265 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4348 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004310  BR0404  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  55.98 
 
 		 777 aa  788    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3329  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  65.35 
 
 		 733 aa  944    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.10801  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1138  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  65.43 
 
 		 699 aa  843    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2759  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  63.9 
 
 		 704 aa  870    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2402  glycyl-tRNA synthetase beta chain  50.81 
 
 		 720 aa  684    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0966728  normal  0.754916 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3096  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  66.03 
 
 		 726 aa  875    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4369  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  64.93 
 
 		 701 aa  907    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2586  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  80.3 
 
 		 727 aa  1173    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.577877  normal  0.134975 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1858  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  51.71 
 
 		 697 aa  679    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2126  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  69.86 
 
 		 821 aa  716    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1095  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  77.55 
 
 		 760 aa  1133    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.729278  normal  0.459772 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0644  glycine--tRNA ligase  50 
 
 		 758 aa  677    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.121642  normal  0.442369 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0728  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  57.84 
 
 		 741 aa  785    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2731  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  49.93 
 
 		 739 aa  687    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0985358  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0956  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  53.33 
 
 		 764 aa  762    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4348  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  100 
 
 		 728 aa  1461    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.314297  hitchhiker  0.00562302 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0583  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  56.34 
 
 		 704 aa  799    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.496315 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1221  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  88.24 
 
 		 822 aa  940    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.64374 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3210  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  78.27 
 
 		 764 aa  1123    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.58245  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0466  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  55.01 
 
 		 721 aa  774    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0522  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  56.02 
 
 		 764 aa  776    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2310  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  50.96 
 
 		 687 aa  672    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.75706 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0714  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  53.84 
 
 		 789 aa  787    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2357  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  80.06 
 
 		 701 aa  1142    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.306896  normal  0.223006 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0413  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  56.11 
 
 		 777 aa  791    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3289  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  63.72 
 
 		 724 aa  842    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0726267  normal  0.258667 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2178  glycine--tRNA ligase  50 
 
 		 738 aa  672    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2175  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  50.67 
 
 		 728 aa  644    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.754598  normal  0.117585 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1239  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  78.29 
 
 		 760 aa  1160    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0507  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  51.71 
 
 		 697 aa  677    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.250134  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0540  glycine--tRNA ligase  50.41 
 
 		 685 aa  676    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.228601  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0538  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  56.07 
 
 		 727 aa  798    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.533831  normal  0.300886 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3416  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  66.12 
 
 		 696 aa  865    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.269984  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1109  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  62.89 
 
 		 737 aa  812    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0380  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  50 
 
 		 740 aa  717    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2111  glycine--tRNA ligase  47.04 
 
 		 738 aa  608  9.999999999999999e-173  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.541212  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2955  glycine--tRNA ligase  47.21 
 
 		 721 aa  600  1e-170  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4858  glycine--tRNA ligase  49.66 
 
 		 677 aa  597  1e-169  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1611  glycine--tRNA ligase  47.6 
 
 		 723 aa  595  1e-168  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0785205 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0577  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  45.17 
 
 		 686 aa  510  1e-143  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0505087  hitchhiker  0.0000000000000536601 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2185  glycine--tRNA ligase  44.18 
 
 		 723 aa  481  1e-134  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0579  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.5 
 
 		 687 aa  426  1e-118  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3059  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.75 
 
 		 687 aa  416  9.999999999999999e-116  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0373  glycine--tRNA ligase  37.47 
 
 		 691 aa  414  1e-114  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.87078  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1022  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.16 
 
 		 687 aa  407  1.0000000000000001e-112  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.208045  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2941  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.86 
 
 		 686 aa  407  1.0000000000000001e-112  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.125162  hitchhiker  0.000287233 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0400  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.7 
 
 		 697 aa  406  1.0000000000000001e-112  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.543468 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0415  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.81 
 
 		 697 aa  407  1.0000000000000001e-112  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.474954  normal  0.979484 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0656  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.6 
 
 		 687 aa  404  1e-111  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.70031e-23 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0355  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  36.07 
 
 		 690 aa  405  1e-111  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.11 
 
 		 692 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0479  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.69 
 
 		 688 aa  402  9.999999999999999e-111  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0642  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.82 
 
 		 687 aa  396  1e-109  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.91532  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.11 
 
 		 688 aa  398  1e-109  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2210  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.94 
 
 		 697 aa  397  1e-109  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2116  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.16 
 
 		 689 aa  398  1e-109  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0061  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.05 
 
 		 689 aa  396  1e-109  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0207  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.03 
 
 		 692 aa  397  1e-109  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2472  glycine--tRNA ligase  35.13 
 
 		 695 aa  396  1e-109  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0180526  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.29 
 
 		 689 aa  394  1e-108  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000111985 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0060  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.65 
 
 		 684 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0881  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.56 
 
 		 699 aa  389  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.59966  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0701  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.56 
 
 		 699 aa  390  1e-107  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0079  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.43 
 
 		 683 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.248487  decreased coverage  0.0000000000235888 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.99 
 
 		 688 aa  390  1e-107  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0043  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.83 
 
 		 694 aa  391  1e-107  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0076  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.7 
 
 		 683 aa  392  1e-107  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.589695  hitchhiker  0.000000000290731 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0013  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.06 
 
 		 684 aa  390  1e-107  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0076  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.78 
 
 		 684 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000133889  normal  0.112381 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1441  glycine--tRNA ligase  36.01 
 
 		 700 aa  391  1e-107  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.764176  normal  0.147312 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.42 
 
 		 689 aa  390  1e-107  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3255  Glycine--tRNA ligase  35.74 
 
 		 696 aa  386  1e-106  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0155  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  32.97 
 
 		 705 aa  387  1e-106  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.117933  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0716  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.4 
 
 		 699 aa  388  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0185  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  36.1 
 
 		 684 aa  388  1e-106  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0218  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.56 
 
 		 699 aa  389  1e-106  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2350  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.56 
 
 		 699 aa  389  1e-106  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2430  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.56 
 
 		 699 aa  389  1e-106  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.726931  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2728  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.56 
 
 		 699 aa  389  1e-106  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0524  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.02 
 
 		 697 aa  382  1e-105  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0189981 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0686  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.76 
 
 		 699 aa  384  1e-105  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.509477  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0011  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.97 
 
 		 684 aa  385  1e-105  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0014  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.65 
 
 		 689 aa  384  1e-105  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000639104 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3372  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  36.93 
 
 		 705 aa  385  1e-105  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.173732  normal  0.25449 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0604  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  35.57 
 
 		 694 aa  384  1e-105  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2445  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.09 
 
 		 694 aa  383  1e-105  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1773  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.23 
 
 		 697 aa  379  1e-104  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0663369  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.72 
 
 		 684 aa  380  1e-104  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000238485  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0599  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.66 
 
 		 688 aa  382  1e-104  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000487119  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0584  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.72 
 
 		 699 aa  382  1e-104  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0446  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.73 
 
 		 707 aa  382  1e-104  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0405  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.72 
 
 		 699 aa  380  1e-104  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.721596  normal  0.352354 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3672  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.84 
 
 		 688 aa  382  1e-104  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0142363  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1733  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  36.04 
 
 		 690 aa  382  1e-104  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.92 
 
 		 689 aa  377  1e-103  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00736647 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3047  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  34.42 
 
 		 698 aa  376  1e-103  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.228214  normal  0.0284837 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2033  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  34.51 
 
 		 696 aa  377  1e-103  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00144588  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4013  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.31 
 
 		 699 aa  377  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.454838  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2055  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.36 
 
 		 697 aa  376  1e-103  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.35855  normal  0.503298 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00090  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.5 
 
 		 684 aa  377  1e-103  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>