More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_00630 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_00630  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  100 
 
 
215 aa  408  1e-113  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0471054  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  75.81 
 
 
216 aa  283  2.0000000000000002e-75  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5181  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.67 
 
 
215 aa  238  5e-62  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3108  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60 
 
 
215 aa  230  1e-59  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.915347 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2529  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.09 
 
 
217 aa  225  3e-58  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.194108 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2492  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.09 
 
 
217 aa  224  5.0000000000000005e-58  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.33067  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2537  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.09 
 
 
217 aa  224  5.0000000000000005e-58  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.043837  normal  0.575038 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1623  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.29 
 
 
242 aa  217  1e-55  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.733782 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1636  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.81 
 
 
242 aa  214  9.999999999999999e-55  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.537762 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1556  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.54 
 
 
214 aa  181  7e-45  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15750  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  50 
 
 
213 aa  175  5e-43  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4152  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.23 
 
 
214 aa  146  2.0000000000000003e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1202  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.24 
 
 
212 aa  139  4.999999999999999e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0317  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.29 
 
 
519 aa  137  2e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.417886 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4963  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.81 
 
 
522 aa  134  9.999999999999999e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0875398  normal  0.252786 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1250  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.48 
 
 
525 aa  133  1.9999999999999998e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.615651  normal  0.522042 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5106  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.18 
 
 
220 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.485727  normal  0.10095 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
228 aa  129  3e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0119  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  37.23 
 
 
523 aa  127  2.0000000000000002e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000124345  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0243  amino acid ABC transporter, permease protein  38.74 
 
 
211 aa  125  6e-28  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1515  Substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  35.35 
 
 
526 aa  125  7e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0692577  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0296  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.38 
 
 
211 aa  124  2e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.4946  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0763  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  42.58 
 
 
504 aa  122  3e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.458546  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0746  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  42.58 
 
 
504 aa  122  3e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3333  Substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  36.84 
 
 
524 aa  122  4e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000937167  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0386  ABC transporter, permease protein  43.95 
 
 
504 aa  120  1.9999999999999998e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2357  amino acid ABC transporter, permease protein  32.55 
 
 
211 aa  120  1.9999999999999998e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2353  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.43 
 
 
220 aa  119  3e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2803  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.46 
 
 
218 aa  117  9.999999999999999e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000135531  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1174  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.79 
 
 
209 aa  117  9.999999999999999e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0267  quaternary amine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  40 
 
 
526 aa  116  3e-25  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1125  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.29 
 
 
218 aa  115  3.9999999999999997e-25  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2914  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.99 
 
 
220 aa  114  1.0000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.208767 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0084  Substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  38.76 
 
 
528 aa  114  1.0000000000000001e-24  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.689632  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1923  glycine betaine transport system permease protein  39.46 
 
 
526 aa  113  2.0000000000000002e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6583  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.53 
 
 
217 aa  112  3e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0902932  normal  0.0101515 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0770  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.25 
 
 
222 aa  112  3e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.53 
 
 
216 aa  112  4.0000000000000004e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.435209 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2494  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.62 
 
 
216 aa  112  5e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5737  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.53 
 
 
217 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6101  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.53 
 
 
217 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7552  ABC glycinebetaine/carnitine/choline transporter, inner membrane subunit  35.62 
 
 
217 aa  109  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.542589 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0769  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.96 
 
 
245 aa  109  3e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0142  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45 
 
 
249 aa  109  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0957565 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4885  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.41 
 
 
216 aa  108  5e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.694048 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001529  probable inner-membrane permease  39.69 
 
 
199 aa  108  6e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.90895  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2030  amino acid ABC transporter, permease protein  30.14 
 
 
211 aa  107  1e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.207242  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2785  quaternary amine ABC transporter permease  33.48 
 
 
384 aa  107  1e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1330  quaternary amine ABC transporter permease  33.48 
 
 
384 aa  107  1e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3032  Substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  32.38 
 
 
531 aa  107  1e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.367999  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.48 
 
 
384 aa  107  1e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2522  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.77 
 
 
211 aa  107  2e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.241712  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2474  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.77 
 
 
211 aa  107  2e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.13842  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1127  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
216 aa  106  3e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.721959  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0118  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.08 
 
 
216 aa  106  3e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0148  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.35 
 
 
249 aa  106  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0914  choline ABC transporter permease and substrate binding protein  36.26 
 
 
500 aa  105  4e-22  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.222381  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0913  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.89 
 
 
217 aa  105  7e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0471991  normal  0.178829 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0578  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.86 
 
 
235 aa  105  8e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0139749  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0984  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.86 
 
 
236 aa  105  8e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.660466  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2784  Substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  41.81 
 
 
504 aa  104  1e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0804  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.4 
 
 
217 aa  104  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.141523  normal  0.643445 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2729  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.02 
 
 
385 aa  104  1e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1446  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.76 
 
 
386 aa  103  2e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.706116  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4576  glycine betaine/choline OpuC ABC transporter, permease protein  39.64 
 
 
217 aa  102  3e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.28564  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4755  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
224 aa  103  3e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4250  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.64 
 
 
217 aa  102  3e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2944  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.07 
 
 
400 aa  102  3e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.543286  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0486  ABC proline/glycine betaine transporter, inner membrane subunit  37.5 
 
 
203 aa  102  4e-21  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00597716  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0352  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.68 
 
 
212 aa  102  4e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00133912  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5205  Substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  44.67 
 
 
537 aa  102  4e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.057164  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2516  putative lipoprotein transmembrane  41.76 
 
 
520 aa  102  5e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.2714  hitchhiker  0.00948908 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4309  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.56 
 
 
217 aa  102  5e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.473063  normal  0.447957 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2531  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.94 
 
 
213 aa  102  5e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.41546  hitchhiker  0.00151664 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1070  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  39.29 
 
 
525 aa  102  5e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.019749  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0215  ABC transporter, permease protein  38.16 
 
 
386 aa  102  5e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02058  predicted transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  37.89 
 
 
243 aa  102  6e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2263  quaternary amine ABC transporter permease  37.89 
 
 
243 aa  102  6e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1519  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.89 
 
 
243 aa  102  6e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0845  ABC transporter, quaternary amine uptake (QAT) family, permease protein  37.89 
 
 
243 aa  102  6e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02016  hypothetical protein  37.89 
 
 
243 aa  102  6e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3253  ABC transporter, quaternary amine uptake (QAT) family, permease protein  37.89 
 
 
243 aa  102  6e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000564908 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2416  quaternary amine ABC transporter permease  37.89 
 
 
243 aa  102  6e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0899  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.89 
 
 
217 aa  101  7e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.334865 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2244  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.81 
 
 
229 aa  101  7e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.259993  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0869  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.89 
 
 
217 aa  101  8e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.476701  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2130  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein/permease protein  37.06 
 
 
504 aa  101  9e-21  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2993  ABC glycine betaine/L-proline transporter, inner membrane subunit  35.62 
 
 
217 aa  100  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1529  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.37 
 
 
243 aa  100  2e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.53 
 
 
213 aa  100  2e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.518824  normal  0.0107204 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5138  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
255 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.316717  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0843  ABC transporter, quaternary amine uptake (QAT) family, permease protein  34.06 
 
 
385 aa  100  2e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3223  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
255 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.362528  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3255  ABC transporter, quaternary amine uptake (QAT) family, permease protein  34.93 
 
 
385 aa  100  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000687244 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0705  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease and substrate binding protein  41.06 
 
 
516 aa  100  2e-20  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.000153769  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
255 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0793163  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1686  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.06 
 
 
207 aa  99.8  3e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.038351  normal  0.407571 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1855  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.5 
 
 
392 aa  99.8  3e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1922  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.13 
 
 
215 aa  99.8  3e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2419  quaternary amine ABC transporter permease  34.06 
 
 
385 aa  99.4  3e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>