263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_1515 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009253  Dred_2472  glycine--tRNA ligase  47.03 
 
 
695 aa  651    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0180526  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3047  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  48.05 
 
 
698 aa  650    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.228214  normal  0.0284837 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1515  glycine--tRNA ligase  100 
 
 
688 aa  1405    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0485  glycine--tRNA ligase  45.06 
 
 
688 aa  609  1e-173  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0604  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  45.32 
 
 
694 aa  595  1e-169  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1733  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  45.49 
 
 
690 aa  580  1e-164  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4254  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  42.3 
 
 
690 aa  556  1e-157  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0656  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  43.09 
 
 
687 aa  556  1e-157  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.70031e-23 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0642  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  43.38 
 
 
687 aa  550  1e-155  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.91532  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1208  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  40.52 
 
 
693 aa  548  1e-154  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0414092  normal  0.146925 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0599  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  41.48 
 
 
688 aa  544  1e-153  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000487119  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12440  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  41.91 
 
 
686 aa  533  1e-150  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2941  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  41.17 
 
 
686 aa  527  1e-148  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.125162  hitchhiker  0.000287233 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0579  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  41.05 
 
 
687 aa  523  1e-147  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3059  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  40.73 
 
 
687 aa  519  1e-146  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3672  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  40.26 
 
 
688 aa  518  1.0000000000000001e-145  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0142363  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2445  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  40.41 
 
 
694 aa  516  1.0000000000000001e-145  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3372  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  40.23 
 
 
705 aa  515  1e-144  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.173732  normal  0.25449 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1022  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  40.17 
 
 
687 aa  510  1e-143  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.208045  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1061  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  40.55 
 
 
691 aa  502  1e-141  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0993  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  39.91 
 
 
693 aa  497  1e-139  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1712  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  37.28 
 
 
702 aa  479  1e-134  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00327927  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3255  Glycine--tRNA ligase  37.81 
 
 
696 aa  478  1e-133  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0373  glycine--tRNA ligase  38.64 
 
 
691 aa  471  1.0000000000000001e-131  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.87078  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0355  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  37.74 
 
 
690 aa  469  1.0000000000000001e-131  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1441  glycine--tRNA ligase  37.9 
 
 
700 aa  469  1.0000000000000001e-131  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.764176  normal  0.147312 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0335  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  37.32 
 
 
687 aa  461  9.999999999999999e-129  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2051  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  38.23 
 
 
692 aa  457  1e-127  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2554  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  37.01 
 
 
701 aa  455  1.0000000000000001e-126  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.100286  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2650  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  36.87 
 
 
701 aa  454  1.0000000000000001e-126  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1306  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  36.76 
 
 
701 aa  451  1e-125  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1053  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  35.02 
 
 
678 aa  451  1e-125  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11030  glycyl-tRNA synthetase, tetrameric type, beta subunit  36.47 
 
 
694 aa  448  1.0000000000000001e-124  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000604533 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0011  glycine--tRNA ligase  37.83 
 
 
693 aa  448  1.0000000000000001e-124  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.466423 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2050  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  38.7 
 
 
693 aa  443  1e-123  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2033  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  37.05 
 
 
696 aa  444  1e-123  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00144588  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1115  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.64 
 
 
690 aa  445  1e-123  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.217479  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1686  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  38.47 
 
 
696 aa  439  9.999999999999999e-123  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.78284  normal  0.0276337 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.85 
 
 
692 aa  439  9.999999999999999e-123  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0555063  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2965  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.45 
 
 
688 aa  441  9.999999999999999e-123  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.425514  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0207  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.17 
 
 
692 aa  434  1e-120  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2116  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.32 
 
 
689 aa  435  1e-120  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1385  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  37.3 
 
 
696 aa  433  1e-120  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.036221  normal  0.597652 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2210  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.73 
 
 
697 aa  433  1e-120  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3726  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  36.96 
 
 
688 aa  432  1e-120  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0038  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.94 
 
 
693 aa  435  1e-120  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.903555  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2459  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  36.76 
 
 
697 aa  429  1e-119  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1091  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  35.66 
 
 
668 aa  430  1e-119  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0741  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.36 
 
 
691 aa  431  1e-119  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.143146  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2574  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  37.64 
 
 
693 aa  431  1e-119  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00568144 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03410  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.45 
 
 
689 aa  429  1e-118  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0152  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  37.45 
 
 
689 aa  429  1e-118  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.94 
 
 
688 aa  427  1e-118  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0156  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.45 
 
 
689 aa  429  1e-118  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1773  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.66 
 
 
697 aa  427  1e-118  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0663369  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3881  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.45 
 
 
689 aa  429  1e-118  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4054  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.45 
 
 
689 aa  427  1e-118  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4934  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.45 
 
 
689 aa  428  1e-118  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.711684 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00370  glycyl-tRNA synthetase, tetrameric type, beta subunit  35.85 
 
 
694 aa  429  1e-118  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.740961  hitchhiker  0.00000247045 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3761  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.45 
 
 
689 aa  429  1e-118  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.677293  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03361  hypothetical protein  37.45 
 
 
689 aa  429  1e-118  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0479  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.73 
 
 
688 aa  427  1e-118  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1266  glycine--tRNA ligase  36.93 
 
 
696 aa  428  1e-118  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3966  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.45 
 
 
689 aa  427  1e-118  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0794  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.96 
 
 
716 aa  426  1e-117  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.934108  normal  0.0595481 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0013  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.71 
 
 
684 aa  422  1e-117  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00100  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.46 
 
 
685 aa  422  1e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0694  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  37.64 
 
 
695 aa  419  1e-116  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.7209  hitchhiker  0.0000422359 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.59 
 
 
688 aa  420  1e-116  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4167  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.72 
 
 
689 aa  421  1e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4481  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.58 
 
 
719 aa  420  1e-116  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.731924  normal  0.0858499 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00090  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.03 
 
 
684 aa  419  1e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0540  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.66 
 
 
678 aa  419  1e-116  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.792152  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4449  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.57 
 
 
689 aa  418  9.999999999999999e-116  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3849  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.61 
 
 
689 aa  416  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.52 
 
 
685 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1013  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.61 
 
 
722 aa  416  9.999999999999999e-116  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.40504  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4037  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.61 
 
 
689 aa  416  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.414013 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3931  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.61 
 
 
689 aa  416  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0012  glycine--tRNA ligase  35.16 
 
 
690 aa  416  9.999999999999999e-116  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.948293  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0889  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.61 
 
 
722 aa  417  9.999999999999999e-116  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.6 
 
 
689 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000111985 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1197  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.68 
 
 
673 aa  417  9.999999999999999e-116  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.28917  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3977  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.61 
 
 
689 aa  416  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0070  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.76 
 
 
689 aa  414  1e-114  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.118047  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.17 
 
 
689 aa  415  1e-114  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3782  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.61 
 
 
689 aa  415  1e-114  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4130  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.61 
 
 
689 aa  415  1e-114  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3868  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.61 
 
 
689 aa  414  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2499  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.85 
 
 
688 aa  414  1e-114  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0023  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.61 
 
 
689 aa  415  1e-114  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1193  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  36.89 
 
 
685 aa  412  1e-114  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0060  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.73 
 
 
684 aa  412  1e-113  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0270  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.39 
 
 
679 aa  412  1e-113  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.05 
 
 
689 aa  410  1e-113  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0018  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.18 
 
 
728 aa  411  1e-113  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.606807 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0076  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.3 
 
 
684 aa  410  1e-113  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000133889  normal  0.112381 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0994  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  36.21 
 
 
689 aa  410  1e-113  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.18697  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.99 
 
 
689 aa  410  1e-113  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00736647 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0025  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.28 
 
 
689 aa  411  1e-113  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0144037 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>