More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5221 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_5221  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
379 aa  769    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.029602  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2810  extracellular ligand-binding receptor  77.84 
 
 
377 aa  611  9.999999999999999e-175  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.079562  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1045  extracellular ligand-binding receptor  73.71 
 
 
378 aa  578  1e-164  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4359  extracellular ligand-binding receptor  51.74 
 
 
373 aa  378  1e-104  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4242  extracellular ligand-binding receptor  51.74 
 
 
373 aa  380  1e-104  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00000000756343  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4261  extracellular ligand-binding receptor  51.47 
 
 
373 aa  380  1e-104  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  55.04 
 
 
373 aa  379  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.116287 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4008  extracellular ligand-binding receptor  51.74 
 
 
373 aa  378  1e-104  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.746913  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5995  extracellular ligand-binding receptor  51.74 
 
 
373 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.814001  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5695  Extracellular ligand-binding receptor  54.55 
 
 
373 aa  375  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.348726 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3768  extracellular ligand-binding receptor  51.47 
 
 
373 aa  377  1e-103  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000000114958  normal  0.108164 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1661  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  51.47 
 
 
373 aa  374  1e-102  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00010868  normal  0.0729717 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4914  extracellular ligand-binding receptor  49.73 
 
 
375 aa  347  2e-94  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.113346  normal  0.710388 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2471  Extracellular ligand-binding receptor  49.73 
 
 
371 aa  346  4e-94  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4919  extracellular ligand-binding receptor  51.27 
 
 
376 aa  338  5.9999999999999996e-92  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1592  leucine-specific binding precursor transmembrane protein  45.62 
 
 
380 aa  337  1.9999999999999998e-91  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3401  extracellular ligand-binding receptor  46.57 
 
 
379 aa  329  4e-89  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.388266 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2166  extracellular ligand-binding receptor  46.98 
 
 
376 aa  329  5.0000000000000004e-89  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.179903  normal  0.0643115 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4969  extracellular ligand-binding receptor  45.21 
 
 
371 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.935688  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1940  putative secreted substrate binding protein  47.03 
 
 
375 aa  325  1e-87  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.15659  normal  0.0532415 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2729  extracellular ligand-binding receptor  46.78 
 
 
400 aa  323  4e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2411  extracellular ligand-binding receptor  46.96 
 
 
376 aa  323  4e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.32979  normal  0.572085 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0270  extracellular ligand-binding receptor  48.68 
 
 
460 aa  320  3e-86  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.186259  normal  0.56965 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2867  extracellular ligand-binding receptor  46.22 
 
 
401 aa  319  6e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.867317  normal  0.705839 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2319  Extracellular ligand-binding receptor  46.51 
 
 
401 aa  317  3e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.405352  hitchhiker  0.00559033 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3860  extracellular ligand-binding receptor  46.59 
 
 
381 aa  316  4e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.470803  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2197  extracellular ligand-binding receptor  46.01 
 
 
376 aa  316  4e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.974618 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3159  extracellular ligand-binding receptor  48.73 
 
 
376 aa  316  5e-85  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4327  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  46.82 
 
 
402 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0112  extracellular ligand-binding receptor  46.4 
 
 
381 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2709  Extracellular ligand-binding receptor  46.22 
 
 
401 aa  313  2.9999999999999996e-84  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0393  Extracellular ligand-binding receptor  46.4 
 
 
381 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3886  Extracellular ligand-binding receptor  45.5 
 
 
382 aa  311  7.999999999999999e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0050  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  45.78 
 
 
382 aa  311  1e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.143388  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2733  Extracellular ligand-binding receptor  47.01 
 
 
401 aa  310  2e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.464024  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6166  extracellular ligand-binding receptor  44.26 
 
 
375 aa  309  4e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.644445  normal  0.0557295 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0588  extracellular ligand-binding receptor  46.2 
 
 
399 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.833048  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4031  putative periplasmic substrate-binding protein  46.05 
 
 
379 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3957  putative periplasmic substrate-binding protein  46.05 
 
 
379 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.877185  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0165  outative extracellular ligand binding protein  46.05 
 
 
379 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3017  extracellular ligand-binding receptor  46.48 
 
 
382 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3158  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  46.06 
 
 
380 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0371  extracellular ligand-binding receptor  45.89 
 
 
383 aa  306  5.0000000000000004e-82  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0051  outative extracellular ligand binding protein  46.36 
 
 
380 aa  305  6e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3912  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  46.36 
 
 
380 aa  305  6e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3831  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  46.36 
 
 
380 aa  305  6e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3027  putative periplasmic substrate-binding protein  45.78 
 
 
379 aa  305  7e-82  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0260  extracellular ligand-binding receptor  45.93 
 
 
380 aa  305  7e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.962079 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3344  putative periplasmic substrate-binding protein  45.78 
 
 
379 aa  305  7e-82  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1575  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  45.78 
 
 
379 aa  305  7e-82  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2966  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  45.78 
 
 
375 aa  305  8.000000000000001e-82  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2829  extracellular ligand-binding receptor  45.93 
 
 
391 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.617546  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0278  extracellular ligand-binding receptor  45.93 
 
 
391 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730585  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1728  Extracellular ligand-binding receptor  48.28 
 
 
375 aa  305  1.0000000000000001e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3381  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  45.93 
 
 
380 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3300  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  45.5 
 
 
379 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0205  extracellular ligand-binding receptor  45.64 
 
 
380 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2901  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  46.06 
 
 
376 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.971399  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3295  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  44.96 
 
 
379 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0114756  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2962  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  46.06 
 
 
380 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.49524  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3407  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  46.06 
 
 
380 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.251793  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1639  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  46.06 
 
 
380 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.516456  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0186  extracellular ligand-binding receptor  45.93 
 
 
380 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207737 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1925  extracellular ligand-binding receptor  45.63 
 
 
377 aa  303  4.0000000000000003e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0315464  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0129  extracellular ligand-binding receptor  44.96 
 
 
379 aa  302  6.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.212558  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2941  extracellular ligand-binding receptor  44.96 
 
 
379 aa  302  6.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.70065  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0114  extracellular ligand-binding receptor  44.96 
 
 
379 aa  302  6.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0192  extracellular ligand-binding receptor  45.64 
 
 
380 aa  302  7.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2592  extracellular ligand-binding receptor  47.29 
 
 
398 aa  301  2e-80  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0214076 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0104  extracellular ligand-binding receptor  44.41 
 
 
379 aa  300  2e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0113  extracellular ligand-binding receptor  44.14 
 
 
379 aa  300  3e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0115  extracellular ligand-binding receptor  44.41 
 
 
379 aa  299  6e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0805  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44.86 
 
 
380 aa  298  1e-79  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.351699  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0660  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44.86 
 
 
380 aa  298  1e-79  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.792803  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1769  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44.86 
 
 
380 aa  298  1e-79  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1102  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44.86 
 
 
380 aa  298  1e-79  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.391264  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2119  extracellular ligand-binding receptor  45.09 
 
 
376 aa  298  1e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00221988  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1178  outative extracellular ligand binding protein  44.86 
 
 
380 aa  298  1e-79  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3300  putative amino-acid transport signal peptide protein  44.44 
 
 
377 aa  297  2e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2389  outative extracellular ligand binding protein  46.11 
 
 
372 aa  297  2e-79  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2441  putative amino acid-binding periplasmic ABC transporter protein  44.31 
 
 
336 aa  296  5e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.217727  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1598  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  45.82 
 
 
378 aa  296  5e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3145  Extracellular ligand-binding receptor  42.9 
 
 
399 aa  294  2e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00633656  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4030  extracellular ligand-binding receptor  43.4 
 
 
386 aa  294  2e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.229342  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5105  extracellular ligand-binding receptor  44.38 
 
 
381 aa  294  2e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140418  decreased coverage  0.00222912 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3492  extracellular ligand-binding receptor  43.4 
 
 
386 aa  294  2e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.839805 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2945  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  45.35 
 
 
377 aa  293  3e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.994918 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0821  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  43.86 
 
 
399 aa  293  3e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0339  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.89 
 
 
428 aa  293  4e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.824912 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3346  extracellular ligand-binding receptor  48.76 
 
 
380 aa  292  8e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5831  extracellular ligand-binding receptor  45.35 
 
 
384 aa  291  1e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.468117  normal  0.310951 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4960  extracellular ligand-binding receptor  42.16 
 
 
392 aa  291  1e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00971777 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6057  extracellular ligand-binding receptor  45.35 
 
 
384 aa  291  1e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5309  extracellular ligand-binding receptor  41.89 
 
 
392 aa  291  2e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.186665 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3058  extracellular ligand-binding receptor  41.89 
 
 
392 aa  291  2e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2101  Extracellular ligand-binding receptor  43.88 
 
 
380 aa  290  3e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1730  extracellular ligand-binding receptor  43.11 
 
 
393 aa  289  7e-77  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.145058  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6628  extracellular ligand-binding receptor  44.9 
 
 
384 aa  288  9e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.733405 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3414  extracellular ligand-binding receptor  41.89 
 
 
378 aa  288  1e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0938732  normal  0.686919 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3084  extracellular ligand-binding receptor  42.86 
 
 
386 aa  288  1e-76  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0552294  normal  0.474312 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>