More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3087 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_4001  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  79.84 
 
 		 617 aa  969    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.530118 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3665  ABC transporter, ATP-binding/permease protein, putative  75.38 
 
 		 595 aa  877    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3335  lipid A ABC exporter family, fused ATPase and inner membrane subunits  75.82 
 
 		 634 aa  898    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.509209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1057  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  75.66 
 
 		 644 aa  894    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.681718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3698  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  81.26 
 
 		 637 aa  993    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2936  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  73.65 
 
 		 593 aa  844    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1024  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  75.33 
 
 		 634 aa  895    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3434  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  62.97 
 
 		 582 aa  717    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0969  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  73.39 
 
 		 613 aa  891    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0882  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  72.74 
 
 		 613 aa  877    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.274835  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3140  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  74.34 
 
 		 613 aa  873    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.15358  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3098  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  75.38 
 
 		 606 aa  874    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3232  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  73.78 
 
 		 618 aa  879    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.012084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3087  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  100 
 
 		 620 aa  1235    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2908  ABC transporter, ATP-binding/permease protein, putative  65.4 
 
 		 593 aa  757    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.703712 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3324  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  72.35 
 
 		 680 aa  978    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.51627  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0955  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  76.08 
 
 		 644 aa  896    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01701  ABC transporter, ATP-binding/permease protein, putative  53.33 
 
 		 625 aa  620  1e-176  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0285  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  50.69 
 
 		 601 aa  575  1.0000000000000001e-163  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.451102  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1830  ABC transporter, transmembrane region:ABC transporter  52.42 
 
 		 589 aa  560  1e-158  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3884  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  52.58 
 
 		 597 aa  555  1e-157  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.171171 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2021  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  51.12 
 
 		 589 aa  548  1e-155  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.47227  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06023  ABC efflux transporter permease/ATP-binding protein  48.49 
 
 		 586 aa  547  1e-154  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2950  ABC efflux pump, fused ATPase and inner membrane subunits  48.91 
 
 		 589 aa  547  1e-154  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.183404  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2119  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  51.27 
 
 		 587 aa  543  1e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.075672 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1461  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  49.83 
 
 		 605 aa  545  1e-153  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3622  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  51.09 
 
 		 587 aa  544  1e-153  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.368262 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000242  ABC-type multidrug transport system ATPase and permease component  47.82 
 
 		 586 aa  540  9.999999999999999e-153  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1636  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  52.34 
 
 		 568 aa  535  1e-151  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.663719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49970  putative ATP-binding/permease fusion ABC transporter  52.51 
 
 		 588 aa  538  1e-151  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0923957 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1362  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  50.95 
 
 		 580 aa  537  1e-151  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2096  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  49.27 
 
 		 616 aa  533  1e-150  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.163444  hitchhiker  0.0014118 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1659  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  51.17 
 
 		 600 aa  530  1e-149  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.184934 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0008  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  49.57 
 
 		 590 aa  526  1e-148  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2515  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  50.09 
 
 		 587 aa  523  1e-147  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.296095 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2069  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  47.15 
 
 		 597 aa  525  1e-147  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1370  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  47.48 
 
 		 598 aa  506  9.999999999999999e-143  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.15083  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4256  putative ABC transporter ATP-binding protein/permease  52.86 
 
 		 588 aa  500  1e-140  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.643967  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2746  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  45.56 
 
 		 627 aa  493  9.999999999999999e-139  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0546982 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4490  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  45.83 
 
 		 641 aa  490  1e-137  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4342  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  46.03 
 
 		 639 aa  490  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.180584  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1828  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  47.47 
 
 		 600 aa  490  1e-137  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.924491 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4203  lipid A ABC exporter family, fused ATPase and inner membrane subunits  45.62 
 
 		 650 aa  492  1e-137  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.089699 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6942  ABC transporter ATP-binding protein  45.64 
 
 		 619 aa  490  1e-137  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.676963 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0797  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  45.72 
 
 		 632 aa  483  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.732522 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3238  ABC transporter related  45.85 
 
 		 594 aa  473  1e-132  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00207534  normal  0.825064 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3544  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  45.94 
 
 		 629 aa  473  1e-132  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1510  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  45.07 
 
 		 628 aa  474  1e-132  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.639878 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0989  lipid A ABC exporter family, fused ATPase and inner membrane subunits  46.25 
 
 		 634 aa  474  1e-132  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2242  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  47.07 
 
 		 595 aa  473  1e-132  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.35119  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0332  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  45.19 
 
 		 586 aa  472  1.0000000000000001e-131  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1442  ABC transporter related  45.97 
 
 		 606 aa  471  1.0000000000000001e-131  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3546  lipid A ABC exporter family, fused ATPase and inner membrane subunits  45.41 
 
 		 600 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1607  lipid A ABC exporter family, fused ATPase and inner membrane subunits  44.98 
 
 		 590 aa  466  9.999999999999999e-131  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.343192 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3151  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  46.88 
 
 		 619 aa  468  9.999999999999999e-131  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3183  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  44.6 
 
 		 603 aa  467  9.999999999999999e-131  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2914  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  45.66 
 
 		 608 aa  466  9.999999999999999e-131  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.502763  normal  0.227266 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1262  ABC transporter-related protein  45.59 
 
 		 601 aa  464  1e-129  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000140001 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2254  ABC efflux transporter, fused ATPase and inner membrane subunits  48.36 
 
 		 578 aa  456  1e-127  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01193  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  43.87 
 
 		 589 aa  458  1e-127  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.169603  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3249  lipid A ABC exporter family, fused ATPase and inner membrane subunits  44 
 
 		 600 aa  457  1e-127  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.305361 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3493  ABC transporter related  45.1 
 
 		 594 aa  453  1.0000000000000001e-126  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.68417  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0928  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  47.57 
 
 		 595 aa  455  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.141758 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0918  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  43.13 
 
 		 616 aa  450  1e-125  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.624051  normal  0.180079 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1202  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  43.87 
 
 		 608 aa  449  1e-125  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.238414  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0844  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  44.72 
 
 		 605 aa  451  1e-125  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1512  ABC transporter related  44.28 
 
 		 611 aa  449  1e-125  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00861332  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2002  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  47.76 
 
 		 597 aa  451  1e-125  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1715  ABC transporter, ATP binding/permease protein  43.58 
 
 		 599 aa  447  1.0000000000000001e-124  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.6745  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2067  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  40.3 
 
 		 586 aa  446  1.0000000000000001e-124  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3667  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  44.43 
 
 		 608 aa  446  1.0000000000000001e-124  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2049  ABC transporter, transmembrane region  44.9 
 
 		 616 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0852  lipid A ABC exporter family  48.49 
 
 		 602 aa  446  1.0000000000000001e-124  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00564413  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1001  ABC transporter related protein  42.4 
 
 		 598 aa  447  1.0000000000000001e-124  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.710389  normal  0.620497 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2153  ABC transporter ATP-binding protein  40.13 
 
 		 586 aa  443  1e-123  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3189  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  43.69 
 
 		 601 aa  442  1e-123  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1657  ABC transporter, ATP binding/permease protein  43.4 
 
 		 681 aa  444  1e-123  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2662  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  44.8 
 
 		 597 aa  439  9.999999999999999e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0078  ABC transporter related  44.21 
 
 		 643 aa  442  9.999999999999999e-123  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.503479  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2313  lipid A ABC exporter family, fused ATPase and inner membrane subunits  44.52 
 
 		 622 aa  430  1e-119  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0680321 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3237  lipid A ABC exporter family, fused ATPase and inner membrane subunits  43.71 
 
 		 631 aa  431  1e-119  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0279116 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0186  ABC transporter related protein  42.88 
 
 		 623 aa  431  1e-119  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.437337  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0646  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  43.48 
 
 		 592 aa  432  1e-119  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.35294  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5367  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  44.25 
 
 		 614 aa  426  1e-118  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.765695  decreased coverage  0.00185624 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3326  lipid A ABC exporter family, fused ATPase and inner membrane subunits  45.61 
 
 		 600 aa  427  1e-118  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2635  lipid A ABC exporter family, fused ATPase and inner membrane subunits  44.82 
 
 		 618 aa  424  1e-117  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.239281 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2356  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  44.65 
 
 		 618 aa  422  1e-116  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.249841 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1985  ABC transporter related  43.05 
 
 		 597 aa  413  1e-114  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.384542  normal  0.0512994 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0160  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  38.68 
 
 		 606 aa  414  1e-114  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4330  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  44.82 
 
 		 605 aa  410  1e-113  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.630595 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1279  ABC transporter-related protein  45.32 
 
 		 612 aa  410  1e-113  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.173874  normal  0.343316 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0973  ABC transporter related  43.65 
 
 		 600 aa  404  1e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0888  ABC transporter related  43.49 
 
 		 600 aa  403  1e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2086  ABC transporter related  38.67 
 
 		 597 aa  403  1e-111  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1385  ABC transporter related  39.93 
 
 		 600 aa  399  9.999999999999999e-111  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0831464  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5540  ABC transporter related protein  37.31 
 
 		 601 aa  392  1e-107  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.27279 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1080  ABC transporter related  40.85 
 
 		 601 aa  387  1e-106  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00169898 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0684  ABC transporter related  36.08 
 
 		 598 aa  384  1e-105  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000210902  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4431  ABC transporter related  41.08 
 
 		 581 aa  380  1e-104  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4067  ABC transporter related  36.83 
 
 		 596 aa  375  1e-103  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00142757  normal  0.169154 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>