66 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_3047 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_3047  carbohydrate-selective porin OprB  100 
 
 		 391 aa  769    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.854363  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2178  carbohydrate-selective porin OprB  42.78 
 
 		 396 aa  275  8e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.278032  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1771  Carbohydrate-selective porin OprB  32.78 
 
 		 395 aa  116  6e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.799068  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0154  Carbohydrate-selective porin OprB  28.46 
 
 		 395 aa  93.6  6e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.858222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2522  carbohydrate-selective porin, OprB family  26.84 
 
 		 418 aa  91.3  2e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0118751  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2150  Carbohydrate-selective porin OprB  26.84 
 
 		 418 aa  91.3  2e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.000000322479  hitchhiker  0.00030161 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2894  Carbohydrate-selective porin OprB  29.68 
 
 		 509 aa  89.7  7e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.292984 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3629  carbohydrate-selective porin OprB  26.63 
 
 		 444 aa  86.3  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.419401  decreased coverage  0.00176786 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1380  Carbohydrate-selective porin OprB  28.2 
 
 		 522 aa  82.4  0.00000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.768391  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2771  carbohydrate-selective porin OprB  28.69 
 
 		 534 aa  82  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.654501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1735  carbohydrate-selective porin OprB  26.6 
 
 		 449 aa  80.9  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0819299 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1384  carbohydrate-selective porin OprB  28.78 
 
 		 490 aa  80.9  0.00000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00262831 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4737  Carbohydrate-selective porin OprB  25.32 
 
 		 502 aa  80.1  0.00000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0100904  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1659  Carbohydrate-selective porin OprB  28.78 
 
 		 490 aa  79.7  0.00000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.952267 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4227  carbohydrate-selective porin OprB  26.09 
 
 		 498 aa  79.3  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796044  normal  0.013612 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2998  Carbohydrate-selective porin OprB  28.42 
 
 		 534 aa  79  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0740005 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0904  Carbohydrate-selective porin OprB  25.37 
 
 		 481 aa  78.2  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0673705 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4004  carbohydrate-selective porin OprB  26.17 
 
 		 483 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.415789  normal  0.208066 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1762  Carbohydrate-selective porin OprB  29.45 
 
 		 446 aa  69.7  0.00000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.259805  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1017  carbohydrate-selective porin OprB  23.95 
 
 		 447 aa  67.4  0.0000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.134295  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0870  carbohydrate-selective porin OprB  26.36 
 
 		 481 aa  67.4  0.0000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.309638  hitchhiker  0.00100235 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1057  carbohydrate-selective porin OprB  23.73 
 
 		 447 aa  67.4  0.0000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177917  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1019  porin B  23.73 
 
 		 447 aa  67  0.0000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4205  carbohydrate-selective porin OprB  23.7 
 
 		 447 aa  67  0.0000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0309  carbohydrate porin  28.03 
 
 		 504 aa  67  0.0000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0489  carbohydrate porin  28.03 
 
 		 504 aa  66.6  0.0000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0296  carbohydrate porin  28.03 
 
 		 504 aa  66.6  0.0000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2652  carbohydrate porin  28.03 
 
 		 504 aa  66.6  0.0000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.486905  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2070  carbohydrate porin  28.03 
 
 		 504 aa  66.6  0.0000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3023  carbohydrate porin  28.03 
 
 		 504 aa  66.6  0.0000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4863  carbohydrate-selective porin OprB  26 
 
 		 514 aa  66.6  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3503  carbohydrate-selective porin OprB  26 
 
 		 514 aa  66.6  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.488626  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3354  carbohydrate porin  28.03 
 
 		 504 aa  66.6  0.0000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0267  carbohydrate porin  28.08 
 
 		 514 aa  66.6  0.0000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5422  carbohydrate-selective porin OprB  26 
 
 		 493 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.585602  normal  0.389505 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2528  Carbohydrate-selective porin OprB  24.58 
 
 		 502 aa  63.5  0.000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.310329 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4236  carbohydrate-selective porin OprB  27.27 
 
 		 492 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.269576 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0852  carbohydrate-selective porin OprB  26.63 
 
 		 495 aa  63.9  0.000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00942997 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4200  Carbohydrate-selective porin OprB  25.73 
 
 		 482 aa  63.2  0.000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4759  carbohydrate-selective porin OprB  27.07 
 
 		 494 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.15964  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2250  carbohydrate-selective porin, OprB family  24.38 
 
 		 373 aa  62  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1898  Carbohydrate-selective porin OprB  24.38 
 
 		 373 aa  62  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.541333 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4576  carbohydrate-selective porin OprB  22.68 
 
 		 453 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3953  carbohydrate-selective porin OprB  25 
 
 		 488 aa  60.5  0.00000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0268403  normal  0.112791 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1296  porin B  24.72 
 
 		 453 aa  60.1  0.00000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.329329  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2969  carbohydrate-selective porin OprB  23.32 
 
 		 480 aa  58.9  0.0000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4276  carbohydrate-selective porin OprB  21.7 
 
 		 444 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.308576  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4831  Carbohydrate-selective porin OprB  23 
 
 		 507 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0156749  normal  0.100608 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1117  carbohydrate-selective porin OprB  23.94 
 
 		 453 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00415727  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1832  carbohydrate porin  24.08 
 
 		 474 aa  57.4  0.0000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325541  normal  0.378247 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1445  porin B  21.7 
 
 		 444 aa  57  0.0000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.374886  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2156  carbohydrate-selective porin OprB  23.17 
 
 		 478 aa  57  0.0000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0251  Carbohydrate-selective porin OprB  27.59 
 
 		 385 aa  56.6  0.0000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4360  carbohydrate-selective porin OprB  21.43 
 
 		 444 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.081551  normal  0.195321 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1082  carbohydrate-selective porin OprB  21.05 
 
 		 448 aa  54.7  0.000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0774059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3558  carbohydrate-selective porin OprB  26.5 
 
 		 534 aa  53.9  0.000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4366  carbohydrate-selective porin OprB  22.73 
 
 		 448 aa  50.8  0.00004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00370105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1597  carbohydrate-selective porin OprB  24.87 
 
 		 480 aa  48.9  0.0001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0966255  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1632  putative porin B precursor outer (glucose porin) transmembrane protein  22.6 
 
 		 456 aa  47.8  0.0004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2711  carbohydrate-selective porin OprB  24.52 
 
 		 417 aa  47.4  0.0004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.695739  normal  0.810589 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3570  carbohydrate-selective porin OprB  24.94 
 
 		 396 aa  45.8  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.481926  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2204  carbohydrate-selective porin OprB  24.94 
 
 		 422 aa  45.4  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.329498  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4912  Carbohydrate-selective porin OprB  22.82 
 
 		 456 aa  44.7  0.003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00363735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1063  Carbohydrate-selective porin OprB  23.4 
 
 		 473 aa  44.7  0.003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.659002 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3835  Carbohydrate-selective porin OprB  22.82 
 
 		 456 aa  44.7  0.003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.899229 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2351  carbohydrate-selective porin OprB  24.68 
 
 		 422 aa  43.9  0.005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.348926  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>