263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0060 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03410  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  50 
 
 		 689 aa  636    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0152  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  50 
 
 		 689 aa  636    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3931  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  50.87 
 
 		 689 aa  635    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0060  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  100 
 
 		 684 aa  1378    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0185  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  85.23 
 
 		 684 aa  1196    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0011  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  85.53 
 
 		 684 aa  1202    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1773  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  51.01 
 
 		 697 aa  681    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0663369  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4037  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  50.87 
 
 		 689 aa  636    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.414013 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0076  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  97.95 
 
 		 683 aa  1352    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.589695  hitchhiker  0.000000000290731 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0373  glycine--tRNA ligase  50.51 
 
 		 691 aa  659    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.87078  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  85.82 
 
 		 684 aa  1201    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000238485  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0156  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  50 
 
 		 689 aa  636    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4934  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  50.15 
 
 		 689 aa  638    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.711684 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2210  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  51.45 
 
 		 697 aa  691    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0355  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  48.69 
 
 		 690 aa  654    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4054  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  50.15 
 
 		 689 aa  637    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0079  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  97.08 
 
 		 683 aa  1340    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.248487  decreased coverage  0.0000000000235888 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03361  hypothetical protein  50 
 
 		 689 aa  636    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3761  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  50 
 
 		 689 aa  636    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.677293  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3966  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  50 
 
 		 689 aa  635    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3977  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  50.87 
 
 		 689 aa  635    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0012  glycine--tRNA ligase  50.8 
 
 		 690 aa  663    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.948293  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  52.84 
 
 		 688 aa  655    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0013  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  82.31 
 
 		 684 aa  1158    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2055  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  50.14 
 
 		 697 aa  669    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.35855  normal  0.503298 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  79.82 
 
 		 685 aa  1079    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  48.04 
 
 		 692 aa  638    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3881  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  50.15 
 
 		 689 aa  639    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00090  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  79.09 
 
 		 684 aa  1067    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0076  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  98.25 
 
 		 684 aa  1362    Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000133889  normal  0.112381 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3849  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  50.73 
 
 		 689 aa  635    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3255  Glycine--tRNA ligase  53.35 
 
 		 696 aa  711    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0038  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  53.77 
 
 		 693 aa  685    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.903555  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00100  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  76.9 
 
 		 685 aa  1082    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0070  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  50.07 
 
 		 689 aa  632  1e-180  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.118047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3782  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  50.36 
 
 		 689 aa  634  1e-180  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0023  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  50.36 
 
 		 689 aa  634  1e-180  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4167  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  49.42 
 
 		 689 aa  632  1e-180  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4130  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  50.36 
 
 		 689 aa  634  1e-180  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3868  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  50.58 
 
 		 689 aa  633  1e-180  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0163  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  49.56 
 
 		 689 aa  631  1e-179  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4449  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  49.13 
 
 		 689 aa  625  1e-178  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0061  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  49.42 
 
 		 689 aa  627  1e-178  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0479  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  50.15 
 
 		 688 aa  627  1e-178  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3726  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  47.46 
 
 		 688 aa  626  1e-178  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2051  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  48.62 
 
 		 692 aa  622  1e-177  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0043  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  49.21 
 
 		 694 aa  622  1e-177  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2050  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  48.61 
 
 		 693 aa  614  9.999999999999999e-175  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46 
 
 		 688 aa  611  1e-173  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.82 
 
 		 689 aa  610  1e-173  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00736647 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0207  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.52 
 
 		 692 aa  609  1e-173  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0011  glycine--tRNA ligase  48.62 
 
 		 693 aa  608  1e-173  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.466423 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2965  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  48.25 
 
 		 688 aa  611  1e-173  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.425514  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2116  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.23 
 
 		 689 aa  606  9.999999999999999e-173  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.95 
 
 		 689 aa  602  1e-170  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.22 
 
 		 689 aa  597  1e-169  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000111985 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.38 
 
 		 689 aa  588  1e-167  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0025  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.95 
 
 		 689 aa  591  1e-167  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0144037 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2499  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.38 
 
 		 688 aa  582  1.0000000000000001e-165  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0014  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.78 
 
 		 689 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000639104 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.53 
 
 		 689 aa  579  1e-164  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.67 
 
 		 689 aa  579  1e-164  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0151663 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0014  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  48.26 
 
 		 688 aa  578  1.0000000000000001e-163  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.38 
 
 		 689 aa  576  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000499537 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.24 
 
 		 689 aa  574  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1803  glycyl-tRNA synthetase beta chain  44.75 
 
 		 688 aa  571  1e-161  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.38 
 
 		 688 aa  570  1e-161  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000120926 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.38 
 
 		 688 aa  570  1e-161  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0754706 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.74 
 
 		 694 aa  570  1e-161  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0016  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.38 
 
 		 688 aa  568  1e-160  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000327788 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2574  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  48.76 
 
 		 693 aa  566  1e-160  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00568144 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1804  glycyl-tRNA synthetase beta chain  44.46 
 
 		 688 aa  564  1.0000000000000001e-159  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.46 
 
 		 694 aa  562  1.0000000000000001e-159  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.829353  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.52 
 
 		 692 aa  558  1e-157  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0555063  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002000  glycyl-tRNA synthetase beta chain  46.65 
 
 		 688 aa  556  1e-157  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00449  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.45 
 
 		 693 aa  553  1e-156  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1221  glycine--tRNA ligase  44.72 
 
 		 696 aa  533  1e-150  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0686  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.45 
 
 		 699 aa  530  1e-149  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.509477  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0889  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  43.7 
 
 		 722 aa  531  1e-149  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1013  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  43.78 
 
 		 722 aa  531  1e-149  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.40504  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03829  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  41.86 
 
 		 745 aa  524  1e-147  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3982  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.16 
 
 		 691 aa  519  1e-146  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.295232 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0400  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  44.46 
 
 		 697 aa  511  1e-143  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.543468 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4013  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.72 
 
 		 699 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.454838  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2702  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.65 
 
 		 699 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0207133  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2350  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.72 
 
 		 699 aa  504  1e-141  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0218  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.72 
 
 		 699 aa  504  1e-141  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0881  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.72 
 
 		 699 aa  505  1e-141  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.59966  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0405  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.89 
 
 		 699 aa  503  1e-141  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.721596  normal  0.352354 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0701  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.72 
 
 		 699 aa  504  1e-141  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2430  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.72 
 
 		 699 aa  504  1e-141  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.726931  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0160  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  40.12 
 
 		 699 aa  503  1e-141  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.520924  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2090  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.5 
 
 		 699 aa  503  1e-141  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.339656  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0415  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  43.88 
 
 		 697 aa  504  1e-141  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.474954  normal  0.979484 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0716  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.72 
 
 		 699 aa  505  1e-141  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2728  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.72 
 
 		 699 aa  504  1e-141  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2729  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.79 
 
 		 699 aa  495  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6029  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.36 
 
 		 699 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.174982  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0597  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.01 
 
 		 699 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1289  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  45.11 
 
 		 704 aa  490  1e-137  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.708462 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>