215 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_1345 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_1345  helix-turn-helix domain protein  100 
 
 		 282 aa  514  1.0000000000000001e-145  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.286455  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1893  helix-turn-helix domain protein  54.21 
 
 		 285 aa  181  2e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.72148  normal  0.792434 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5566  helix-turn-helix domain protein  44.33 
 
 		 281 aa  129  6e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5457  helix-turn-helix domain-containing protein  52.21 
 
 		 317 aa  126  5e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.669128 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6833  helix-turn-helix domain protein  45.16 
 
 		 292 aa  124  2e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7046  helix-turn-helix domain protein  49.03 
 
 		 278 aa  124  2e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2649  helix-turn-helix domain-containing protein  41.24 
 
 		 303 aa  124  2e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2702  helix-turn-helix domain protein  45.95 
 
 		 284 aa  121  9.999999999999999e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.590252 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1066  helix-turn-helix domain-containing protein  47.1 
 
 		 289 aa  121  1.9999999999999998e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.665417 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4244  helix-turn-helix domain protein  47.83 
 
 		 287 aa  118  9.999999999999999e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.649143  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7725  helix-turn-helix domain protein  45.13 
 
 		 299 aa  115  7.999999999999999e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.998664 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16850  Helix-turn-helix protein  50.71 
 
 		 280 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.950659  normal  0.0208664 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3579  helix-turn-helix domain protein  43.39 
 
 		 280 aa  114  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.274459 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1979  transcriptional regulator, XRE family  44.23 
 
 		 277 aa  112  6e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3280  helix-turn-helix domain protein  46.98 
 
 		 280 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0930  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 		 297 aa  111  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.971481  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2024  putative transcriptional regulator, XRE family  47.06 
 
 		 286 aa  111  1.0000000000000001e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2460  transcriptional regulator, XRE family  41.71 
 
 		 313 aa  109  6e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5465  XRE family transcriptional regulator  47.74 
 
 		 285 aa  109  6e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.140263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20270  hypothetical protein  44.44 
 
 		 277 aa  108  9.000000000000001e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.161196 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4458  transcriptional regulator, XRE family  46.43 
 
 		 272 aa  108  1e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3065  helix-turn-helix domain protein  43.11 
 
 		 276 aa  108  1e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0524  hypothetical protein  34.81 
 
 		 276 aa  108  1e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3948  hypothetical protein  43.48 
 
 		 287 aa  107  2e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00019593  normal  0.0172925 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2417  transcriptional regulator, XRE family  48.59 
 
 		 278 aa  107  2e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.067854 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1464  helix-turn-helix domain-containing protein  43.79 
 
 		 301 aa  107  2e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3720  putative transcriptional regulator, XRE family  40.77 
 
 		 297 aa  107  2e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.813332  normal  0.425271 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4077  helix-turn-helix domain protein  45.7 
 
 		 275 aa  107  2e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.344536  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6148  XRE family transcriptional regulator  45.75 
 
 		 284 aa  107  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.171229 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0750  XRE family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 283 aa  107  3e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7620  putative transcriptional regulator, XRE family  42.64 
 
 		 278 aa  107  3e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.350779  normal  0.254497 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2137  helix-turn-helix domain protein  47.41 
 
 		 283 aa  106  3e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.291672  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1431  XRE family transcriptional regulator  43.87 
 
 		 303 aa  106  4e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00042865 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8368  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 288 aa  106  5e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1824  transcriptional regulator, XRE family  40.94 
 
 		 259 aa  105  6e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.375176 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2494  helix-turn-helix domain protein  46.75 
 
 		 265 aa  105  8e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.106258  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2377  transcriptional regulator, XRE family  43.89 
 
 		 283 aa  105  1e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000000201287  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0266  XRE family transcriptional regulator  44.16 
 
 		 301 aa  104  2e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2624  transcriptional regulator, XRE family  44.81 
 
 		 274 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5170  XRE family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 280 aa  104  2e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.624653  normal  0.480627 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0492  helix-turn-helix domain protein  44.3 
 
 		 302 aa  104  2e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.107482 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4269  helix-turn-helix domain protein  45.51 
 
 		 279 aa  104  2e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0718578  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2807  transcriptional regulator, XRE family  46 
 
 		 258 aa  104  2e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3985  XRE family transcriptional regulator  43.31 
 
 		 279 aa  103  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0640193  normal  0.244933 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7747  helix-turn-helix domain protein  42.04 
 
 		 276 aa  103  3e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4659  transcriptional regulator, XRE family  43.95 
 
 		 309 aa  103  4e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.14041  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2287  transcriptional regulator, XRE family  43.67 
 
 		 278 aa  103  5e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3623  hypothetical protein  40.39 
 
 		 280 aa  103  5e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.325656  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0313  XRE family transcriptional regulator  46.62 
 
 		 299 aa  102  5e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.292673  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1949  transcriptional regulator, XRE family  45.32 
 
 		 307 aa  102  7e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2759  transcriptional regulator, XRE family  44.16 
 
 		 278 aa  102  7e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.468237  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3963  transcriptional regulator, XRE family  42.48 
 
 		 314 aa  102  8e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.588819  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4188  transcriptional regulator, XRE family  46.76 
 
 		 298 aa  101  1e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4317  helix-turn-helix domain protein  42.11 
 
 		 257 aa  101  2e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3227  helix-turn-helix domain protein  44.85 
 
 		 277 aa  100  2e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4999  transcriptional regulator, XRE family  45.58 
 
 		 301 aa  100  2e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.662496 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4578  transcriptional regulator, XRE family  46.72 
 
 		 293 aa  100  2e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.78291  normal  0.545029 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2768  XRE family transcriptional regulator  45.03 
 
 		 318 aa  100  3e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1487  XRE family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 276 aa  100  3e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.602198  normal  0.414464 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1288  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 295 aa  100  4e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.153102  normal  0.2669 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1586  transcriptional regulator, XRE family  43.04 
 
 		 317 aa  99.8  5e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3112  helix-turn-helix domain protein  49.18 
 
 		 279 aa  99  7e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000518579 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2366  transcriptional regulator, XRE family  44.6 
 
 		 279 aa  99  8e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.828638 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1162  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 281 aa  98.2  1e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.157815  normal  0.774005 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3997  XRE family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 278 aa  98.6  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.693979  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4741  XRE family transcriptional regulator  47.76 
 
 		 263 aa  97.4  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.678188  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4218  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 289 aa  97.4  2e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.53157  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3425  XRE family transcriptional regulator  47.76 
 
 		 263 aa  97.4  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1970  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 302 aa  97.8  2e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.997663  normal  0.568144 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4284  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 289 aa  97.4  2e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1062  XRE family transcriptional regulator  47.92 
 
 		 289 aa  97.4  2e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4445  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 289 aa  97.4  2e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.926883  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4092  XRE family transcriptional regulator  47.76 
 
 		 263 aa  97.4  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0367  helix-turn-helix domain protein  48.05 
 
 		 284 aa  96.3  5e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.312267  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1361  XRE family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 282 aa  96.3  5e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.108942  hitchhiker  0.000206797 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4719  XRE family transcriptional regulator  48.68 
 
 		 285 aa  96.3  6e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3644  XRE family transcriptional regulator  48.68 
 
 		 285 aa  96.3  6e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.560718 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4080  XRE family transcriptional regulator  46.62 
 
 		 312 aa  96.3  6e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0766168  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1305  XRE family transcriptional regulator  49.28 
 
 		 287 aa  95.9  6e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.151615 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3211  XRE family transcriptional regulator  42.75 
 
 		 263 aa  95.5  8e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.663604  normal  0.67903 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4130  transcriptional regulator, XRE family  47.79 
 
 		 292 aa  95.5  8e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.32419  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2389  helix-turn-helix domain protein  48.55 
 
 		 311 aa  95.1  1e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00160745  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2467  XRE family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 285 aa  95.1  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.615257 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1995  helix-turn-helix domain protein  44.29 
 
 		 289 aa  95.1  1e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.43554  normal  0.235514 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5385  XRE family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 289 aa  94.7  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.49793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4128  hypothetical protein  40.62 
 
 		 287 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.980357  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2575  helix-turn-helix domain protein  47.93 
 
 		 280 aa  95.1  1e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3276  transcriptional regulator, XRE family  36.13 
 
 		 281 aa  95.1  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47890  hypothetical protein  40.62 
 
 		 314 aa  94  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000556405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4526  XRE family transcriptional regulator  40.64 
 
 		 257 aa  94.7  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.421002  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0289  transcriptional regulator, XRE family  47.45 
 
 		 318 aa  94.7  2e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.604604  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3598  transcriptional regulator, XRE family  36.13 
 
 		 281 aa  94.4  2e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3153  transcriptional regulator, XRE family  42.19 
 
 		 290 aa  93.6  3e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0409  transcriptional regulator, XRE family  43.14 
 
 		 303 aa  93.2  4e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.481492 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7348  hypothetical protein  46.04 
 
 		 291 aa  93.2  4e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1333  transcriptional regulator, XRE family  44.85 
 
 		 279 aa  93.2  4e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0682  transcriptional regulator, XRE family  41.06 
 
 		 292 aa  92.8  5e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  45.65 
 
 		 282 aa  92.4  7e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.425851 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1003  putative transcriptional regulator, XRE family  39.72 
 
 		 291 aa  91.7  1e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3876  XRE family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 285 aa  91.7  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.22343 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>