More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2032 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010468  EcolC_1913  threonyl-tRNA synthetase  76.17 
 
 
642 aa  1061  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.121147  normal  0.299034 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1800  threonyl-tRNA synthetase  76.17 
 
 
642 aa  1061  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.1107e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02079  threonyl-tRNA synthetase  77.1 
 
 
642 aa  1073  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1415  threonyl-tRNA synthetase  56.76 
 
 
660 aa  785  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  9.39714e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1638  threonyl-tRNA synthetase  52.09 
 
 
660 aa  680  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.360122  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2668  threonyl-tRNA synthetase  47.38 
 
 
652 aa  652  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.107403  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1712  threonyl-tRNA synthetase  76.64 
 
 
642 aa  1061  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  7.03633e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2154  threonyl-tRNA synthetase  47.66 
 
 
661 aa  642  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2222  threonyl-tRNA synthetase  89.25 
 
 
642 aa  1228  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  6.82535e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2504  threonyl-tRNA synthetase  63.15 
 
 
640 aa  875  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2597  threonyl-tRNA synthetase  64.15 
 
 
645 aa  897  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  1.86587e-06  hitchhiker  0.000386738 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1054  threonyl-tRNA synthetase  49.11 
 
 
660 aa  644  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.290687  normal  0.56724 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1937  threonyl-tRNA synthetase  76.17 
 
 
642 aa  1061  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  2.27542e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2120  threonyl-tRNA synthetase  89.25 
 
 
642 aa  1227  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  5.84166e-05  normal  0.0496634 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2144  threonyl-tRNA synthetase  76.32 
 
 
642 aa  1049  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000681025  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1820  threonyl-tRNA synthetase  76.64 
 
 
642 aa  1061  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000360561  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3481  threonyl-tRNA synthetase  64.25 
 
 
640 aa  890  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.800828  normal  0.0249513 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2321  threonyl-tRNA synthetase  49.61 
 
 
675 aa  659  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.313721 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2625  threonyl-tRNA synthetase  76.64 
 
 
642 aa  1061  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  8.21618e-10  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1478  threonyl-tRNA synthetase  56.76 
 
 
660 aa  787  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  1.48351e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1779  threonyl-tRNA synthetase  58.78 
 
 
635 aa  790  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.420901  normal  0.799245 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4616  threonyl-tRNA synthetase  55.23 
 
 
643 aa  751  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00213357 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2330  threonyl-tRNA synthetase  89.1 
 
 
642 aa  1226  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0271546  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10531  threonyl-tRNA synthetase  60.94 
 
 
638 aa  867  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.487806  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0777  threonyl-tRNA synthetase  51.87 
 
 
654 aa  659  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.795013  normal  0.073481 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2263  threonyl-tRNA synthetase  91.12 
 
 
642 aa  1240  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  1.63048e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2136  threonyl-tRNA synthetase  60.35 
 
 
644 aa  837  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  2.63348e-08  hitchhiker  0.00165189 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3225  threonyl-tRNA synthetase  63.94 
 
 
640 aa  886  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.529889 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1035  threonyl-tRNA synthetase  47.98 
 
 
693 aa  643  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.233676  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2148  threonyl-tRNA synthetase  89.25 
 
 
642 aa  1228  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00500642  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2039  threonyl-tRNA synthetase  50.39 
 
 
646 aa  656  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1228  threonyl-tRNA synthetase  47.94 
 
 
635 aa  643  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000338672  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0202  threonyl-tRNA synthetase  59.49 
 
 
635 aa  792  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00540019  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1888  Ser-tRNA(Thr) hydrolase / threonyl-tRNA synthetase  56.08 
 
 
635 aa  751  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0150098 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18621  threonyl-tRNA synthetase  60.94 
 
 
640 aa  856  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.450861 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06531  threonyl-tRNA synthetase  59.56 
 
 
640 aa  849  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06621  threonyl-tRNA synthetase  56.8 
 
 
638 aa  797  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.296705  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06531  threonyl-tRNA synthetase  57.91 
 
 
638 aa  805  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.218915  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0427  threonyl-tRNA synthetase  56.56 
 
 
640 aa  790  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0436469  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3089  threonyl-tRNA synthetase  54.47 
 
 
639 aa  722  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.345995  normal  0.0971389 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1712  threonyl-tRNA synthetase  59.49 
 
 
635 aa  792  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.713127  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1735  threonyl-tRNA synthetase  59.49 
 
 
635 aa  792  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.261137  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0963  threonyl-tRNA synthetase  59.49 
 
 
635 aa  792  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0747512  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5204  threonyl-tRNA synthetase  50.23 
 
 
688 aa  666  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.144339 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2196  threonyl-tRNA synthetase  47.8 
 
 
640 aa  645  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.163846  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2628  threonyl-tRNA synthetase  48.41 
 
 
645 aa  650  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  2.55721e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0942  threonyl-tRNA synthetase  76.95 
 
 
642 aa  1064  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  4.84442e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1976  threonyl-tRNA synthetase  63.65 
 
 
640 aa  887  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.30647  normal  0.0664699 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2018  threonyl-tRNA synthetase  88.94 
 
 
642 aa  1229  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000164437  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1724  threonyl-tRNA synthetase  76.29 
 
 
642 aa  1056  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0116827  normal  0.392039 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0851  threonyl-tRNA synthetase  51.22 
 
 
646 aa  656  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0829  threonyl-tRNA synthetase  58.93 
 
 
640 aa  796  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.127421  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2032  threonyl-tRNA synthetase  100 
 
 
642 aa  1342  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0621532  hitchhiker  4.04638e-05 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06231  threonyl-tRNA synthetase  57.91 
 
 
638 aa  805  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1539  threonyl-tRNA synthetase  59.49 
 
 
635 aa  792  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0912  threonyl-tRNA synthetase  53.38 
 
 
638 aa  708  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1450  threonyl-tRNA synthetase  52.48 
 
 
643 aa  666  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7169  threonyl-tRNA synthetase  49.69 
 
 
670 aa  637  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.308323  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0185  threonyl-tRNA synthetase  48.66 
 
 
639 aa  648  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  1.79764e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2614  threonyl-tRNA synthetase  50.54 
 
 
644 aa  657  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2598  threonyl-tRNA synthetase  49.3 
 
 
675 aa  655  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.311261 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3538  threonyl-tRNA synthetase  48.88 
 
 
648 aa  653  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.211804 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2184  threonyl-tRNA synthetase  89.25 
 
 
642 aa  1228  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00110297  normal  0.0619303 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3025  threonyl-tRNA synthetase  58.18 
 
 
638 aa  775  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1845  threonyl-tRNA synthetase  48.9 
 
 
668 aa  649  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.215697  normal  0.072473 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2149  threonyl-tRNA synthetase  52.67 
 
 
641 aa  679  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.320592  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2437  threonyl-tRNA synthetase  76.32 
 
 
642 aa  1063  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00126815  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2211  threonyl-tRNA synthetase  48.53 
 
 
666 aa  649  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.920891  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1448  threonyl-tRNA synthetase  54.89 
 
 
639 aa  745  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20420  threonyl-tRNA synthetase  62.4 
 
 
640 aa  858  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003716  threonyl-tRNA synthetase  77.88 
 
 
642 aa  1078  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  2.63633e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1320  threonyl-tRNA synthetase  56.2 
 
 
637 aa  744  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.865645  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2180  threonyl-tRNA synthetase  75.82 
 
 
642 aa  1054  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0516058  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2401  threonyl-tRNA synthetase  48.26 
 
 
634 aa  641  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.162517  normal  0.284009 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2230  threonyl-tRNA synthetase  47.78 
 
 
636 aa  637  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00712554 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1888  threonyl-tRNA synthetase  76.48 
 
 
642 aa  1065  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1951  threonyl-tRNA synthetase  77.1 
 
 
642 aa  1068  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.250897  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01677  hypothetical protein  76.48 
 
 
642 aa  1064  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0538316  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2053  threonyl-tRNA synthetase  77.41 
 
 
642 aa  1070  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.22159  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1647  threonyl-tRNA synthetase  56.13 
 
 
635 aa  753  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0710025 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1870  threonyl-tRNA synthetase  55.29 
 
 
635 aa  767  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.47552  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1760  threonyl-tRNA synthetase  76.79 
 
 
642 aa  1076  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000746645  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2243  threonyl-tRNA synthetase  50.54 
 
 
644 aa  657  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.00594301  hitchhiker  0.00373508 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2012  threonyl-tRNA synthetase  75.86 
 
 
642 aa  1051  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.759384  normal  0.921502 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2368  threonyl-tRNA synthetase  50.8 
 
 
644 aa  669  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.642893  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2020  threonyl-tRNA synthetase  58.88 
 
 
635 aa  791  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1399  threonyl-tRNA synthetase  58.78 
 
 
635 aa  788  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00532167  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1010  threonyl-tRNA synthetase  58.14 
 
 
640 aa  776  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1745  threonyl-tRNA synthetase  55.1 
 
 
637 aa  729  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239329 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2099  threonyl-tRNA synthetase  58.88 
 
 
635 aa  791  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6323  threonyl-tRNA synthetase  49.76 
 
 
670 aa  651  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0103626 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1452  threonyl-tRNA synthetase  57.99 
 
 
635 aa  783  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0192845  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2491  threonyl-tRNA synthetase  90.81 
 
 
642 aa  1240  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00112061  hitchhiker  0.000543841 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1924  threonyl-tRNA synthetase  49.52 
 
 
675 aa  649  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0331233 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1967  threonyl-tRNA synthetase  62.99 
 
 
640 aa  877  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0134711  normal  0.0132251 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1558  threonyl-tRNA synthetase  58.23 
 
 
635 aa  790  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1961  threonyl-tRNA synthetase  76.32 
 
 
642 aa  1062  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000224309  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2756  threonyl-tRNA synthetase  58.7 
 
 
635 aa  790  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.323332  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1840  threonyl-tRNA synthetase  75.86 
 
 
642 aa  1053  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  3.02796e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1990  threonyl-tRNA synthetase  48.1 
 
 
636 aa  641  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0457996  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>