More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2662 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_2662  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 307 aa  616  1e-175  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  47.39 
 
 		 306 aa  238  6.999999999999999e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1326  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 284 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433346  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5384  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  49.65 
 
 		 300 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.629114  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32360  lysR family transcriptional regulator  46.29 
 
 		 292 aa  219  5e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0231568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2742  putative transcriptional regulator  46.1 
 
 		 292 aa  207  2e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4056  transcriptional regulator, LysR family  45.25 
 
 		 295 aa  206  5e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.772372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3943  transcriptional regulator, LysR family  45.25 
 
 		 295 aa  206  5e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.691658  normal  0.897444 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1284  LysR family transcriptional regulator  45.59 
 
 		 283 aa  204  1e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32576  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3534  LysR family transcriptional regulator  44.91 
 
 		 293 aa  203  4e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.154456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2239  LysR family transcriptional regulator  44.91 
 
 		 293 aa  203  4e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2391  transcriptional regulator, LysR family  44.66 
 
 		 293 aa  202  6e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.586074 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2390  LysR family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 293 aa  202  8e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.610355 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3591  LysR family transcriptional regulator  43.25 
 
 		 292 aa  201  9e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.449761 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3053  LysR family transcriptional regulator  44.15 
 
 		 307 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2046  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 287 aa  200  3e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.396353  normal  0.96684 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4236  transcriptional regulator  43.98 
 
 		 309 aa  192  7e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.999782  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49640  transcriptional regulator  44.3 
 
 		 300 aa  191  2e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.097129  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 287 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5238  LysR family transcriptional regulator  42.8 
 
 		 287 aa  186  5e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2346  transcriptional regulator, LysR family  40.5 
 
 		 293 aa  186  5e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.886093 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5621  LysR family transcriptional regulator  42.8 
 
 		 287 aa  186  5e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3226  LysR family transcriptional regulator  44 
 
 		 306 aa  185  7e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.60856 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4609  LysR family transcriptional regulator  42.8 
 
 		 287 aa  185  7e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.46805  hitchhiker  0.000318313 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0070  LysR family transcriptional regulator  42.4 
 
 		 286 aa  183  3e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  39.65 
 
 		 287 aa  182  6e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5448  LysR family transcriptional regulator  42.92 
 
 		 288 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.778769 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4898  LysR family transcriptional regulator  42.92 
 
 		 288 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.552051 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1058  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 288 aa  176  4e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3803  LysR family transcriptional regulator  43.02 
 
 		 285 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.180645 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0804  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 288 aa  173  3.9999999999999995e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5843  LysR family transcriptional regulator  39.23 
 
 		 282 aa  171  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 298 aa  166  5e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0105  LysR family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 284 aa  166  5.9999999999999996e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2921  LysR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 283 aa  165  8e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.739146 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0242  LysR family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 287 aa  164  2.0000000000000002e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.546914  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0323  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 283 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2713  LysR family transcriptional regulator  41.7 
 
 		 281 aa  158  1e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0696841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  42.24 
 
 		 290 aa  155  9e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 289 aa  152  8e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3618  transcriptional regulator, LysR family  41.99 
 
 		 284 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3309  LysR family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 311 aa  148  1.0000000000000001e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000301615  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3319  transcriptional regulator, LysR family  41.13 
 
 		 284 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.914032  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0818  transcriptional regulator, LysR family  35.96 
 
 		 280 aa  145  1e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0971009  normal  0.428032 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1452  transcriptional regulator LrhA  39.13 
 
 		 309 aa  143  3e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1817  LysR-family transcriptional regulatory protein  39.13 
 
 		 309 aa  143  3e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2773  transcriptional regulator, LysR family  37.28 
 
 		 316 aa  142  6e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.785949  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  39.66 
 
 		 292 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1559  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 310 aa  141  9.999999999999999e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.30474  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0106  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 283 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 292 aa  141  1.9999999999999998e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1683  LysR substrate-binding  38.96 
 
 		 292 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2002  transcriptional regulator, LysR family  38.96 
 
 		 292 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1491  transcriptional regulator, LysR family  38.16 
 
 		 316 aa  138  8.999999999999999e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2806  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 286 aa  138  1e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.469753  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0785  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 282 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1266  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 328 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.496224  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1238  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 282 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.804975  normal  0.249608 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2551  transcriptional regulator, LysR family  36.84 
 
 		 311 aa  137  2e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.405251  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2053  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 282 aa  137  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1156  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 282 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.243733 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1144  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 282 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1129  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 289 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.412971  normal  0.826624 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4409  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 282 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3040  LysR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 282 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.165856  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1478  LysR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 286 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1448  LysR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 321 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.427766  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0618  LysR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 286 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0535  LysR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 286 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.605661  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1252  LysR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 286 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1578  LysR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 367 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.170227  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2337  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 296 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1220  transcriptional regulator, LysR family  32.86 
 
 		 289 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.286254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2383  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 294 aa  135  9.999999999999999e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2833  LysR family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 312 aa  134  1.9999999999999998e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000597917  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1393  transcriptional regulator, LysR family  36.84 
 
 		 309 aa  133  3.9999999999999996e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00391228  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1099  LysR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 304 aa  132  5e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.421675  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3636  transcriptional regulator, LysR family  36.56 
 
 		 295 aa  132  7.999999999999999e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3312  transcriptional regulator, LysR family  36.56 
 
 		 294 aa  132  7.999999999999999e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3167  LysR family transcriptional regulator  37.44 
 
 		 283 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  36.64 
 
 		 309 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0282  hypothetical protein  37.5 
 
 		 283 aa  130  2.0000000000000002e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0277  hypothetical protein  37.07 
 
 		 283 aa  130  2.0000000000000002e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1114  putative transcriptional regulator  38.91 
 
 		 301 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2626  transcriptional regulator, LysR family  36.12 
 
 		 290 aa  130  3e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.117522  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3882  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 284 aa  130  3e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4357  transcriptional regulator, LysR family  35.63 
 
 		 283 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3671  transcriptional regulator, LysR family  32.77 
 
 		 288 aa  130  4.0000000000000003e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2650  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 283 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.221886 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0678  transcriptional regulator, LysR family  36.73 
 
 		 290 aa  129  8.000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.149422  normal  0.525189 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3715  transcriptional regulator, LysR family  35.65 
 
 		 288 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0587379 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0683  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 283 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  37.22 
 
 		 299 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2517  transcriptional regulator, LysR family  34.89 
 
 		 291 aa  126  4.0000000000000003e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0282756 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3573  hypothetical protein  38.1 
 
 		 288 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2354  LysR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 288 aa  126  4.0000000000000003e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02214  DNA-binding transcriptional repressor of flagellar, motility and chemotaxis genes  36.52 
 
 		 312 aa  126  5e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1363  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 312 aa  126  5e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.556937 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02174  hypothetical protein  36.52 
 
 		 312 aa  126  5e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>