115 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP1460 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_006663  SEA0004  regulatory protein BlaR1  88.55 
 
 
585 aa  1038  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0356117  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1460  regulatory protein BlaR1  100 
 
 
585 aa  1176  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.000102574  n/a   
 
 
-
 
NC_009477  SaurJH9_2748  Beta-lactamase  88.38 
 
 
585 aa  993  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.282517  n/a   
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2825  Beta-lactamase  88.89 
 
 
405 aa  694  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.141892  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2520  methicillin-resistance regulatory protein MecR1  34.06 
 
 
585 aa  330  6e-89  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00119182  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0030  Beta-lactamase  34.06 
 
 
585 aa  330  6e-89  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0030  Beta-lactamase  34.06 
 
 
585 aa  330  6e-89  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2826  bla regulator protein blaR1  85.99 
 
 
173 aa  254  4e-66  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.609781  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3351  Beta-lactamase  29.51 
 
 
596 aa  232  2e-59  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3353  Beta-lactamase  31.88 
 
 
277 aa  122  2e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0412  penicillin-binding protein, transpeptidase  26.88 
 
 
283 aa  117  5e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0605163 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1887  beta-lactamase class D  29.58 
 
 
272 aa  115  2e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.131226  normal  0.0179427 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1276  Beta-lactamase  28.57 
 
 
272 aa  115  3e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.261729  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0120  Beta-lactamase  27.31 
 
 
262 aa  112  2e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0951  Beta-lactamase  29.61 
 
 
268 aa  108  3e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2332  Beta-lactamase  28.36 
 
 
266 aa  108  3e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.428372  normal  0.506587 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0301  Beta-lactamase  31.69 
 
 
264 aa  107  7e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  2.9774e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1109  Beta-lactamase  28.11 
 
 
261 aa  105  3e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00564969  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0424  Beta-lactamase  29.8 
 
 
271 aa  103  8e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3505  Beta-lactamase  28.7 
 
 
262 aa  103  9e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3016  Beta-lactamase  25.73 
 
 
264 aa  103  1e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.535281 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1050  Beta-lactamase  28.69 
 
 
262 aa  102  2e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00250127 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8961  Beta-lactamase  27.56 
 
 
302 aa  102  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0837  beta-lactamase, putative  27.03 
 
 
265 aa  102  3e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3328  Beta-lactamase  25.91 
 
 
265 aa  100  6e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.306621  normal  0.885767 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0907  Beta-lactamase  26.96 
 
 
267 aa  100  8e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.175545  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3220  Beta-lactamase  29.15 
 
 
268 aa  100  9e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0828246  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3522  Beta-lactamase  25.6 
 
 
295 aa  100  1e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000389124  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0483  putative beta-lactamase  30.47 
 
 
303 aa  99.4  1e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2040  Beta-lactamase  25 
 
 
300 aa  99.8  1e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00121228  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0838  Beta-lactamase  25.6 
 
 
295 aa  99.4  2e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  4.82216e-05 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0813  Beta-lactamase  25.6 
 
 
295 aa  99.4  2e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00568131  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0845  Beta-lactamase  25.6 
 
 
295 aa  99.4  2e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.965986  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1596  Beta-lactamase  27.87 
 
 
263 aa  98.2  4e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.569759  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3440  penicillin-binding protein, transpeptidase  25.34 
 
 
265 aa  97.8  5e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0522212  normal  0.234091 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0694  Beta-lactamase  25 
 
 
265 aa  97.4  7e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  5.96311e-06  normal  0.535938 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2477  Beta-lactamase  26.84 
 
 
260 aa  97.1  9e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1435  Beta-lactamase  28.92 
 
 
262 aa  96.3  1e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.716267 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3157  Beta-lactamase  24.88 
 
 
270 aa  95.1  3e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00280746  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72760  putative beta-lactamase  25.21 
 
 
262 aa  95.1  3e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.40823  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6316  beta-lactamase PSE-2  24.89 
 
 
262 aa  92.4  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2220  beta-lactamase  28.65 
 
 
282 aa  90.9  5e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.526982  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3962  Beta-lactamase  25.11 
 
 
271 aa  89.4  2e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4075  Beta-lactamase  25.11 
 
 
271 aa  89.4  2e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.709144 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4544  Beta-lactamase  24.77 
 
 
266 aa  88.2  3e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.487352  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0427  Beta-lactamase  22.52 
 
 
306 aa  87.8  5e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.284518  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0344  beta-lactamase  31.12 
 
 
253 aa  86.7  1e-15  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.148651  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0211  Beta-lactamase  23.77 
 
 
274 aa  86.3  1e-15  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5028  Beta-lactamase (OXA-5), class D  25.43 
 
 
272 aa  85.5  3e-15  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3124  Beta-lactamase  22.94 
 
 
271 aa  84.7  4e-15  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.796776 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2637  Beta-lactamase  25.79 
 
 
279 aa  83.6  1e-14  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.578583  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2340  twin-arginine translocation pathway signal  23.38 
 
 
272 aa  83.2  1e-14  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0669803  normal  0.380486 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1588  hypothetical protein  28.04 
 
 
266 aa  82.8  1e-14  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02005  oxacillin hydrolase  25.33 
 
 
272 aa  82.4  2e-14  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3379  Beta-lactamase  24.88 
 
 
320 aa  82.4  2e-14  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4788  Beta-lactamase  24.64 
 
 
270 aa  82  3e-14  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.802032  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4137  Beta-lactamase  24.64 
 
 
270 aa  82  3e-14  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1405  hypothetical protein  27.57 
 
 
266 aa  81.3  5e-14  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1383  conserved hypothetical protein, possible beta-lactamase  29.08 
 
 
248 aa  81.3  5e-14  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2849  Beta-lactamase  25.84 
 
 
269 aa  80.5  7e-14  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.1055 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1441  Beta-lactamase  28.19 
 
 
279 aa  78.6  3e-13  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.653891 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3398  Beta-lactamase  24.76 
 
 
272 aa  78.2  4e-13  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.437274  normal  0.130069 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0184  Beta-lactamase  26.09 
 
 
288 aa  76.6  1e-12  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1176  hypothetical protein  24.02 
 
 
640 aa  77  1e-12  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1079  hypothetical protein  22.58 
 
 
629 aa  75.1  3e-12  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1007  hypothetical protein  22.58 
 
 
629 aa  75.1  3e-12  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1810  peptidase M56, BlaR1  25.08 
 
 
750 aa  74.7  5e-12  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2408  beta-lactamase regulatory protein 1; methicillin resistance protein  24.53 
 
 
619 aa  74.3  6e-12  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0077  hypothetical protein  25.85 
 
 
266 aa  73.9  7e-12  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  hitchhiker  0.00231876  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1106  class D beta-lactamase  22.9 
 
 
473 aa  72  3e-11  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.56971  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0994  beta-lactamase regulatory protein 1; methicillin resistance protein  23.88 
 
 
632 aa  72  3e-11  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1111  beta-lactamase regulatory protein 1; methicillin resistance protein  28.05 
 
 
589 aa  71.6  4e-11  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3930  Beta-lactamase  23.81 
 
 
275 aa  71.2  5e-11  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.204659 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3817  Beta-lactamase  23.81 
 
 
275 aa  71.2  5e-11  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.485737 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2719  class D beta-lactamase  22.41 
 
 
269 aa  69.7  1e-10  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.886076  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0373  beta-lactamase precursor  22.43 
 
 
269 aa  69.7  2e-10  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.313009  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1053  beta-lactamase class D  26.73 
 
 
295 aa  69.3  2e-10  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.110026  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2872  class D beta-lactamase  22.91 
 
 
269 aa  68.9  2e-10  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.314604  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0389  Beta-lactamase  22.78 
 
 
281 aa  66.2  2e-09  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.384736 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0377  peptidase M56, BlaR1  26.96 
 
 
302 aa  65.5  2e-09  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2587  peptidase M56 BlaR1  26.98 
 
 
858 aa  64.3  6e-09  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2615  cell wall hydrolase/autolysin  22.54 
 
 
562 aa  62  3e-08  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2876  peptidase M56 BlaR1  20.92 
 
 
465 aa  61.6  4e-08  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2068  peptidase M56 BlaR1  24.32 
 
 
632 aa  61.6  4e-08  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.999712  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0431  antirepressor regulating drug resistance signal transduction N-terminal membrane component-like protein  24.78 
 
 
442 aa  59.7  1e-07  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6205  peptidase M56 BlaR1  24.07 
 
 
671 aa  57.4  6e-07  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.86421 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3787  peptidase M56 BlaR1  20.3 
 
 
617 aa  56.2  1e-06  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.536626  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3209  TonB family protein  23.94 
 
 
397 aa  56.2  2e-06  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.909373  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3127  peptidase M56, BlaR1  22.73 
 
 
462 aa  54.3  6e-06  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000359349  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3297  peptidase M56, BlaR1  18.81 
 
 
423 aa  52.8  2e-05  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2753  peptidase M56 BlaR1  19.64 
 
 
581 aa  52  3e-05  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.395295 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2995  TonB family protein  20.96 
 
 
417 aa  51.2  5e-05  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1934  peptidase M56 BlaR1  20.62 
 
 
647 aa  51.2  6e-05  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4940  peptidase M56 BlaR1  23.78 
 
 
583 aa  49.7  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.958869 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3738  TonB family protein  24.26 
 
 
404 aa  48.5  0.0004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.595285  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1288  peptidase M56 BlaR1  21.63 
 
 
647 aa  47  0.0009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.778723  normal  0.21473 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3584  TonB family protein  21.83 
 
 
405 aa  46.6  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3471  peptidase M56 BlaR1  24.18 
 
 
322 aa  46.2  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2000  peptidase M56, BlaR1  26.25 
 
 
330 aa  45.8  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0579  peptidase M56, BlaR1  23.2 
 
 
541 aa  45.4  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>