55.3 
 
 		 689 aa  768    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3966  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  54.28 
 
 		 689 aa  748    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0012  glycine--tRNA ligase  48.9 
 
 		 690 aa  651    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.948293  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4934  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  54.43 
 
 		 689 aa  752    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.711684 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  57.49 
 
 		 694 aa  772    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.829353  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4130  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  55.15 
 
 		 689 aa  760    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  57.76 
 
 		 689 aa  757    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000499537 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4054  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  54.43 
 
 		 689 aa  751    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0014  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  56.17 
 
 		 689 aa  764    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000639104 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3868  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  54.43 
 
 		 689 aa  746    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  59.16 
 
 		 692 aa  833    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0479  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  54.19 
 
 		 688 aa  761    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  57.91 
 
 		 688 aa  751    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000120926 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  57.91 
 
 		 688 aa  752    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0754706 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0011  glycine--tRNA ligase  47.16 
 
 		 693 aa  645    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.466423 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  57.06 
 
 		 694 aa  795    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3849  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  54.43 
 
 		 689 aa  746    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00090  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  48.91 
 
 		 684 aa  638    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00449  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  55.88 
 
 		 693 aa  723    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  56.75 
 
 		 692 aa  764    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0555063  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  57.62 
 
 		 689 aa  771    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  57.91 
 
 		 689 aa  763    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2965  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  56.56 
 
 		 688 aa  777    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.425514  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0016  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  58.06 
 
 		 688 aa  752    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000327788 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  57.04 
 
 		 689 aa  776    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00736647 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002000  glycyl-tRNA synthetase beta chain  56.73 
 
 		 688 aa  732    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  58.2 
 
 		 689 aa  766    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0151663 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0025  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  57.18 
 
 		 689 aa  773    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0144037 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3726  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  58.43 
 
 		 688 aa  822    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0038  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  50.72 
 
 		 693 aa  673    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.903555  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  57.33 
 
 		 689 aa  794    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000111985 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  49.27 
 
 		 688 aa  631  1e-179  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00100  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.29 
 
 		 685 aa  625  1e-178  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  48.18 
 
 		 685 aa  628  1e-178  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2055  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.98 
 
 		 697 aa  625  1e-177  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.35855  normal  0.503298 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0185  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  46.67 
 
 		 684 aa  619  1e-176  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.72 
 
 		 684 aa  619  1e-176  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000238485  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0011  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.38 
 
 		 684 aa  617  1e-175  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0013  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.43 
 
 		 684 aa  617  1e-175  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0079  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46 
 
 		 683 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.248487  decreased coverage  0.0000000000235888 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0060  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46 
 
 		 684 aa  611  1e-173  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0076  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.71 
 
 		 684 aa  610  1e-173  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000133889  normal  0.112381 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0076  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.56 
 
 		 683 aa  606  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.589695  hitchhiker  0.000000000290731 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0207  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.02 
 
 		 692 aa  600  1e-170  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2116  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.88 
 
 		 689 aa  597  1e-169  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0160  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  44.16 
 
 		 699 aa  590  1e-167  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.520924  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2574  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  45.76 
 
 		 693 aa  579  1e-164  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00568144 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2051  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  45.32 
 
 		 692 aa  576  1.0000000000000001e-163  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1803  glycyl-tRNA synthetase beta chain  44.15 
 
 		 688 aa  575  1.0000000000000001e-163  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1804  glycyl-tRNA synthetase beta chain  43.96 
 
 		 688 aa  573  1.0000000000000001e-162  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1221  glycine--tRNA ligase  43.75 
 
 		 696 aa  564  1.0000000000000001e-159  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2050  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  44.25 
 
 		 693 aa  561  1e-158  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0644  glycine--tRNA ligase  40.68 
 
 		 708 aa  506  9.999999999999999e-143  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1289  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  42.47 
 
 		 704 aa  507  9.999999999999999e-143  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.708462 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03829  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.67 
 
 		 745 aa  494  9.999999999999999e-139  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3535  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  40.56 
 
 		 712 aa  492  1e-137  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.028288 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4177  glycine--tRNA ligase  40.82 
 
 		 708 aa  483  1e-135  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.787875  normal  0.54331 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0444  glycine--tRNA ligase  40.93 
 
 		 711 aa  485  1e-135  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0906989  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0544  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  40.08 
 
 		 720 aa  480  1e-134  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3380  glycine--tRNA ligase  40.74 
 
 		 705 aa  479  1e-134  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0350484  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4202  glycine--tRNA ligase  41.4 
 
 		 731 aa  480  1e-134  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0686  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  40.79 
 
 		 699 aa  480  1e-134  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.509477  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1568  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  40.82 
 
 		 712 aa  477  1e-133  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.269615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1864  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  40.59 
 
 		 712 aa  478  1e-133  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2347  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  41.14 
 
 		 701 aa  472  1e-132  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.501634 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1013  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.24 
 
 		 722 aa  473  1e-132  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.40504  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0889  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.24 
 
 		 722 aa  472  1.0000000000000001e-131  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1441  glycine--tRNA ligase  39.02 
 
 		 700 aa  470  1.0000000000000001e-131  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.764176  normal  0.147312 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0599  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.66 
 
 		 688 aa  466  9.999999999999999e-131  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000487119  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3982  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  40.61 
 
 		 691 aa  466  9.999999999999999e-131  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.295232 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0550  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  39.64 
 
 		 739 aa  468  9.999999999999999e-131  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0400  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.5 
 
 		 697 aa  464  1e-129  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.543468 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0215  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  41.09 
 
 		 713 aa  464  1e-129  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.101783 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0415  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.71 
 
 		 697 aa  461  9.999999999999999e-129  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.474954  normal  0.979484 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>