62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0072 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_0072  transport protein, putative  100 
 
 
379 aa  762  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.177811 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4280  transport protein, putative  91.82 
 
 
379 aa  691  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0070  transport protein, putative  99.21 
 
 
379 aa  755  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.277541 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0055  transport protein, putative  92.35 
 
 
379 aa  690  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0074  transport protein, putative  91.82 
 
 
379 aa  690  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0069  transport protein, putative  92.35 
 
 
379 aa  693  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0071  transport protein, putative  92.35 
 
 
379 aa  694  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0074  transport protein, putative  99.74 
 
 
379 aa  759  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  3.31098e-05 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0069  transport protein, putative  97.89 
 
 
379 aa  730  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3979  ABC-2 type transporter  78.36 
 
 
377 aa  578  1e-164  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.508382  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4866  ABC-2 type transporter  73.83 
 
 
387 aa  572  1e-162  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0066  transport protein, putative  76.72 
 
 
378 aa  573  1e-162  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4462  ABC-2 type transporter  74.28 
 
 
382 aa  573  1e-162  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.510043 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3782  ABC-2 type transporter  71.5 
 
 
378 aa  567  1e-160  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4192  ABC-2 type transporter  71.24 
 
 
381 aa  560  1e-158  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.148286  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3577  transport protein, putative  71.5 
 
 
378 aa  525  1e-148  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0724  protein NatB  33.59 
 
 
396 aa  219  7e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3872  ABC transporter sodium permease  30.18 
 
 
394 aa  160  3e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02800  ABC transporter sodium permease  28.61 
 
 
397 aa  132  1e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1500  ABC transporter sodium permease  30.81 
 
 
394 aa  130  3e-29  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.809114  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1445  ABC transporter sodium permease  30.54 
 
 
394 aa  127  3e-28  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.757965  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0341  ABC-2 type transporter  27.08 
 
 
394 aa  106  8e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3799  Na+ ABC transporter permease protein  26.89 
 
 
397 aa  106  8e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.578241  normal  0.0174839 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0364  ABC-2 type transporter  26.82 
 
 
394 aa  103  5e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0112  ABC-type Na+ efflux pump permease component-like protein  26.42 
 
 
403 aa  93.2  7e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2943  ABC-2 type transporter  24.32 
 
 
405 aa  92.4  1e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2950  ABC-type Na+ efflux pump, permease component  25.42 
 
 
397 aa  78.2  3e-13  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.404593  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1790  putative sodium ABC transporter permease protein  25.37 
 
 
395 aa  77.4  4e-13  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1529  ABC-type Na+ efflux pump, permease component  26 
 
 
409 aa  75.1  2e-12  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.508402  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1676  ABC-2 type transporter  22.13 
 
 
413 aa  75.1  2e-12  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.333655 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1957  ABC-2 type transporter  25.38 
 
 
388 aa  73.6  6e-12  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0574803  normal  0.493307 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0115  ABC-2 type transporter  26.64 
 
 
405 aa  68.9  1e-10  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03077  putative ABC-type Na+ efflux pump, permease component  23.56 
 
 
398 aa  65.1  2e-09  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0976  ABC-2 type transporter  23.13 
 
 
377 aa  59.3  1e-07  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3273  ABC-2 type transporter  23.22 
 
 
377 aa  58.5  2e-07  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0769  Abortive infection protein  32.88 
 
 
775 aa  57  5e-07  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3308  ABC-2 type transporter  26.1 
 
 
380 aa  55.5  2e-06  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3114  ABC transporter, inner membrane subunit  27 
 
 
380 aa  55.1  2e-06  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1063  ABC-2 type transporter  25.42 
 
 
381 aa  54.3  3e-06  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3223  ABC-2 type transporter  26.1 
 
 
380 aa  54.7  3e-06  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0649112  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3144  Abortive infection protein  24.14 
 
 
830 aa  54.3  4e-06  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.569126  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1131  ABC-2 type transporter  26.15 
 
 
390 aa  53.9  5e-06  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.315475  hitchhiker  0.00237195 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1419  hypothetical protein  22.59 
 
 
369 aa  52.4  1e-05  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.779934  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3735  heavy metal efflux pump CzcA  24.81 
 
 
392 aa  52  2e-05  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2906  ABC-2 type transporter  22.26 
 
 
378 aa  51.6  2e-05  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19720  hypothetical protein  25.85 
 
 
157 aa  50.1  6e-05  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0992  ABC-2 type transporter  25 
 
 
391 aa  48.5  0.0002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2449  ABC-type multidrug transport system permease component  23.48 
 
 
369 aa  48.5  0.0002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1150  ABC-2 type transporter  24.14 
 
 
377 aa  48.9  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.950793  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2479  ABC-2 type transporter  24.39 
 
 
376 aa  47.8  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.664004  normal  0.270232 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0113  ABC-2 type transporter  21.8 
 
 
376 aa  47.4  0.0004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.816984  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0349  putative ABC transporter, permease protein  23.22 
 
 
364 aa  47.4  0.0005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1766  ABC-2 type transporter  23.96 
 
 
370 aa  46.2  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.174884  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3196  ABC-type Na+ efflux pump, permease component  28.62 
 
 
408 aa  45.8  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.109527 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1781  ABC-2 type transporter  23.56 
 
 
381 aa  46.2  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.290069  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1379  ABC-2 type transporter  23.24 
 
 
370 aa  44.7  0.002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.463817  hitchhiker  7.27606e-07 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3067  membrane spanning protein  29.91 
 
 
250 aa  44.3  0.003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.688803  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0698  putative transmembrane protein  21.56 
 
 
376 aa  43.9  0.004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0919  ABC-2 type transporter  24.05 
 
 
405 aa  43.9  0.004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.81116 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0683  ABC transporter, permease protein, putative  32.97 
 
 
248 aa  44.3  0.004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.65169  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1512  ABC-2 type transporter  21.27 
 
 
369 aa  43.1  0.008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.179387  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1136  hypothetical protein  23.4 
 
 
381 aa  42.7  0.009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>