263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2310 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011369  Rleg2_0538  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  50.96 
 
 		 727 aa  662    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.533831  normal  0.300886 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3416  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  55.48 
 
 		 696 aa  660    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.269984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0644  glycine--tRNA ligase  75.6 
 
 		 758 aa  749    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.121642  normal  0.442369 
 
 
-
 
NC_004310  BR0404  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  49.36 
 
 		 777 aa  649    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3329  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  53.25 
 
 		 733 aa  714    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.10801  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2586  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  52.67 
 
 		 727 aa  724    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.577877  normal  0.134975 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0583  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  51.89 
 
 		 704 aa  665    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.496315 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1858  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  73.35 
 
 		 697 aa  996    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1138  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  54.26 
 
 		 699 aa  648    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0507  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  73.5 
 
 		 697 aa  992    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.250134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2175  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  50.61 
 
 		 728 aa  653    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.754598  normal  0.117585 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2357  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  54.8 
 
 		 701 aa  706    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.306896  normal  0.223006 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2731  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  61.4 
 
 		 739 aa  894    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0985358  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4348  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  50.96 
 
 		 728 aa  691    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.314297  hitchhiker  0.00562302 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3289  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  52.12 
 
 		 724 aa  636    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0726267  normal  0.258667 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2310  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  100 
 
 		 687 aa  1387    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.75706 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0714  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  52.29 
 
 		 789 aa  695    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0522  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  50.98 
 
 		 764 aa  648    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2402  glycyl-tRNA synthetase beta chain  69.39 
 
 		 720 aa  986    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0966728  normal  0.754916 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3096  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  53.89 
 
 		 726 aa  667    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2759  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  55.85 
 
 		 704 aa  687    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4369  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  57.22 
 
 		 701 aa  734    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0540  glycine--tRNA ligase  71.32 
 
 		 685 aa  959    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.228601  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0956  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.85 
 
 		 764 aa  640    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0413  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  49.49 
 
 		 777 aa  652    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0466  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  51.38 
 
 		 721 aa  650    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0380  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.96 
 
 		 740 aa  635    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2178  glycine--tRNA ligase  49.2 
 
 		 738 aa  634  1e-180  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1109  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  51.16 
 
 		 737 aa  618  1e-175  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2955  glycine--tRNA ligase  49.02 
 
 		 721 aa  613  9.999999999999999e-175  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2111  glycine--tRNA ligase  46.52 
 
 		 738 aa  584  1.0000000000000001e-165  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.541212  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0728  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  46.82 
 
 		 741 aa  577  1.0000000000000001e-163  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1239  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  57.42 
 
 		 760 aa  570  1e-161  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3210  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.7 
 
 		 764 aa  565  1e-160  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.58245  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1221  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  56.27 
 
 		 822 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.64374 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1611  glycine--tRNA ligase  44.7 
 
 		 723 aa  561  1e-158  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0785205 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1095  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  55.9 
 
 		 760 aa  547  1e-154  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.729278  normal  0.459772 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4858  glycine--tRNA ligase  47.35 
 
 		 677 aa  543  1e-153  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2126  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  52.32 
 
 		 821 aa  533  1e-150  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2185  glycine--tRNA ligase  44.94 
 
 		 723 aa  484  1e-135  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0577  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  45.6 
 
 		 686 aa  480  1e-134  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0505087  hitchhiker  0.0000000000000536601 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1441  glycine--tRNA ligase  38.79 
 
 		 700 aa  441  9.999999999999999e-123  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.764176  normal  0.147312 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2472  glycine--tRNA ligase  36.6 
 
 		 695 aa  421  1e-116  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0180526  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.02 
 
 		 688 aa  417  9.999999999999999e-116  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3059  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.36 
 
 		 687 aa  413  1e-114  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0604  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  37.54 
 
 		 694 aa  412  1e-113  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1022  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.02 
 
 		 687 aa  407  1.0000000000000001e-112  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.208045  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0579  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.5 
 
 		 687 aa  403  1e-111  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0355  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  36.65 
 
 		 690 aa  403  1e-111  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3372  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  36.71 
 
 		 705 aa  402  1e-111  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.173732  normal  0.25449 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2116  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.9 
 
 		 689 aa  396  1e-109  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0155  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  33.24 
 
 		 705 aa  397  1e-109  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.117933  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2941  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.07 
 
 		 686 aa  396  1e-109  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.125162  hitchhiker  0.000287233 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0207  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.91 
 
 		 692 aa  397  1e-109  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0485  glycine--tRNA ligase  36.93 
 
 		 688 aa  396  1e-109  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0011  glycine--tRNA ligase  37.29 
 
 		 693 aa  397  1e-109  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.466423 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0038  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.53 
 
 		 693 aa  396  1e-109  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.903555  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2050  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  38.86 
 
 		 693 aa  393  1e-108  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3255  Glycine--tRNA ligase  36.09 
 
 		 696 aa  394  1e-108  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0373  glycine--tRNA ligase  35.14 
 
 		 691 aa  391  1e-107  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.87078  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0599  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.61 
 
 		 688 aa  390  1e-107  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000487119  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3047  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  36.39 
 
 		 698 aa  390  1e-107  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.228214  normal  0.0284837 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0079  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.26 
 
 		 683 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.248487  decreased coverage  0.0000000000235888 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2051  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  37.48 
 
 		 692 aa  389  1e-107  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0076  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.12 
 
 		 683 aa  388  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.589695  hitchhiker  0.000000000290731 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.71 
 
 		 689 aa  388  1e-106  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1515  glycine--tRNA ligase  35.85 
 
 		 688 aa  389  1e-106  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2445  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.42 
 
 		 694 aa  389  1e-106  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0656  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.47 
 
 		 687 aa  385  1e-105  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.70031e-23 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2033  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  36.44 
 
 		 696 aa  385  1e-105  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00144588  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1195  glycine--tRNA ligase, beta subunit  36.64 
 
 		 729 aa  384  1e-105  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0060  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.63 
 
 		 684 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.95 
 
 		 688 aa  381  1e-104  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.09 
 
 		 689 aa  380  1e-104  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000111985 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0011  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.92 
 
 		 684 aa  380  1e-104  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0076  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.49 
 
 		 684 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000133889  normal  0.112381 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0004  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  30.43 
 
 		 701 aa  381  1e-104  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0013  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.93 
 
 		 684 aa  382  1e-104  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0024  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  30.01 
 
 		 703 aa  380  1e-104  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.700385  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0642  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.22 
 
 		 687 aa  381  1e-104  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.91532  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4254  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  34 
 
 		 690 aa  377  1e-103  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36 
 
 		 689 aa  378  1e-103  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00736647 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3931  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.38 
 
 		 689 aa  373  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0185  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  35.49 
 
 		 684 aa  375  1e-102  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0218  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.35 
 
 		 699 aa  374  1e-102  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11030  glycyl-tRNA synthetase, tetrameric type, beta subunit  36.36 
 
 		 694 aa  373  1e-102  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000604533 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4037  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.38 
 
 		 689 aa  374  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.414013 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0881  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.35 
 
 		 699 aa  374  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.59966  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2350  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.35 
 
 		 699 aa  374  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3977  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.38 
 
 		 689 aa  373  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0701  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.35 
 
 		 699 aa  374  1e-102  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3849  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.66 
 
 		 689 aa  374  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0716  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.32 
 
 		 699 aa  374  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3868  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.66 
 
 		 689 aa  373  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2430  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.35 
 
 		 699 aa  374  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.726931  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2728  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.35 
 
 		 699 aa  374  1e-102  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2347  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  36.94 
 
 		 701 aa  370  1e-101  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.501634 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0479  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.76 
 
 		 688 aa  369  1e-101  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1733  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  35.93 
 
 		 690 aa  372  1e-101  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3726  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  34.15 
 
 		 688 aa  370  1e-101  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>