More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3200 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_3200  dystroglycan-type cadherin-like  100 
 
 
516 aa  1044    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3108  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  70.47 
 
 
550 aa  608  1e-173  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0905  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  61.71 
 
 
525 aa  604  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3466  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  61.95 
 
 
526 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3783  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  62.73 
 
 
535 aa  599  1e-170  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0896  DEAD/DEAH box helicase domain protein  61.69 
 
 
515 aa  600  1e-170  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3497  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  62.11 
 
 
511 aa  600  1e-170  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0870  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  60.91 
 
 
525 aa  598  1e-169  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0985  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  66.52 
 
 
463 aa  597  1e-169  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0779  DEAD/DEAH box helicase-like  74.49 
 
 
445 aa  593  1e-168  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2135  DEAD/DEAH box helicase-like  68.28 
 
 
435 aa  591  1e-167  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0810  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  68.63 
 
 
578 aa  584  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3129  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  61.21 
 
 
549 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0838  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  60.31 
 
 
549 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06483  hypothetical protein  59.42 
 
 
527 aa  568  1e-161  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0604  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  63.3 
 
 
491 aa  568  1e-161  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.631555 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0817  DEAD/DEAH box helicase-like protein  66.59 
 
 
452 aa  565  1e-160  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.187281  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000619  ATP-dependent RNA helicase RhlE  58.49 
 
 
522 aa  565  1.0000000000000001e-159  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3851  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  62.31 
 
 
513 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282331 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1125  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  67.07 
 
 
466 aa  560  1e-158  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1024  ATP-dependent RNA helicase RhlE  65.85 
 
 
451 aa  560  1e-158  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0703  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  69.9 
 
 
494 aa  559  1e-158  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0142  putative ATP-dependent RNA helicase (DEAD/DEAH box helicase)  60 
 
 
495 aa  559  1e-158  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3259  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  69.39 
 
 
429 aa  550  1e-155  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.00000130647  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3026  DEAD/DEAH box helicase-like protein  64.19 
 
 
496 aa  548  1e-154  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3215  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  60.93 
 
 
477 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3825  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  64.15 
 
 
443 aa  531  1e-149  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2687  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  58.76 
 
 
533 aa  529  1e-149  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.915441  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01497  ATP-dependent RNA helicase RhlE  54.75 
 
 
480 aa  512  1e-144  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00764  RNA helicase  65.35 
 
 
454 aa  511  1e-143  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.697529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2845  DEAD/DEAH box helicase domain protein  65.35 
 
 
454 aa  511  1e-143  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2846  ATP-dependent RNA helicase RhlE  65.35 
 
 
454 aa  511  1e-143  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0376153 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0851  ATP-dependent RNA helicase RhlE  65.35 
 
 
454 aa  511  1e-143  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0945  ATP-dependent RNA helicase RhlE  65.35 
 
 
455 aa  511  1e-143  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0862  ATP-dependent RNA helicase RhlE  65.35 
 
 
454 aa  511  1e-143  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2555  ATP-dependent RNA helicase RhlE  65.09 
 
 
454 aa  509  1e-143  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0820  ATP-dependent RNA helicase RhlE  65.35 
 
 
454 aa  511  1e-143  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00781  hypothetical protein  65.35 
 
 
454 aa  511  1e-143  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.74748  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0968  ATP-dependent RNA helicase RhlE  58.64 
 
 
453 aa  508  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1288  ATP-dependent RNA helicase RhlE  56.55 
 
 
462 aa  508  1e-143  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0915  ATP-dependent RNA helicase RhlE  64.83 
 
 
453 aa  505  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2510  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55.06 
 
 
455 aa  505  9.999999999999999e-143  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0947  ATP-dependent RNA helicase RhlE  64.83 
 
 
453 aa  505  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.283527  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0883  ATP-dependent RNA helicase RhlE  64.83 
 
 
453 aa  506  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.809863  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0855  ATP-dependent RNA helicase RhlE  64.83 
 
 
453 aa  505  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  52.46 
 
 
506 aa  502  1e-141  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2935  ATP-dependent RNA helicase RhlE  56.29 
 
 
476 aa  504  1e-141  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1528  ATP-dependent RNA helicase RhlE  56.02 
 
 
477 aa  499  1e-140  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.515167  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0456  DEAD/DEAH box helicase-like protein  57.29 
 
 
540 aa  501  1e-140  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2419  DEAD/DEAH box helicase domain protein  57.17 
 
 
452 aa  498  1e-139  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.131978  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1331  ATP-dependent RNA helicase RhlE  63.52 
 
 
456 aa  497  1e-139  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1342  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  60.78 
 
 
426 aa  493  9.999999999999999e-139  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3311  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.6 
 
 
515 aa  489  1e-137  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.23551  normal  0.773236 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0434  DEAD/DEAH box helicase domain protein  63.99 
 
 
565 aa  489  1e-137  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.326828  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0648  putative ATP-dependent RNA helicase 1  53.71 
 
 
543 aa  490  1e-137  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.498001 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  59.04 
 
 
540 aa  487  1e-136  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0420  DEAD/DEAH box helicase domain protein  63.73 
 
 
560 aa  486  1e-136  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.437867  hitchhiker  0.000179935 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5998  DEAD/DEAH box helicase  63.31 
 
 
484 aa  485  1e-136  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0025  DEAD/DEAH box helicase-like  60.37 
 
 
398 aa  488  1e-136  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0426  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  64.16 
 
 
522 aa  485  1e-136  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.234124  normal  0.583297 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2898  ATP-dependent RNA helicase RhlE  58.85 
 
 
451 aa  481  1e-135  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2810  ATP-dependent RNA helicase RhlE  58.85 
 
 
451 aa  481  1e-135  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0878  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  59.39 
 
 
425 aa  482  1e-135  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.121425 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2699  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  63.45 
 
 
486 aa  484  1e-135  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.411563  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0627  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  63.71 
 
 
480 aa  485  1e-135  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2059  DEAD/DEAH box helicase-like  63.45 
 
 
486 aa  483  1e-135  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311638  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2670  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  63.45 
 
 
486 aa  483  1e-135  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0248  ATP-dependent RNA helicase RhlE  62.4 
 
 
485 aa  480  1e-134  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0914  ATP-dependent RNA helicase  62.4 
 
 
485 aa  480  1e-134  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.348859  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0748  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  62.4 
 
 
485 aa  480  1e-134  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.162375  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0735  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  62.4 
 
 
485 aa  481  1e-134  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2460  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  62.4 
 
 
485 aa  480  1e-134  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115512  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2723  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  62.99 
 
 
480 aa  480  1e-134  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0181544  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  62.99 
 
 
479 aa  479  1e-134  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.381467  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1452  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.94 
 
 
471 aa  477  1e-133  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000222801  unclonable  0.00000844821 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3682  DEAD/DEAH box helicase domain protein  60.63 
 
 
601 aa  477  1e-133  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4920  DEAD/DEAH box helicase-like  60.21 
 
 
446 aa  474  1e-132  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00126468  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0420  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.41 
 
 
628 aa  473  1e-132  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2169  DEAD/DEAH box helicase-like  59.58 
 
 
574 aa  474  1e-132  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2379  ATP-dependent RNA helicase RhlE  61.92 
 
 
488 aa  475  1e-132  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1565  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.6 
 
 
492 aa  471  1.0000000000000001e-131  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4664  ATP-dependent RNA helicase rhlE, putative  59.43 
 
 
442 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4297  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  59.43 
 
 
442 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.577839 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1150  DEAD/DEAH box helicase domain protein  59.95 
 
 
418 aa  471  1.0000000000000001e-131  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0607  ATP-dependent RNA helicase RhlE  54.34 
 
 
482 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1433  ATP-dependent RNA helicase RhlE  59.95 
 
 
418 aa  471  1.0000000000000001e-131  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.858886  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2698  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  62.97 
 
 
473 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1851  DEAD/DEAH box helicase domain protein  61.94 
 
 
417 aa  468  1.0000000000000001e-131  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2648  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.51 
 
 
479 aa  468  9.999999999999999e-131  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5029  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.23 
 
 
626 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0528  putative ATP-dependent RNA helicase  52.65 
 
 
635 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.358611  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2609  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  60.37 
 
 
577 aa  466  9.999999999999999e-131  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.209081 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1028  DEAD/DEAH box helicase domain protein  56.81 
 
 
441 aa  465  9.999999999999999e-131  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0361604  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1199  DEAD/DEAH box helicase domain protein  60.37 
 
 
578 aa  466  9.999999999999999e-131  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05560  ATP-dependent RNA helicase  52.35 
 
 
639 aa  467  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.978664  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0304  hypothetical protein  56.28 
 
 
414 aa  464  1e-129  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1820  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  60 
 
 
447 aa  463  1e-129  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.219559 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0448  DEAD/DEAH box helicase-like  53.64 
 
 
458 aa  463  1e-129  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0687758  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0954  DEAD/DEAH box helicase-like protein  53.65 
 
 
515 aa  462  1e-129  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.846245 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1098  DEAD/DEAH box helicase-like protein  53.65 
 
 
515 aa  462  1e-129  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>