263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_2111 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_2111  glycine--tRNA ligase  100 
 
 		 738 aa  1486    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.541212  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1611  glycine--tRNA ligase  71.06 
 
 		 723 aa  989    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0785205 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4858  glycine--tRNA ligase  59.59 
 
 		 677 aa  772    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0728  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  47.91 
 
 		 741 aa  625  1e-177  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4369  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  50.99 
 
 		 701 aa  622  1e-176  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4348  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.04 
 
 		 728 aa  615  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.314297  hitchhiker  0.00562302 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2178  glycine--tRNA ligase  47.81 
 
 		 738 aa  607  9.999999999999999e-173  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2759  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  50.59 
 
 		 704 aa  602  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2175  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.88 
 
 		 728 aa  600  1e-170  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.754598  normal  0.117585 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0540  glycine--tRNA ligase  48.46 
 
 		 685 aa  601  1e-170  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.228601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1095  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.4 
 
 		 760 aa  594  1e-168  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.729278  normal  0.459772 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3329  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  46.88 
 
 		 733 aa  592  1e-167  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.10801  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2586  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.45 
 
 		 727 aa  587  1e-166  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.577877  normal  0.134975 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1239  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  44.75 
 
 		 760 aa  586  1e-166  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3096  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  49.48 
 
 		 726 aa  580  1e-164  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0714  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  44.5 
 
 		 789 aa  581  1e-164  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2357  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.32 
 
 		 701 aa  580  1e-164  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.306896  normal  0.223006 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2310  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.52 
 
 		 687 aa  572  1.0000000000000001e-162  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.75706 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2402  glycyl-tRNA synthetase beta chain  45.51 
 
 		 720 aa  570  1e-161  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0966728  normal  0.754916 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3210  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  44.65 
 
 		 764 aa  572  1e-161  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.58245  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1138  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  49.2 
 
 		 699 aa  564  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3416  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  49.47 
 
 		 696 aa  561  1e-158  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.269984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0644  glycine--tRNA ligase  44.28 
 
 		 758 aa  560  1e-158  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.121642  normal  0.442369 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0507  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.84 
 
 		 697 aa  559  1e-158  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.250134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1858  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.05 
 
 		 697 aa  557  1e-157  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1109  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  48.1 
 
 		 737 aa  556  1e-157  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3289  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  47.75 
 
 		 724 aa  557  1e-157  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0726267  normal  0.258667 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0522  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  44.11 
 
 		 764 aa  553  1e-156  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0413  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  43.03 
 
 		 777 aa  551  1e-155  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0404  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  43.03 
 
 		 777 aa  549  1e-155  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2955  glycine--tRNA ligase  45.61 
 
 		 721 aa  550  1e-155  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0538  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  44.4 
 
 		 727 aa  546  1e-154  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.533831  normal  0.300886 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0466  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  44.75 
 
 		 721 aa  543  1e-153  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0956  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  43.23 
 
 		 764 aa  540  9.999999999999999e-153  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2731  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  41.88 
 
 		 739 aa  538  1e-151  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0985358  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0583  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  44.27 
 
 		 704 aa  538  1e-151  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.496315 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0380  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  40.65 
 
 		 740 aa  533  1e-150  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2185  glycine--tRNA ligase  42.97 
 
 		 723 aa  499  1e-140  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0577  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  42 
 
 		 686 aa  486  1e-136  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0505087  hitchhiker  0.0000000000000536601 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1221  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  48.89 
 
 		 822 aa  476  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.64374 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2126  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  51.29 
 
 		 821 aa  451  1e-125  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11030  glycyl-tRNA synthetase, tetrameric type, beta subunit  37.68 
 
 		 694 aa  402  9.999999999999999e-111  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000604533 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0013  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.6 
 
 		 684 aa  402  9.999999999999999e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0011  glycine--tRNA ligase  37.14 
 
 		 693 aa  399  9.999999999999999e-111  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.466423 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.96 
 
 		 684 aa  396  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000238485  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1441  glycine--tRNA ligase  37.8 
 
 		 700 aa  396  1e-109  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.764176  normal  0.147312 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0076  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.56 
 
 		 684 aa  395  1e-108  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000133889  normal  0.112381 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0076  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.34 
 
 		 683 aa  393  1e-108  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.589695  hitchhiker  0.000000000290731 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2445  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.16 
 
 		 694 aa  394  1e-108  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0060  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.29 
 
 		 684 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0079  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.2 
 
 		 683 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.248487  decreased coverage  0.0000000000235888 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0011  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.39 
 
 		 684 aa  389  1e-106  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0185  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  35.9 
 
 		 684 aa  383  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0355  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  35.06 
 
 		 690 aa  380  1e-104  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2472  glycine--tRNA ligase  33.38 
 
 		 695 aa  380  1e-104  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0180526  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0038  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.47 
 
 		 693 aa  382  1e-104  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.903555  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2051  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  36.55 
 
 		 692 aa  376  1e-103  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00100  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.34 
 
 		 685 aa  376  1e-103  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3047  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  34.67 
 
 		 698 aa  378  1e-103  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.228214  normal  0.0284837 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00370  glycyl-tRNA synthetase, tetrameric type, beta subunit  35.97 
 
 		 694 aa  374  1e-102  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.740961  hitchhiker  0.00000247045 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1195  glycine--tRNA ligase, beta subunit  35.87 
 
 		 729 aa  374  1e-102  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00090  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.42 
 
 		 684 aa  375  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1385  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  37.37 
 
 		 696 aa  372  1e-101  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.036221  normal  0.597652 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3535  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  36.02 
 
 		 712 aa  371  1e-101  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.028288 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2116  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.54 
 
 		 689 aa  372  1e-101  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0207  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.67 
 
 		 692 aa  372  1e-101  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3059  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.69 
 
 		 687 aa  372  1e-101  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3372  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  36.05 
 
 		 705 aa  367  1e-100  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.173732  normal  0.25449 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.88 
 
 		 685 aa  369  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0544  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  36.18 
 
 		 720 aa  365  2e-99  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1289  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  36.96 
 
 		 704 aa  364  3e-99  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.708462 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2210  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  33.87 
 
 		 697 aa  364  3e-99  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3255  Glycine--tRNA ligase  35.7 
 
 		 696 aa  364  3e-99  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0579  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.44 
 
 		 687 aa  363  4e-99  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2347  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  37.42 
 
 		 701 aa  362  1e-98  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.501634 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.51 
 
 		 688 aa  362  2e-98  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0528  glycine--tRNA ligase  36.43 
 
 		 720 aa  360  5e-98  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0942391 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0373  glycine--tRNA ligase  33.96 
 
 		 691 aa  358  9.999999999999999e-98  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.87078  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1022  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.13 
 
 		 687 aa  358  1.9999999999999998e-97  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.208045  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2055  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  33.29 
 
 		 697 aa  358  1.9999999999999998e-97  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.35855  normal  0.503298 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2050  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  36.85 
 
 		 693 aa  358  2.9999999999999997e-97  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4177  glycine--tRNA ligase  35.69 
 
 		 708 aa  356  7.999999999999999e-97  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.787875  normal  0.54331 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.53 
 
 		 689 aa  356  8.999999999999999e-97  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000111985 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.71 
 
 		 689 aa  354  2.9999999999999997e-96  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00736647 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0012  glycine--tRNA ligase  34.41 
 
 		 690 aa  354  2.9999999999999997e-96  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.948293  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3672  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  33.96 
 
 		 688 aa  353  5e-96  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0142363  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  32.21 
 
 		 692 aa  353  5.9999999999999994e-96  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1803  glycyl-tRNA synthetase beta chain  34.32 
 
 		 688 aa  353  7e-96  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1733  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  34.86 
 
 		 690 aa  351  3e-95  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1804  glycyl-tRNA synthetase beta chain  34.05 
 
 		 688 aa  350  4e-95  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.13 
 
 		 689 aa  350  7e-95  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2941  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.15 
 
 		 686 aa  349  1e-94  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.125162  hitchhiker  0.000287233 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0604  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  34.09 
 
 		 694 aa  349  1e-94  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3726  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  33.24 
 
 		 688 aa  349  1e-94  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  31.42 
 
 		 688 aa  348  2e-94  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3695  glycine--tRNA ligase  35.18 
 
 		 744 aa  346  8e-94  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.641842  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1061  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  34.49 
 
 		 691 aa  346  8.999999999999999e-94  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0400  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.12 
 
 		 697 aa  345  1e-93  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.543468 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4934  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.11 
 
 		 689 aa  345  2e-93  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.711684 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  33.6 
 
 		 694 aa  345  2e-93  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>