More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2184 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_2184  radical SAM enzyme, Cfr family  100 
 
 
382 aa  790  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1421  radical SAM protein  82.67 
 
 
373 aa  638  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.196113  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1869  radical SAM protein  80.33 
 
 
382 aa  632  1e-180  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5022  radical SAM protein  82.62 
 
 
397 aa  625  1e-178  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.380261  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2611  hypothetical protein  80.33 
 
 
382 aa  623  1e-177  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00319585  normal  0.95925 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2310  hypothetical protein  77.43 
 
 
382 aa  618  1e-176  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.102281  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1167  radical SAM protein  79.52 
 
 
374 aa  615  1e-175  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0083  radical SAM protein  77.57 
 
 
391 aa  615  1e-175  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1087  radical SAM enzyme, Cfr family  79.1 
 
 
383 aa  615  1e-175  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.486861  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1999  hypothetical protein  77.75 
 
 
394 aa  591  1e-168  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.175204 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2871  radical SAM protein  73.02 
 
 
393 aa  565  1e-160  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1148  radical SAM enzyme, Cfr family  72.9 
 
 
383 aa  543  1e-153  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.187802  normal  0.550837 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1212  hypothetical protein  73.95 
 
 
383 aa  542  1e-153  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1056  radical SAM enzyme, Cfr family  72.36 
 
 
383 aa  541  1e-153  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0486076  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2109  hypothetical protein  70.26 
 
 
384 aa  529  1e-149  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.207444 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2089  hypothetical protein  72.27 
 
 
384 aa  525  1e-148  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1422  radical SAM protein  69.07 
 
 
382 aa  524  1e-148  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.12366  normal  0.0354941 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1814  radical SAM protein  70.88 
 
 
379 aa  521  1e-147  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6265  hypothetical protein  70.88 
 
 
379 aa  521  1e-147  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1838  radical SAM protein  70.88 
 
 
379 aa  521  1e-147  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.662917 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2232  radical SAM protein  69.89 
 
 
378 aa  523  1e-147  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.750735  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1109  radical SAM protein  69.35 
 
 
378 aa  521  1e-146  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.545154  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1837  radical SAM protein  69.35 
 
 
378 aa  521  1e-146  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.323888  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5115  hypothetical protein  70.88 
 
 
379 aa  520  1e-146  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0159423  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0060  radical SAM protein  69.35 
 
 
378 aa  521  1e-146  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0447485  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1461  radical SAM protein  69.09 
 
 
378 aa  519  1e-146  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0453987  normal  0.563899 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2357  radical SAM protein  69.35 
 
 
378 aa  521  1e-146  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2192  radical SAM protein  69.35 
 
 
378 aa  521  1e-146  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0838123  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1725  radical SAM protein  70.6 
 
 
379 aa  518  1e-146  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.246342 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2230  radical SAM protein  69.35 
 
 
378 aa  521  1e-146  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1752  radical SAM protein  70.6 
 
 
379 aa  518  1e-146  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1347  radical SAM protein  69.35 
 
 
378 aa  521  1e-146  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1292  radical SAM protein  68.75 
 
 
402 aa  505  1e-142  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000206153  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1592  hypothetical protein  67.57 
 
 
383 aa  507  1e-142  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.325288 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2543  radical SAM enzyme, Cfr family  67.57 
 
 
383 aa  504  1e-141  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.180565  hitchhiker  0.00648935 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0663  radical SAM enzyme, Cfr family  65.87 
 
 
383 aa  492  1e-138  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0103846  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0591  hypothetical protein  66.3 
 
 
372 aa  482  1e-135  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.196855  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2988  hypothetical protein  66.48 
 
 
364 aa  480  1e-134  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.45923  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2379  hypothetical protein  64.07 
 
 
365 aa  469  1e-131  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.444977  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1623  hypothetical protein  63.76 
 
 
362 aa  465  1e-130  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00271207 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3393  radical SAM enzyme, Cfr family  62.07 
 
 
382 aa  461  1e-129  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2051  radical SAM protein  59.62 
 
 
376 aa  426  1e-118  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0429585  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  55.04 
 
 
373 aa  412  1e-114  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0106958  normal  0.379553 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0732  radical SAM enzyme, Cfr family  56.67 
 
 
377 aa  409  1e-113  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1504  hypothetical protein  54.4 
 
 
382 aa  408  1e-113  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1479  hypothetical protein  54.25 
 
 
382 aa  408  1e-113  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1124  radical SAM protein  56.62 
 
 
369 aa  408  1e-113  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.371918  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2191  radical SAM enzyme, Cfr family  55.74 
 
 
392 aa  410  1e-113  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2887  hypothetical protein  57.1 
 
 
366 aa  410  1e-113  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0620  hypothetical protein  56.98 
 
 
370 aa  405  1e-112  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.180215  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1287  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  54.77 
 
 
373 aa  405  1e-112  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1225  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  53.68 
 
 
373 aa  399  1e-110  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.461537  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1296  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  53.68 
 
 
373 aa  399  1e-110  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.499019  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1226  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  53.68 
 
 
373 aa  400  1e-110  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.173043  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3315  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  53.68 
 
 
373 aa  398  1e-110  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3151  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  52.86 
 
 
373 aa  396  1e-109  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00905599  hitchhiker  0.00812914 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3008  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  52.86 
 
 
373 aa  396  1e-109  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00899057  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40320  hypothetical protein  53.41 
 
 
381 aa  397  1e-109  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.666991  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1253  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  53.95 
 
 
373 aa  397  1e-109  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.405878  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1370  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  52.86 
 
 
373 aa  396  1e-109  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0194673 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2655  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  53.41 
 
 
373 aa  396  1e-109  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3503  radical SAM protein  53.17 
 
 
382 aa  395  1e-109  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0893  radical SAM protein  52.89 
 
 
381 aa  391  1e-108  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  3.55307e-08 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2993  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  52.59 
 
 
373 aa  394  1e-108  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0888845  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0880  radical SAM protein  52.45 
 
 
381 aa  391  1e-108  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.588351  normal  0.297118 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1113  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  53.02 
 
 
373 aa  394  1e-108  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.686108  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1302  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  53.3 
 
 
373 aa  392  1e-108  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.563776  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01053  radical SAM enzyme, Cfr family  55.56 
 
 
393 aa  392  1e-108  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.184624  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06113  radical SAM enzyme, Cfr family  55.56 
 
 
393 aa  392  1e-108  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.245547  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1431  Crp/FNR family transcriptional regulator  53.65 
 
 
398 aa  392  1e-108  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0850  radical SAM enzyme, Cfr family  52.45 
 
 
381 aa  391  1e-108  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4328  radical SAM protein  52.62 
 
 
381 aa  391  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  decreased coverage  2.14748e-11 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1353  radical SAM protein  52.19 
 
 
371 aa  389  1e-107  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  1.60208e-10 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1308  hypothetical protein  52.15 
 
 
378 aa  390  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.141756  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0900  hypothetical protein  57.71 
 
 
372 aa  389  1e-107  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1905  radical SAM protein  53.91 
 
 
403 aa  390  1e-107  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1716  radical SAM protein  54.01 
 
 
401 aa  389  1e-107  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.973881  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1541  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  52.32 
 
 
373 aa  390  1e-107  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.865101  normal  0.656047 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1780  hypothetical protein  54.01 
 
 
406 aa  389  1e-107  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1429  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  52.04 
 
 
373 aa  390  1e-107  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0876618 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14830  hypothetical protein  51.92 
 
 
379 aa  390  1e-107  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3129  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  52.6 
 
 
380 aa  386  1e-106  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1431  radical SAM enzyme, Cfr family  52.11 
 
 
382 aa  383  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2720  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  53.13 
 
 
388 aa  383  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.564025  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2677  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  53.3 
 
 
388 aa  382  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4604  hypothetical protein  51.79 
 
 
382 aa  384  1e-105  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1657  radical SAM enzyme, Cfr family  54.17 
 
 
401 aa  384  1e-105  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.33058  normal  0.466299 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1245  hypothetical protein  51.83 
 
 
382 aa  383  1e-105  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2764  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  53.13 
 
 
388 aa  383  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1249  radical SAM protein  52.5 
 
 
360 aa  384  1e-105  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2895  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  53.13 
 
 
388 aa  383  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2783  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  53.13 
 
 
388 aa  383  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.355164  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3742  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  53.3 
 
 
384 aa  381  1e-104  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02371  hypothetical protein  53.02 
 
 
384 aa  379  1e-104  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1198  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  52.05 
 
 
365 aa  381  1e-104  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.347563  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2740  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  51.9 
 
 
393 aa  380  1e-104  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1160  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  53.02 
 
 
384 aa  379  1e-104  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0206768 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2669  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  53.02 
 
 
384 aa  379  1e-104  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.253648 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3011  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  51.34 
 
 
388 aa  379  1e-104  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1115  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  51.88 
 
 
392 aa  381  1e-104  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>