More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_07700 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_07700  transcriptional regulator  100 
 
 		 359 aa  692    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.241125  normal  0.0525574 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0601  transcriptional regulator, LacI family  63.2 
 
 		 379 aa  402  1e-111  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.115964  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2691  transcriptional regulator, LacI family  62.75 
 
 		 355 aa  376  1e-103  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0564  transcriptional regulator, LacI family  47.83 
 
 		 414 aa  328  1.0000000000000001e-88  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.432352  normal  0.0264238 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3181  transcriptional regulator, LacI family  52.38 
 
 		 348 aa  286  4e-76  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.029508 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4271  transcriptional regulator, LacI family  46.28 
 
 		 349 aa  216  5.9999999999999996e-55  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.189844  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0346  transcriptional regulator, LacI family  36.07 
 
 		 367 aa  179  5.999999999999999e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3061  transcriptional regulator, LacI family  39.94 
 
 		 323 aa  179  7e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.111004  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1479  LacI family transcription regulator  35.07 
 
 		 362 aa  178  1e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1119  transcriptional regulator, LacI family  37.83 
 
 		 350 aa  167  2.9999999999999998e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.158873  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2718  transcriptional regulator, LacI family  36.52 
 
 		 354 aa  163  4.0000000000000004e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.204137 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35310  transcriptional regulator, LacI family  35.1 
 
 		 366 aa  161  2e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.263381  normal  0.860746 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0144  LacI family transcription regulator  37.05 
 
 		 375 aa  158  1e-37  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4919  transcriptional regulator, LacI family  33.98 
 
 		 358 aa  155  1e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4716  LacI family transcription regulator  35.6 
 
 		 366 aa  155  1e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.417684  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4802  LacI family transcription regulator  35.6 
 
 		 366 aa  155  1e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.441545 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5317  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.86 
 
 		 366 aa  152  1e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.188854 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5101  LacI family transcription regulator  35.33 
 
 		 366 aa  152  1e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.181934 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13608  LacI family transcriptional regulator  35.95 
 
 		 404 aa  151  1e-35  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.311872 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2982  transcriptional regulator, LacI family  35.54 
 
 		 353 aa  149  6e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000384304  hitchhiker  0.00495072 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1457  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.88 
 
 		 365 aa  146  5e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.696084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0196  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.71 
 
 		 347 aa  145  1e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0673  transcriptional regulator, LacI family  34.97 
 
 		 382 aa  144  4e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.208846  normal  0.309345 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2243  LacI family transcription regulator  35.1 
 
 		 339 aa  140  3.9999999999999997e-32  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.792989 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  31.69 
 
 		 331 aa  139  7e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.78 
 
 		 337 aa  139  7.999999999999999e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1537  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.62 
 
 		 343 aa  133  5e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  29.55 
 
 		 337 aa  129  9.000000000000001e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1528  transcriptional regulator, LacI family  33.04 
 
 		 356 aa  129  1.0000000000000001e-28  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.126847  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1521  LacI family transcription regulator  32.15 
 
 		 388 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6308  LacI family transcription regulator  32.15 
 
 		 388 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.3516 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0292  transcriptional regulator, LacI family  34.25 
 
 		 336 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1849  LacI family transcription regulator  30.77 
 
 		 358 aa  127  4.0000000000000003e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0321954  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  28.41 
 
 		 341 aa  126  5e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6966  LacI family transcription regulator  31.88 
 
 		 365 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.205208  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  30.79 
 
 		 336 aa  125  1e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3991  transcriptional regulator, LacI family protein  29.94 
 
 		 343 aa  125  1e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00173292  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2268  transcriptional regulator, LacI family  31.34 
 
 		 339 aa  125  1e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.580288  hitchhiker  0.000512159 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8999  transcriptional regulator  34.17 
 
 		 361 aa  125  1e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.450526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0304  degradation activator  31.29 
 
 		 332 aa  124  2e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.34 
 
 		 342 aa  124  3e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.34 
 
 		 342 aa  124  3e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3453  LacI family transcription regulator  34.5 
 
 		 330 aa  122  8e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.364896  normal  0.286826 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2559  alanine racemase  30.89 
 
 		 358 aa  122  8e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1895  LacI family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 339 aa  121  9.999999999999999e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.371942 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1312  periplasmic binding protein and sugar binding domain of the LacI family protein  28.45 
 
 		 353 aa  122  9.999999999999999e-27  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3350  LacI family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 364 aa  122  9.999999999999999e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.03 
 
 		 341 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  31.03 
 
 		 341 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.03 
 
 		 341 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3807  LacI family transcription regulator  33.77 
 
 		 350 aa  120  1.9999999999999998e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0659508  normal  0.169794 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02629  Transcriptional regulator  29.95 
 
 		 341 aa  121  1.9999999999999998e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.03 
 
 		 343 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.03 
 
 		 341 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.03 
 
 		 341 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.03 
 
 		 343 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  31.03 
 
 		 341 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2870  transcriptional regulator, LacI family  32.7 
 
 		 342 aa  120  3e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2659  transcriptional regulator, LacI family  32.88 
 
 		 339 aa  120  3.9999999999999996e-26  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.34431  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3304  LacI family transcription regulator  33.14 
 
 		 335 aa  120  4.9999999999999996e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.547709 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  30.28 
 
 		 348 aa  119  6e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2175  transcriptional regulator, LacI family  34.9 
 
 		 349 aa  119  6e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.408939  normal  0.717598 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.82 
 
 		 330 aa  119  9e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.91 
 
 		 342 aa  119  9e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1526  LacI family transcription regulator  27.37 
 
 		 346 aa  118  9.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  28.37 
 
 		 338 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7452  LacI family transcription regulator  30.9 
 
 		 357 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.390478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4340  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.77 
 
 		 366 aa  119  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1633  LacI family transcription regulator  27.37 
 
 		 346 aa  118  9.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  30.3 
 
 		 335 aa  119  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1737  LacI family transcription regulator  27.37 
 
 		 346 aa  118  9.999999999999999e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.486845  hitchhiker  0.000686199 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2691  LacI family transcription regulator  27.81 
 
 		 335 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0063  LacI family transcription regulator  29.7 
 
 		 342 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000367552 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0065  LacI family transcription regulator  29.7 
 
 		 342 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000194735 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1515  transcriptional regulator, LacI family  30.55 
 
 		 339 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.62 
 
 		 330 aa  117  3e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.35 
 
 		 341 aa  117  3.9999999999999997e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  31.25 
 
 		 332 aa  116  5e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3766  LacI family transcription regulator  33.33 
 
 		 361 aa  116  5e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0061  LacI family transcription regulator  29.39 
 
 		 342 aa  116  6e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000329359 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.69 
 
 		 335 aa  115  7.999999999999999e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13150  transcriptional regulator, LacI family  28.39 
 
 		 344 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4696  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.12 
 
 		 339 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0100  transcriptional regulator, LacI family  32.23 
 
 		 348 aa  115  1.0000000000000001e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0658146  normal  0.053402 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3013  transcriptional regulator, LacI family  34.18 
 
 		 326 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.168933  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1744  transcriptional regulator, LacI family  30.42 
 
 		 336 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0065  LacI family transcription regulator  30.56 
 
 		 343 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00259026 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0064  transcriptional regulator, LacI family  30.56 
 
 		 343 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31 
 
 		 352 aa  114  3e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0060  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.56 
 
 		 343 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1460  transcriptional regulator, LacI family  33.24 
 
 		 356 aa  114  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0141269 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4294  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.56 
 
 		 343 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5553  transcriptional regulator LacI family  30.09 
 
 		 356 aa  113  4.0000000000000004e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.539573  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1732  transcriptional regulator, LacI family  31.53 
 
 		 340 aa  113  5e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0521835  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0524  alanine racemase  32.58 
 
 		 339 aa  113  5e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.287125 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4116  alanine racemase  31.84 
 
 		 334 aa  113  5e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2799  transcriptional regulator, LacI family  35.47 
 
 		 340 aa  113  6e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2199  LacI family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 339 aa  113  6e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.585531 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3394  transcriptional regulator  32.29 
 
 		 361 aa  113  6e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.330741 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.09 
 
 		 335 aa  113  6e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>