202 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_4011 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008554  Sfum_4011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  100 
 
 
121 aa  240  6e-63  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.644029 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0757  hydrogenase expression/synthesis HypA  44.44 
 
 
117 aa  102  1e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.497459  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0449  hydrogenase expression/synthesis HypA  41.88 
 
 
117 aa  94.4  5e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0930  hydrogenase expression/synthesis, HypA  47.86 
 
 
139 aa  92.8  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.359542 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3366  hypothetical protein  44.14 
 
 
113 aa  93.2  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.8287  normal  0.256486 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0963  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40.54 
 
 
120 aa  91.7  3e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.225811 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1168  hydrogenase expression/synthesis, HypA  38.74 
 
 
113 aa  90.1  1e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.317473  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1535  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.74 
 
 
113 aa  87.4  5e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000589093  normal  0.0234043 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2192  hydrogenase nickel insertion protein HypA  42.34 
 
 
139 aa  87.8  5e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.20666 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2133  hydrogenase nickel insertion protein HypA  42.34 
 
 
139 aa  87.8  5e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00697456 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2146  hydrogenase nickel insertion protein HypA  42.34 
 
 
109 aa  87  7e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3287  hydrogenase nickel insertion protein HypA  39.82 
 
 
113 aa  87  8e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2885  hydrogenase nickel insertion protein HypA  39.82 
 
 
113 aa  87  8e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.305535  normal  0.799191 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4095  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.4 
 
 
113 aa  85.9  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3188  hydrogenase nickel insertion protein HypA  39.64 
 
 
128 aa  84.7  4e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.584695 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1517  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40.71 
 
 
115 aa  84.3  5e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0160728  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3156  hydrogenase expression/synthesis, HypA  41.44 
 
 
110 aa  84  6e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0505  hydrogenase expression/synthesis, HypA family  39.64 
 
 
113 aa  83.6  8e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50490  hydrogenase nickel incorporation protein HypA  40 
 
 
110 aa  82.8  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00363931  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2156  hydrogenase nickel insertion protein HypA  39.64 
 
 
113 aa  83.2  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.462739  normal  0.111432 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2019  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.74 
 
 
113 aa  82.4  0.000000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1498  hydrogenase expression/synthesis HypA  39.13 
 
 
117 aa  82  0.000000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.130745  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3810  hydrogenase nickel insertion protein HypA  42.11 
 
 
138 aa  82.8  0.000000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2053  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.66 
 
 
117 aa  80.9  0.000000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.289479  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1308  hydrogenase nickel insertion protein HypA, putative  40.17 
 
 
138 aa  80.9  0.000000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000254152  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0070  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.04 
 
 
124 aa  80.1  0.000000000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4607  hydrogenase expression/synthesis, HypA  39.82 
 
 
113 aa  79.7  0.00000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2418  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.94 
 
 
136 aa  79  0.00000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.103783  normal  0.115418 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1165  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.14 
 
 
113 aa  78.2  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.161018  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1787  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.07 
 
 
116 aa  78.6  0.00000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000697266  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2830  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.59 
 
 
123 aa  77.8  0.00000000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3166  hydrogenase expression/synthesis HypA  38.6 
 
 
114 aa  78.2  0.00000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0373089 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3880  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.05 
 
 
113 aa  77.8  0.00000000000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.451178  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3921  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.94 
 
 
113 aa  77.4  0.00000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.213712  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.72 
 
 
135 aa  77.4  0.00000000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0536  hydrogenase expression/synthesis, HypA  38.74 
 
 
138 aa  77  0.00000000000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1942  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.05 
 
 
110 aa  77  0.00000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00384246  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1850  hydrogenase nickel incorporation protein  35.56 
 
 
133 aa  77  0.00000000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0816478  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1937  hydrogenase expression/synthesis, HypA  38.21 
 
 
136 aa  77  0.00000000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0949511  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0928  hydrogenase expression/synthesis, HypA  31.09 
 
 
128 aa  76.3  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3762  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.33 
 
 
113 aa  76.6  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1238  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.14 
 
 
119 aa  76.6  0.0000000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1416  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.87 
 
 
114 aa  76.3  0.0000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3979  hydrogenase expression/synthesis, HypA  32.43 
 
 
113 aa  75.5  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0374  hydrogenase expression/formation protein hupa  37.17 
 
 
110 aa  75.1  0.0000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0925  hydrogenase expression/synthesis, HypA  36.61 
 
 
114 aa  75.5  0.0000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000996946 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1766  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.27 
 
 
113 aa  75.1  0.0000000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.506604  normal  0.950771 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2745  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.4 
 
 
113 aa  75.1  0.0000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3107  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.04 
 
 
113 aa  75.1  0.0000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.636133  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1811  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.51 
 
 
114 aa  75.1  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1459  hydrogenase expression/synthesis, HypA  38.18 
 
 
117 aa  74.7  0.0000000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0798  hydrogenase expression/synthesis, HypA  34.48 
 
 
114 aa  74.3  0.0000000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.941377  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0468  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.82 
 
 
114 aa  74.3  0.0000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.984402  normal  0.0359796 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3220  hydrogenase expression/synthesis HypA  35.14 
 
 
112 aa  73.9  0.0000000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4303  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  35.4 
 
 
113 aa  73.6  0.0000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.236988  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0705  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.51 
 
 
113 aa  73.2  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1665  hydrogenase expression/synthesis, HypA  33.33 
 
 
115 aa  72.8  0.000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.559753  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2528  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.82 
 
 
113 aa  73.6  0.000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3397  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  32.74 
 
 
113 aa  73.2  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3977  hydrogenase expression/synthesis, HypA  34.23 
 
 
109 aa  73.2  0.000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0702  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  34.51 
 
 
113 aa  73.2  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3492  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  32.74 
 
 
113 aa  73.2  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.919493  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3418  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  34.51 
 
 
113 aa  73.2  0.000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3171  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  34.51 
 
 
113 aa  73.2  0.000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02867  HybF  34.51 
 
 
113 aa  72.8  0.000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1213  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.46 
 
 
114 aa  72.4  0.000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0988006 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02816  hypothetical protein  34.51 
 
 
113 aa  72.8  0.000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3277  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  34.51 
 
 
113 aa  72.8  0.000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3460  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  34.51 
 
 
113 aa  72.8  0.000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1430  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.53 
 
 
119 aa  72  0.000000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.799763  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1649  hydrogenase expression/synthesis, HypA  30.51 
 
 
136 aa  71.6  0.000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3391  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  31.86 
 
 
113 aa  71.2  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.440327 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3326  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  31.86 
 
 
113 aa  71.2  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.651376  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1173  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.33 
 
 
113 aa  71.2  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.305446  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3317  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  31.86 
 
 
113 aa  71.2  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000010148  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1212  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.53 
 
 
119 aa  71.6  0.000000000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0774927  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3140  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.04 
 
 
110 aa  70.5  0.000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1159  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.23 
 
 
113 aa  70.5  0.000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.938764  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0929  hydrogenase expression/synthesis, HypA  30.97 
 
 
113 aa  70.5  0.000000000008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.11958  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19820  Zn finger protein HypA/HybF (possibly regulating hydrogenase expression)  34.71 
 
 
125 aa  69.7  0.00000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11730  Zn finger protein HypA/HybF (possibly regulating hydrogenase expression)  33.04 
 
 
121 aa  70.1  0.00000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3978  hydrogenase nickel incorporation protein  31.25 
 
 
120 aa  68.9  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2181  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.86 
 
 
113 aa  69.3  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.352538 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4579  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.73 
 
 
117 aa  68.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3749  hydrogenase expression/synthesis HypA  35.14 
 
 
112 aa  68.9  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2006  hydrogenase expression/formation  30.91 
 
 
110 aa  68.9  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.321644  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02576  HypA  31.25 
 
 
116 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0963  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.25 
 
 
116 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02541  hypothetical protein  31.25 
 
 
116 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2851  hydrogenase nickel incorporation protein  31.25 
 
 
120 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.440089 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0865  hydrogenase expression/synthesis HypA  35.14 
 
 
109 aa  68.2  0.00000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.71265  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0986  hydrogenase nickel incorporation protein  31.25 
 
 
116 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.209126 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0717  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.14 
 
 
109 aa  68.2  0.00000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08020  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.05 
 
 
117 aa  68.2  0.00000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2863  hydrogenase nickel incorporation protein  31.25 
 
 
116 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3014  hydrogenase nickel incorporation protein  31.25 
 
 
116 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0720  hydrogenase expression/synthesis, HypA  37.07 
 
 
125 aa  68.2  0.00000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.973117  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1886  hydrogenase expression/synthesis HypA  30.4 
 
 
127 aa  68.2  0.00000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.552907  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0437  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.53 
 
 
114 aa  67.8  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.525876 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0474  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.51 
 
 
115 aa  67.8  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.635429  normal  0.537416 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>