More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0509 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_0509  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  100 
 
 
301 aa  609  1e-173  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0452  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  64.12 
 
 
304 aa  382  1e-105  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0436  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  64.12 
 
 
304 aa  383  1e-105  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0462  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  63.79 
 
 
304 aa  381  1e-105  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3878  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  64.12 
 
 
304 aa  382  1e-105  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0424  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  62.13 
 
 
306 aa  370  1e-101  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3709  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  61.79 
 
 
309 aa  368  1e-101  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0588  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  58.94 
 
 
327 aa  364  1e-99  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.749225 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3531  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  63.12 
 
 
306 aa  363  2e-99  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4174  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  63.12 
 
 
306 aa  354  1e-96  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0551  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  58.98 
 
 
307 aa  342  2.9999999999999997e-93  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  53.49 
 
 
307 aa  320  3e-86  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.10972 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1385  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.63 
 
 
306 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.60749  hitchhiker  0.00125626 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3163  NAD dependent epimerase/dehydratase  44.3 
 
 
306 aa  230  2e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.531544 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5752  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.06 
 
 
321 aa  221  8e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6116  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.06 
 
 
321 aa  221  8e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.220398 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6087  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.22 
 
 
317 aa  217  2e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.25518  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5849  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.22 
 
 
314 aa  215  8e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6598  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.67 
 
 
321 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.456488 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7602  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.47 
 
 
314 aa  212  7e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6045  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.98 
 
 
333 aa  211  1e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.351702 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1969  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.33 
 
 
306 aa  209  4e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.569693  normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08032  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein (AFU_orthologue; AFUA_5G02240)  39.31 
 
 
314 aa  196  6e-49  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.019625  normal 
 
 
-
 
NC_006684  CNB02230  conserved hypothetical protein  38.16 
 
 
303 aa  159  5e-38  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0219255  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1967  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.43 
 
 
308 aa  140  3e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4815  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.58 
 
 
299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.681272  normal  0.324066 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1563  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.97 
 
 
295 aa  129  8.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.25531 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1084  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.63 
 
 
283 aa  128  1.0000000000000001e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0125965  normal  0.0422522 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.45 
 
 
285 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3226  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.58 
 
 
300 aa  124  1e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0060  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.37 
 
 
281 aa  123  5e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0494  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.63 
 
 
298 aa  122  7e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.346863  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.92 
 
 
281 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  30.25 
 
 
296 aa  120  3e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2324  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.11 
 
 
297 aa  118  9.999999999999999e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.888846  normal  0.780097 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3653  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  29.33 
 
 
294 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0091  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.66 
 
 
294 aa  117  3e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.42855 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0392  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.04 
 
 
299 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0874  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.04 
 
 
299 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0094  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.66 
 
 
294 aa  116  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0845  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.04 
 
 
294 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0431465 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0776  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.63 
 
 
295 aa  115  7.999999999999999e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3679  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.93 
 
 
285 aa  115  8.999999999999998e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000149825  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.67 
 
 
291 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1209  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.39 
 
 
284 aa  112  7.000000000000001e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.867672 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3414  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.07 
 
 
303 aa  112  7.000000000000001e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1255  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.78 
 
 
293 aa  112  1.0000000000000001e-23  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.463201  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3287  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.8 
 
 
290 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1216  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.21 
 
 
296 aa  111  2.0000000000000002e-23  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.896826 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.69 
 
 
296 aa  109  5e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.57 
 
 
293 aa  109  6e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1779  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.8 
 
 
297 aa  109  6e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00243798  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.32 
 
 
296 aa  109  6e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.58 
 
 
291 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1426  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.93 
 
 
288 aa  109  7.000000000000001e-23  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.41063  hitchhiker  0.00349813 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1054  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.12 
 
 
281 aa  108  1e-22  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3993  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.42 
 
 
292 aa  108  1e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.268063  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.24 
 
 
294 aa  108  1e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2763  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33 
 
 
295 aa  108  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1444  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  30.88 
 
 
283 aa  108  2e-22  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0328  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.64 
 
 
278 aa  107  3e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4945  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.65 
 
 
286 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000489214 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2888  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.85 
 
 
291 aa  107  3e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.124362  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01946  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase subunit, NAD(P)-binding, of dTDP-L-rhamnose synthase  28.32 
 
 
299 aa  105  7e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2365  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.29 
 
 
280 aa  105  7e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304818  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01935  hypothetical protein  28.32 
 
 
299 aa  105  7e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2221  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.52 
 
 
299 aa  105  7e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.303713  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1071  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.52 
 
 
285 aa  105  1e-21  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.960229  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2329  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.52 
 
 
299 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.124762 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2017  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33 
 
 
297 aa  105  1e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.001517 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0633  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.56 
 
 
285 aa  105  1e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2278  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.52 
 
 
299 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000104564 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2322  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.42 
 
 
299 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0148362 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2436  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.42 
 
 
299 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000731521 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0416  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.68 
 
 
293 aa  104  2e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.128844  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.5 
 
 
294 aa  104  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.34 
 
 
286 aa  103  2e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.5 
 
 
298 aa  104  2e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4210  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.12 
 
 
302 aa  103  3e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.319077 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.31 
 
 
300 aa  103  3e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.004454 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13108  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.3 
 
 
288 aa  103  4e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.08 
 
 
305 aa  103  4e-21  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2316  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.04 
 
 
297 aa  103  4e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0781595 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0925  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.88 
 
 
301 aa  103  5e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.377982 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3036  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.96 
 
 
283 aa  102  5e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4057  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.07 
 
 
297 aa  103  5e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.558933 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3972  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.92 
 
 
294 aa  103  5e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.160847  normal  0.379333 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2554  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.08 
 
 
292 aa  103  5e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4165  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.02 
 
 
296 aa  102  5e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.187685  normal  0.0599581 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3053  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.58 
 
 
307 aa  102  6e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1133  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.17 
 
 
328 aa  102  6e-21  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.853451 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.79 
 
 
461 aa  102  7e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.671731  hitchhiker  0.00000000841547 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0794  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  30.28 
 
 
294 aa  102  7e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1396  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.05 
 
 
301 aa  102  8e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.38 
 
 
292 aa  102  9e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.0356517 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1602  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.27 
 
 
299 aa  102  9e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.700104  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1659  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.55 
 
 
277 aa  102  1e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.39 
 
 
286 aa  101  1e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.657644  hitchhiker  0.00910437 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30 
 
 
291 aa  101  1e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4467  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.92 
 
 
287 aa  102  1e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>