More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_1216 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013124  Afer_1216  Holliday junction DNA helicase RuvA  100 
 
 
189 aa  369  1e-101  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.250827  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0931  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.33 
 
 
199 aa  127  1.0000000000000001e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.97537e-17 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3315  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.33 
 
 
199 aa  127  1.0000000000000001e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1414  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.02 
 
 
199 aa  122  4e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000662939  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0993  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.27 
 
 
197 aa  121  8e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.257053  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0904  Holliday junction DNA helicase RuvA  31.44 
 
 
195 aa  119  3e-26  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1076  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.65 
 
 
199 aa  119  3e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.131842  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0745  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.61 
 
 
199 aa  119  3e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000883401  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4542  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.5 
 
 
201 aa  118  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51790  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.5 
 
 
201 aa  118  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000465402 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1754  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.54 
 
 
200 aa  115  3e-25  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000623811  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0420  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.54 
 
 
200 aa  115  3.9999999999999997e-25  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2494  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.59 
 
 
208 aa  114  6e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1661  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.2 
 
 
199 aa  114  8.999999999999998e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.133352  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1248  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.13 
 
 
200 aa  114  1.0000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0530  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.65 
 
 
206 aa  113  1.0000000000000001e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1251  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.82 
 
 
199 aa  112  3e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1251  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.82 
 
 
199 aa  112  3e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4062  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.63 
 
 
192 aa  112  4.0000000000000004e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1879  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.56 
 
 
193 aa  111  5e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000619466  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1226  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.16 
 
 
190 aa  111  7.000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2213  DNA recombination protein, RuvA  36.46 
 
 
191 aa  111  7.000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0140161 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4502  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.88 
 
 
198 aa  111  8.000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0477  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  37.62 
 
 
204 aa  111  8.000000000000001e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00171  normal  0.61451 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1583  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.56 
 
 
193 aa  110  9e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.281985  normal  0.49857 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07040  Holliday junction DNA helicase, RuvA subunit  37.63 
 
 
197 aa  110  1.0000000000000001e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00385536  normal  0.295964 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12320  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.11 
 
 
194 aa  110  1.0000000000000001e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0731595  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6947  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.68 
 
 
195 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0112  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.33 
 
 
201 aa  110  2.0000000000000002e-23  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1746  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.6 
 
 
204 aa  109  2.0000000000000002e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.357273  normal  0.827108 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1013  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.11 
 
 
197 aa  108  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0952  Holliday junction DNA helicase RuvA  40 
 
 
197 aa  108  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02691  Holliday junction DNA helicase motor protein  33 
 
 
206 aa  108  4.0000000000000004e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000921844  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1010  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.11 
 
 
197 aa  108  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.806868  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2516  Holliday junction DNA helicase RuvA  30.35 
 
 
197 aa  108  6e-23  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1652  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.02 
 
 
193 aa  107  1e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0994  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.69 
 
 
197 aa  107  1e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.199668  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1409  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.31 
 
 
202 aa  106  2e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.103613  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4725  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.6 
 
 
202 aa  106  2e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.453465 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2671  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.5 
 
 
198 aa  106  2e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.103257  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0850  Holliday junction DNA helicase RuvA  50.71 
 
 
205 aa  105  3e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3978  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.81 
 
 
202 aa  105  4e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0282687  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2103  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.98 
 
 
205 aa  105  6e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2945  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.3 
 
 
209 aa  104  6e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.016551  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0893  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.83 
 
 
200 aa  104  7e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000557116  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1216  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.63 
 
 
205 aa  104  9e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.210399  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1245  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.63 
 
 
205 aa  104  9e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.738267  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1298  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.27 
 
 
214 aa  104  9e-22  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0028  Holliday junction DNA helicase  31.98 
 
 
199 aa  104  9e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.591728 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4202  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.13 
 
 
205 aa  104  9e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.173502  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2094  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  47.24 
 
 
202 aa  103  1e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4665  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.46 
 
 
190 aa  103  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3236  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.54 
 
 
192 aa  103  1e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3832  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.33 
 
 
194 aa  103  2e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0269  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.33 
 
 
204 aa  103  2e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2302  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.31 
 
 
214 aa  103  2e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0640436  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2516  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.44 
 
 
197 aa  102  2e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1271  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.45 
 
 
202 aa  103  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0682991  normal  0.630495 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3999  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.95 
 
 
205 aa  102  3e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0904  Holliday junction DNA helicase RuvA  49.28 
 
 
208 aa  102  3e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0373691  normal  0.232261 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1819  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.65 
 
 
205 aa  102  4e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.180722  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0577  Holliday junction resolvasome, DNA-binding subunit  32.65 
 
 
194 aa  102  4e-21  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4408  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.82 
 
 
202 aa  102  5e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0615399  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0111  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.83 
 
 
205 aa  101  6e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.166513 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1161  Holliday junction DNA helicase RuvA  32.08 
 
 
214 aa  101  6e-21  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.981458 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3626  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.53 
 
 
198 aa  100  9e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0674583  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0181  Holliday junction DNA helicase RuvA  31.25 
 
 
202 aa  100  9e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.595877  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15070  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  36.04 
 
 
199 aa  100  1e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.180586  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0310  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.36 
 
 
194 aa  100  1e-20  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.966825  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1446  hypothetical protein  29.02 
 
 
194 aa  100  1e-20  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4240  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.84 
 
 
190 aa  100  1e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.215143 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4681  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.75 
 
 
207 aa  99.8  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0484  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.85 
 
 
193 aa  99.8  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2353  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.71 
 
 
194 aa  99.4  2e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.547794 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1372  Holliday junction DNA helicase RuvA  49.29 
 
 
205 aa  100  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.117381  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1884  Holliday junction DNA helicase RuvA  33 
 
 
203 aa  99.8  2e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.425804  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1771  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.33 
 
 
203 aa  99.8  2e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0290161  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1954  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.33 
 
 
203 aa  99.8  2e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.165373  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1779  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.33 
 
 
203 aa  99.4  3e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00140889  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2116  Holliday junction DNA helicase RuvA  32.08 
 
 
211 aa  99.4  3e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0964  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.83 
 
 
208 aa  99.4  3e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0154601 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2597  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.33 
 
 
203 aa  99.4  3e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.110942  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2091  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.33 
 
 
203 aa  99.4  3e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000143296  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0957  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.33 
 
 
203 aa  99.4  3e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00202612  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0928  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.83 
 
 
208 aa  99.4  3e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.157529  normal  0.130269 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1325  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.33 
 
 
203 aa  99.4  3e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.24557  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1705  Holliday junction DNA helicase RuvA  31.9 
 
 
209 aa  99.4  3e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.275173  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3492  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.07 
 
 
198 aa  99  4e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2064  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.31 
 
 
206 aa  99  4e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1112  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.37 
 
 
197 aa  98.6  4e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.810212  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07021  Holliday junction DNA helicase RuvA  31.32 
 
 
223 aa  99  4e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0478763  normal  0.273413 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2032  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.97 
 
 
213 aa  99  4e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000340991 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003923  holliday junction DNA helicase RuvA  33.5 
 
 
203 aa  98.6  5e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00197305  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2054  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.83 
 
 
203 aa  98.6  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.292031  normal  0.142265 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2109  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.83 
 
 
203 aa  98.6  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.434147  normal  0.12473 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1229  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.83 
 
 
203 aa  98.6  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0100145  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1353  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.83 
 
 
203 aa  98.6  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.760741  hitchhiker  0.00521266 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0894  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.27 
 
 
210 aa  98.6  5e-20  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00161936  normal  0.093504 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1363  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.36 
 
 
202 aa  98.6  5e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.245044  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0527  Holliday junction DNA helicase RuvA  32.2 
 
 
199 aa  98.2  7e-20  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>