More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_5141 on replicon NC_009507
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009507  Swit_5141  histone family protein DNA-binding protein  100 
 
 		 92 aa  178  2e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.467193 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2632  histone-like DNA-binding protein  80 
 
 		 91 aa  127  6e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1217  histone-like DNA-binding protein  78.89 
 
 		 91 aa  122  2e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.778852  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0009  histone-like DNA-binding protein  60.44 
 
 		 130 aa  104  4e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.101373 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2320  histone family protein DNA-binding protein  61.11 
 
 		 91 aa  103  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313993 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9178  HNS-type DNA binding protein  54.95 
 
 		 92 aa  97.1  7e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.654708  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7042  HNS-type DNA binding protein  56.04 
 
 		 92 aa  97.1  8e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.815664  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8027  HNS-type DNA binding protein  53.26 
 
 		 92 aa  97.1  8e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8123  HNS-type DNA binding protein  56.04 
 
 		 92 aa  96.3  1e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.029087  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2219  histone family protein DNA-binding protein  58.24 
 
 		 92 aa  95.5  2e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.789532  normal  0.340698 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5718  histone family protein DNA-binding protein  54.95 
 
 		 92 aa  94.7  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0779514  normal  0.621503 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3229  histone family protein DNA-binding protein  54.95 
 
 		 91 aa  93.6  8e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6198  histone family protein DNA-binding protein  52.75 
 
 		 92 aa  93.6  8e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0309609  normal  0.013935 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5182  histone family protein DNA-binding protein  56.04 
 
 		 92 aa  92.4  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.022675  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4234  histone-like DNA-binding protein  58.24 
 
 		 92 aa  92.4  2e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.482395  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4761  histone family protein DNA-binding protein  51.09 
 
 		 92 aa  92.4  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00588654  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1290  nucleoid protein Hbs  55.68 
 
 		 91 aa  92.4  2e-18  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00000854913  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1806  histone family protein DNA-binding protein  53.85 
 
 		 92 aa  88.2  4e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.109803 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0765  nucleoid protein Hbs  53.41 
 
 		 91 aa  87.8  5e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000296782  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1772  histone-like DNA-binding protein  52.22 
 
 		 90 aa  86.7  9e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000757515  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1175  histone-like DNA-binding protein  54.55 
 
 		 91 aa  86.3  1e-16  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000000211181  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2154  histone family protein DNA-binding protein  50.57 
 
 		 90 aa  85.5  2e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000552537  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0576  histone family protein DNA-binding protein  48.89 
 
 		 90 aa  85.5  2e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0418926 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1010  nucleoid protein Hbs  54.55 
 
 		 91 aa  85.1  3e-16  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.301873  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1637  DNA-binding protein HU  51.72 
 
 		 90 aa  84.7  4e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00420342  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1420  DNA-binding protein HU  51.72 
 
 		 90 aa  84.7  4e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.190218  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1233  histone family protein DNA-binding protein  51.72 
 
 		 90 aa  84.7  4e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0133564  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1392  DNA-binding protein HU  51.72 
 
 		 90 aa  84.7  4e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.011833  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1392  DNA-binding protein HU  51.72 
 
 		 90 aa  84.7  4e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00000512711  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1566  DNA-binding protein HU  51.72 
 
 		 90 aa  84.7  4e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.236067  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1673  DNA-binding protein HU  51.72 
 
 		 90 aa  84.7  4e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000325838  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1604  DNA-binding protein HU  51.72 
 
 		 90 aa  84.7  4e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000159132 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1531  DNA-binding protein HU  51.72 
 
 		 90 aa  84.7  4e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.259543  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1434  histone family protein DNA-binding protein  51.72 
 
 		 90 aa  84.7  4e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.087278  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3779  DNA-binding protein HU  51.72 
 
 		 90 aa  84.7  4e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000354145  normal  0.961445 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2107  histone family protein DNA-binding protein  50.56 
 
 		 90 aa  84.7  4e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00000844989  hitchhiker  0.00906741 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0532  DNA-binding protein HU-beta  51.11 
 
 		 90 aa  83.6  9e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00043104  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0465  histone family protein DNA-binding protein  49.43 
 
 		 90 aa  83.6  0.000000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2285  histone family protein DNA-binding protein  47.78 
 
 		 90 aa  81.6  0.000000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0556838  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1118  HU family DNA-binding protein  51.11 
 
 		 91 aa  81.6  0.000000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000128568  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3067  histone family protein DNA-binding protein  48.89 
 
 		 92 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0353619 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02474  DNA-binding protein HU  48.89 
 
 		 90 aa  81.3  0.000000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0085  nucleoid protein Hbs  50.57 
 
 		 91 aa  81.3  0.000000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0539634  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0293  histone family protein DNA-binding protein  43.48 
 
 		 94 aa  81.3  0.000000000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.416752  normal  0.0238993 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0390  histone family protein DNA-binding protein  46.67 
 
 		 90 aa  80.9  0.000000000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.0000165854  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0942  histone family protein DNA-binding protein  47.78 
 
 		 90 aa  80.5  0.000000000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0860  histone family protein DNA-binding protein  48.89 
 
 		 90 aa  80.5  0.000000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0124999  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0799  histone-like DNA-binding protein  52.22 
 
 		 90 aa  80.5  0.000000000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0173855 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0070  nucleoid protein Hbs  44.94 
 
 		 92 aa  79.7  0.00000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0240129  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0004  DNA-binding protein HU-alpha  46.15 
 
 		 126 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3933  histone family protein DNA-binding protein  46.67 
 
 		 92 aa  80.1  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4504  DNA-binding protein HU-alpha  46.67 
 
 		 92 aa  80.1  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.806931 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2069  histone family protein DNA-binding protein  52.33 
 
 		 95 aa  79.7  0.00000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1041  DNA-binding protein HU  49.43 
 
 		 90 aa  79.3  0.00000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.436255  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1474  putative DNA-binding protein HU-beta  46.67 
 
 		 90 aa  79.3  0.00000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000997119  hitchhiker  0.0000985943 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4159  histone family protein DNA-binding protein  47.78 
 
 		 91 aa  79.3  0.00000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0045  histone family protein DNA-binding protein  48.89 
 
 		 90 aa  79.3  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00000165888  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1553  histone-like DNA-binding protein  51.65 
 
 		 91 aa  79  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1560  histone family protein DNA-binding protein  49.43 
 
 		 90 aa  79.3  0.00000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.768925  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1653  histone-like DNA-binding protein  46.67 
 
 		 90 aa  79  0.00000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000047794  unclonable  0.0000440637 
 
 
 
NC_008576  Mmc1_2824  nucleoid protein Hbs  45.56 
 
 		 91 aa  79  0.00000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.669113  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0525  nucleoid protein Hbs  48.86 
 
 		 91 aa  79.3  0.00000000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.00046461  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2054  histone family protein DNA-binding protein  45.56 
 
 		 91 aa  79  0.00000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00333504  normal  0.0104655 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1530  histone family protein DNA-binding protein  49.43 
 
 		 90 aa  79.3  0.00000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.277737  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1870  histone family protein DNA-binding protein  45.05 
 
 		 91 aa  78.2  0.00000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0130937 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1714  DNA-binding protein HU-beta  48.89 
 
 		 90 aa  78.6  0.00000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.606946  normal  0.0324854 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3781  HU family DNA-binding protein  47.78 
 
 		 90 aa  78.6  0.00000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.0095051  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0004  DNA-binding protein HU-alpha  46.67 
 
 		 92 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0004  DNA-binding protein HU-alpha  46.67 
 
 		 92 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2913  DNA-binding protein HU, form B  46.67 
 
 		 92 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.5361  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3397  DNA-binding protein HU, form B  46.67 
 
 		 92 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.218557  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2972  DNA-binding protein HU-alpha  46.67 
 
 		 92 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1362  histone-like DNA-binding protein  48.89 
 
 		 90 aa  78.6  0.00000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.102123  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3133  histone-like DNA-binding protein  46.67 
 
 		 90 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000045924  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1629  DNA-binding protein HU, form B  46.67 
 
 		 92 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3247  histone-like DNA-binding protein  46.67 
 
 		 92 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.704477 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0065  histone family protein DNA-binding protein  46.67 
 
 		 92 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0135  histone family protein DNA-binding protein  49.45 
 
 		 91 aa  77.8  0.00000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00267128  n/a   
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_28  DNA-binding protein HU-alpha  45.56 
 
 		 91 aa  78.2  0.00000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0084  histone family protein DNA-binding protein  46.67 
 
 		 92 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0005  histone-like DNA-binding protein  46.67 
 
 		 92 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.129264  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0066  histone family protein DNA-binding protein  46.67 
 
 		 92 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0055  histone family protein DNA-binding protein  46.67 
 
 		 92 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0065  histone family protein DNA-binding protein  46.67 
 
 		 92 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0868  histone-like DNA-binding protein  41.3 
 
 		 95 aa  77.8  0.00000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0392256  normal  0.0328691 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7326  histone family protein DNA-binding protein  42.86 
 
 		 92 aa  77.4  0.00000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.076405 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1726  histone family protein DNA-binding protein  47.78 
 
 		 90 aa  77.4  0.00000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.00000000326644  hitchhiker  0.00672024 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00392  HU, DNA-binding transcriptional regulator, beta subunit  45.56 
 
 		 90 aa  76.3  0.0000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3169  histone family protein DNA-binding protein  45.56 
 
 		 90 aa  76.3  0.0000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000005828  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0476  transcriptional regulator HU subunit beta  45.56 
 
 		 90 aa  76.3  0.0000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000220916  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0526  transcriptional regulator HU subunit beta  45.56 
 
 		 90 aa  76.3  0.0000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00026983  normal  0.698185 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1098  histone family protein DNA-binding protein  45.56 
 
 		 101 aa  76.3  0.0000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00970005  hitchhiker  0.00000236625 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0483  transcriptional regulator HU subunit beta  45.56 
 
 		 90 aa  76.3  0.0000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000219434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0363  transcriptional regulator HU subunit beta  45.56 
 
 		 90 aa  76.3  0.0000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00017145  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0016  nucleoid protein HU beta subunit  48.89 
 
 		 90 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2043  histone-like DNA-binding protein  44.44 
 
 		 90 aa  76.3  0.0000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0470  histone family protein DNA-binding protein  45.05 
 
 		 94 aa  76.3  0.0000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00396  hypothetical protein  45.56 
 
 		 90 aa  76.3  0.0000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3192  transcriptional regulator HU subunit beta  45.56 
 
 		 90 aa  76.3  0.0000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0216859  hitchhiker  0.00242013 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0894  nucleoid DNA-binding protein  46.59 
 
 		 91 aa  76.3  0.0000000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  8.08972e-16  hitchhiker  0.000000000000265027 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>