More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1306 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_4241  UvrD/REP helicase  64.3 
 
 		 716 aa  850    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3335  UvrD/REP helicase  64.38 
 
 		 694 aa  886    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.667259 
 
 
-
 
NC_003296  RS05321  ATP-dependent DNA helicase II protein  62.52 
 
 		 710 aa  870    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314896  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0402  UvrD/REP helicase  63.99 
 
 		 712 aa  834    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2939  UvrD/REP helicase  63.94 
 
 		 720 aa  870    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.632064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0548  UvrD/REP helicase  64.88 
 
 		 745 aa  889    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.254513  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3295  UvrD/REP helicase  63.6 
 
 		 717 aa  905    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.763792  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0283  UvrD/REP helicase  67.25 
 
 		 725 aa  885    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.638383  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1306  ATP-dependent DNA helicase  100 
 
 		 702 aa  1417    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0100895  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4129  UvrD/REP helicase  64.3 
 
 		 716 aa  850    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.248722  normal  0.188822 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5901  UvrD/REP helicase  61.43 
 
 		 689 aa  885    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0361362  normal  0.5857 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2701  UvrD/REP helicase  65.12 
 
 		 686 aa  874    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.311884  normal  0.28531 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3142  UvrD/REP helicase  64.38 
 
 		 687 aa  869    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.345803  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2745  UvrD/REP helicase  63.37 
 
 		 687 aa  851    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.223218  normal  0.57974 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1045  putative DNA helicase  65.73 
 
 		 708 aa  870    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2743  UvrD/REP helicase  65.26 
 
 		 688 aa  890    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3768  UvrD/REP helicase  63.57 
 
 		 689 aa  882    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.528765  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0232  UvrD/REP helicase  67.64 
 
 		 702 aa  891    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0230  UvrD/REP helicase  63.65 
 
 		 686 aa  879    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0258  UvrD/REP helicase  63.8 
 
 		 685 aa  880    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0801  UvrD/REP helicase  63.17 
 
 		 750 aa  878    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.205146 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3457  UvrD/REP helicase  53.41 
 
 		 700 aa  637    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7513  ATP-dependent DNA helicase Rep  64.15 
 
 		 686 aa  875    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.556127  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0453  UvrD/REP helicase  44.3 
 
 		 681 aa  465  1e-129  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.611277  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2813  UvrD/REP helicase  37.46 
 
 		 754 aa  436  1e-121  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0594  UvrD/REP helicase  44 
 
 		 676 aa  433  1e-120  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1808  UvrD/REP helicase  42.24 
 
 		 725 aa  416  9.999999999999999e-116  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2052  UvrD/REP helicase  42.08 
 
 		 726 aa  414  1e-114  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.322566  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2122  UvrD/REP helicase  42.24 
 
 		 726 aa  416  1e-114  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.370294  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2021  UvrD/REP helicase  40.06 
 
 		 745 aa  407  1.0000000000000001e-112  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.581041 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0745  UvrD/REP helicase  38.94 
 
 		 655 aa  402  1e-111  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2007  UvrD/REP helicase  40.29 
 
 		 714 aa  399  1e-109  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0358603  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2812  UvrD/REP helicase  41.12 
 
 		 719 aa  382  1e-104  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2469  UvrD/REP helicase  40.03 
 
 		 724 aa  370  1e-101  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.5744  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0254  UvrD/REP helicase  35.57 
 
 		 742 aa  371  1e-101  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.016007  decreased coverage  0.00234339 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0683  UvrD/REP helicase  37.56 
 
 		 669 aa  366  1e-100  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1967  UvrD/REP helicase  38.35 
 
 		 789 aa  366  1e-99  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0071  UvrD/REP helicase  38.93 
 
 		 768 aa  355  1e-96  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3571  ATP-dependent DNA helicase UvrD  37.93 
 
 		 719 aa  354  2.9999999999999997e-96  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1532  UvrD/REP helicase  35.64 
 
 		 648 aa  350  5e-95  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0217049  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1581  UvrD/REP helicase  35.64 
 
 		 648 aa  350  5e-95  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0721  UvrD/REP helicase  34.68 
 
 		 656 aa  347  3e-94  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0796  UvrD/REP helicase  34.07 
 
 		 706 aa  345  1e-93  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.573798  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4158  UvrD/REP helicase  36.55 
 
 		 668 aa  339  9.999999999999999e-92  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.140406 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1017  UvrD/REP helicase  34.09 
 
 		 733 aa  338  1.9999999999999998e-91  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0779  UvrD/REP helicase  34.58 
 
 		 630 aa  334  3e-90  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1554  ATP-dependent DNA helicase II  33.33 
 
 		 749 aa  311  2.9999999999999997e-83  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0757  ATP-dependent DNA helicase PcrA  36.35 
 
 		 773 aa  309  1.0000000000000001e-82  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.476102  hitchhiker  0.0068011 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.5 
 
 		 755 aa  307  5.0000000000000004e-82  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1437  UvrD/REP helicase  32.11 
 
 		 769 aa  300  7e-80  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.618729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5987  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.34 
 
 		 851 aa  300  9e-80  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0573497  normal  0.0186357 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2580  ATP-dependent DNA helicase PcrA  37.05 
 
 		 754 aa  299  1e-79  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  31.5 
 
 		 735 aa  298  2e-79  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2876  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.67 
 
 		 741 aa  298  2e-79  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4223  ATP-dependent DNA helicase PcrA  36.97 
 
 		 768 aa  298  3e-79  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.80047  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07720  ATP-dependent DNA helicase PcrA  37.5 
 
 		 831 aa  297  5e-79  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0752204  normal  0.673824 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4430  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.42 
 
 		 765 aa  296  1e-78  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2539  ATP-dependent DNA helicase PcrA  36.98 
 
 		 858 aa  296  1e-78  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.676904  normal  0.762866 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0647  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.58 
 
 		 838 aa  295  1e-78  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0160292  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2355  UvrD/REP helicase  30.73 
 
 		 724 aa  296  1e-78  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000607129  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0241  UvrD/REP helicase  32.83 
 
 		 706 aa  294  3e-78  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0127  DNA helicase II  33.08 
 
 		 646 aa  294  4e-78  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.889231  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5601  UvrD/REP helicase  30.83 
 
 		 764 aa  293  8e-78  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  36.05 
 
 		 742 aa  293  1e-77  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0413312  decreased coverage  0.000000100763 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3788  UvrD/REP helicase  31.29 
 
 		 755 aa  293  1e-77  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.14 
 
 		 762 aa  290  6e-77  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.352093 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3411  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  36.02 
 
 		 739 aa  290  6e-77  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5235  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.13 
 
 		 781 aa  290  9e-77  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00141788 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6513  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.15 
 
 		 781 aa  289  1e-76  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1352  UvrD/REP helicase  33.44 
 
 		 807 aa  288  2e-76  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0038  UvrD/REP helicase  32.18 
 
 		 757 aa  288  2e-76  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.28 
 
 		 785 aa  288  2e-76  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10008  putative helicase  32.47 
 
 		 773 aa  288  2.9999999999999996e-76  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1021  UvrD/REP helicase  33.33 
 
 		 783 aa  287  5e-76  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.751613  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0375  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.13 
 
 		 763 aa  286  7e-76  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02290  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.58 
 
 		 715 aa  285  2.0000000000000002e-75  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000712312  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3327  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.75 
 
 		 802 aa  285  3.0000000000000004e-75  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6233  DNA-dependent helicase II  34.09 
 
 		 728 aa  284  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80471  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71870  DNA-dependent helicase II  34.09 
 
 		 728 aa  284  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.186903  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0398  UvrD/REP helicase  33.92 
 
 		 768 aa  283  6.000000000000001e-75  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2542  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.24 
 
 		 751 aa  283  7.000000000000001e-75  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0652  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.41 
 
 		 786 aa  283  7.000000000000001e-75  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.782155  normal  0.523807 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0670  ATP-dependent DNA helicase PcrA  36.43 
 
 		 833 aa  283  8.000000000000001e-75  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.117887 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1619  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.01 
 
 		 718 aa  283  8.000000000000001e-75  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5644  DNA-dependent helicase II  33.88 
 
 		 727 aa  283  1e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1397  UvrD/REP helicase  30.65 
 
 		 625 aa  282  1e-74  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.477297  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2070  UvrD/REP helicase  32.81 
 
 		 789 aa  282  1e-74  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.535098  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0537  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.28 
 
 		 711 aa  281  2e-74  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3483  ATP-dependent DNA helicase Rep  34.36 
 
 		 673 aa  281  2e-74  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2246  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.24 
 
 		 751 aa  281  3e-74  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.453558  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1911  UvrD/REP helicase  33.77 
 
 		 742 aa  281  3e-74  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.306722  normal  0.156803 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5516  DNA helicase II  32.7 
 
 		 727 aa  281  4e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3026  ATP-dependent DNA helicase PcrA  36.56 
 
 		 829 aa  280  7e-74  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.499575  hitchhiker  0.000248027 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2295  UvrD/REP helicase  31.32 
 
 		 666 aa  280  8e-74  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2014  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.48 
 
 		 729 aa  280  8e-74  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0186  DNA-dependent helicase II  33.83 
 
 		 723 aa  280  9e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5065  DNA-dependent helicase II  32.88 
 
 		 727 aa  279  1e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28230  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.38 
 
 		 857 aa  278  2e-73  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2961  ATP-dependent DNA helicase  33.23 
 
 		 678 aa  278  2e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.26035  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10967  ATP-dependent DNA helicase II uvrD1  33.33 
 
 		 771 aa  278  2e-73  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.227085 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>