More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0162 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_0162  biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 
134 aa  271  3e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2475  biopolymer transport protein ExbD/TolR  66.92 
 
 
134 aa  182  1.0000000000000001e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.71842  hitchhiker  0.0000457301 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2649  biopolymer transport protein ExbD/TolR  65.67 
 
 
134 aa  182  1.0000000000000001e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00438318  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1574  biopolymer transport protein ExbD/TolR  66.92 
 
 
134 aa  181  2.0000000000000003e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0927503  normal  0.0158805 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  64.93 
 
 
134 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00147196  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2715  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  64.93 
 
 
134 aa  181  3e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0091845  hitchhiker  0.0000000699577 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2422  biopolymer transport protein ExbD/TolR  66.92 
 
 
134 aa  181  4.0000000000000006e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00108653  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  66.92 
 
 
134 aa  180  5.0000000000000004e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00138445  hitchhiker  0.00000106541 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2461  biopolymer transport protein ExbD/TolR  66.92 
 
 
134 aa  180  5.0000000000000004e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.086318  hitchhiker  0.000000463213 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2531  biopolymer transport protein ExbD/TolR  66.92 
 
 
134 aa  180  5.0000000000000004e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.103764  unclonable  0.0000246582 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1628  biopolymer transport protein ExbD/TolR  64.18 
 
 
134 aa  180  7e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.426629  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1665  biopolymer transport protein ExbD/TolR  64.18 
 
 
134 aa  180  7e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.283534  normal  0.123341 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1520  biopolymer transport protein ExbD/TolR  67.44 
 
 
134 aa  180  7e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1827  TonB system transport protein ExbD2  65.38 
 
 
134 aa  179  1e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1257  biopolymer transport protein ExbD/TolR  66.15 
 
 
134 aa  179  1e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.529196  hitchhiker  0.000136221 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1643  biopolymer transport protein ExbD/TolR  63.43 
 
 
134 aa  178  2e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.158333  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3076  biopolymer transport protein ExbD/TolR  66.92 
 
 
134 aa  177  4.999999999999999e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000935089  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3753  biopolymer transport exbD protein  51.97 
 
 
133 aa  135  2e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.677985  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2987  biopolymer transport protein ExbD/TolR  49.21 
 
 
133 aa  134  6.0000000000000005e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.369399  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02811  Biopolymer transport protein  52.38 
 
 
132 aa  132  1.9999999999999998e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0477065  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00634  biopolymer transport protein  46.21 
 
 
135 aa  127  7.000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03432  Biopolymer transport protein  48.41 
 
 
135 aa  124  5e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1063  biopolymer transport protein ExbD/TolR  49.59 
 
 
135 aa  123  1e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3973  biopolymer transport exbD protein  47.93 
 
 
136 aa  121  3e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1151  TonB system transport protein ExbD2  43.41 
 
 
134 aa  118  3e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.717092  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2155  biopolymer transport protein (ExbD2)  43.75 
 
 
136 aa  117  3.9999999999999996e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0114  TonB system transport protein ExbD2  43.41 
 
 
134 aa  117  6e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000845  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.19 
 
 
134 aa  116  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0902  TonB system transport protein ExbD3  45.38 
 
 
134 aa  115  3e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06757  hypothetical protein  43.41 
 
 
134 aa  114  3.9999999999999997e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001859  biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.83 
 
 
116 aa  112  2.0000000000000002e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4069  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.27 
 
 
135 aa  111  3e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3869  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.76 
 
 
136 aa  110  8.000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0609  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.1 
 
 
136 aa  109  1.0000000000000001e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000633887  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1736  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.24 
 
 
139 aa  101  4e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.109286  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1173  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.81 
 
 
140 aa  101  4e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.364458  normal  0.851984 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0355  branched-chain amino acid aminotransferase I  35.38 
 
 
134 aa  92.8  1e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00931363  normal  0.438435 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1618  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.07 
 
 
136 aa  89.7  1e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.272583  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0846  ExbD2-like biopolymer transport protein  33.61 
 
 
143 aa  89  2e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.424366  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3522  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.4 
 
 
133 aa  88.6  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1656  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.4 
 
 
142 aa  88.6  3e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.310193  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0455  biopolymer transport protein (ExbD2)  36.13 
 
 
134 aa  86.3  1e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0057258  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0871  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.59 
 
 
135 aa  85.5  2e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2485  phospholipid/glycerol acyltransferase  34.33 
 
 
141 aa  81.3  0.000000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000540401  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0438  biopolymer ExbD/TolR family transporter  32.28 
 
 
137 aa  80.5  0.000000000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.744335  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2484  putative TonB system transport protein ExbD2  41.67 
 
 
137 aa  80.1  0.00000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000778685  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2817  biopolymer transport protein (ExbD2)  31.75 
 
 
135 aa  79  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.276974  hitchhiker  0.00000182227 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2155  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.62 
 
 
134 aa  77.8  0.00000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0872  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 
133 aa  73.9  0.0000000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1460  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.69 
 
 
138 aa  68.9  0.00000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1730  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.85 
 
 
132 aa  68.9  0.00000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1866  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.15 
 
 
142 aa  67.8  0.00000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.838345 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0487  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.06 
 
 
137 aa  67.8  0.00000000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.181601  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2363  protein TolR  31.45 
 
 
139 aa  67  0.00000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.372464 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1506  biopolymer transport protein  31.54 
 
 
136 aa  67  0.00000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000178844  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0592  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.66 
 
 
141 aa  65.5  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.127488 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1563  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.09 
 
 
135 aa  64.7  0.0000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1805  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.69 
 
 
137 aa  63.9  0.0000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.654076  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1028  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.15 
 
 
138 aa  63.5  0.0000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000374903  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0586  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.65 
 
 
136 aa  63.2  0.000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0531481  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1742  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.47 
 
 
141 aa  63.2  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1247  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.13 
 
 
140 aa  63.2  0.000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2674  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.78 
 
 
140 aa  62.4  0.000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3007  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.89 
 
 
143 aa  62.8  0.000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0646  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.73 
 
 
134 aa  62.4  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.419547  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0486  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  27.73 
 
 
134 aa  62.4  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.244667  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1698  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30 
 
 
250 aa  62.8  0.000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0872  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.46 
 
 
141 aa  62.4  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.532124  normal  0.142279 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1370  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.13 
 
 
140 aa  62.8  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1227  tolR protein  29.03 
 
 
146 aa  62  0.000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165973  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2304  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.37 
 
 
141 aa  62  0.000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0677093  normal  0.134165 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0273  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.77 
 
 
136 aa  61.6  0.000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1555  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.37 
 
 
141 aa  62  0.000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.304522  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2806  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.62 
 
 
142 aa  61.6  0.000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.0047121  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0861  protein TolR  31.5 
 
 
152 aa  61.6  0.000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000417761  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2179  hypothetical protein  25.6 
 
 
146 aa  60.8  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1435  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.81 
 
 
137 aa  60.8  0.000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.559612  normal  0.665441 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25500  hypothetical protein  25.6 
 
 
146 aa  60.5  0.000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.236019  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2305  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.57 
 
 
134 aa  59.7  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2060  GTP cyclohydrolase I  27.41 
 
 
143 aa  60.1  0.00000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.552907 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2529  biopolymer transport EXBD-like transmembrane protein  25.9 
 
 
143 aa  59.3  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.161438  normal  0.0831127 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1587  protein TolR  29.84 
 
 
138 aa  58.9  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.437138  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0915  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.15 
 
 
140 aa  59.3  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.574244  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2154  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.87 
 
 
155 aa  59.3  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.8914  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0560  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.35 
 
 
137 aa  59.3  0.00000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.326497 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2231  TolR protein  27.91 
 
 
148 aa  58.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1847  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.35 
 
 
130 aa  59.3  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.730316  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0594  biopolymer transport protein ExbD/TolR  22.22 
 
 
143 aa  58.5  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000000395657  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4087  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.24 
 
 
143 aa  58.5  0.00000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0244495  normal  0.590384 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3630  biopolymer ExbD/TolR family transporter  28.57 
 
 
146 aa  58.5  0.00000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1613  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.26 
 
 
142 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.921592  normal  0.194939 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0281  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.61 
 
 
139 aa  57.8  0.00000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.149561  hitchhiker  0.000106063 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3209  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25 
 
 
137 aa  58.2  0.00000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000537129  normal  0.265512 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14750  Biopolymer transport protein ExbD  25.53 
 
 
142 aa  57.8  0.00000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.227679  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3216  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.41 
 
 
141 aa  57.8  0.00000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.300081  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2024  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.95 
 
 
155 aa  57.8  0.00000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.34025 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0536  biopolymer transport protein ExbD/TolR  22.39 
 
 
143 aa  57.8  0.00000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000196939  hitchhiker  0.000000905807 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0150  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.35 
 
 
149 aa  57.8  0.00000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000194485  hitchhiker  0.00605756 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2428  biopolymer transport ExbD like protein  25.78 
 
 
148 aa  57.4  0.00000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.303812 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2400  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.9 
 
 
142 aa  57.8  0.00000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0584856  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>