76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3220 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3220  Beta-lactamase  100 
 
 		 268 aa  548  1e-155  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0828246  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3157  Beta-lactamase  52.16 
 
 		 270 aa  272  5.000000000000001e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00280746  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0838  Beta-lactamase  56.36 
 
 		 295 aa  269  4e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000482216 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0813  Beta-lactamase  55.91 
 
 		 295 aa  268  7e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00568131  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3522  Beta-lactamase  55.91 
 
 		 295 aa  267  1e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000389124  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0845  Beta-lactamase  55.91 
 
 		 295 aa  267  1e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.965986  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3328  Beta-lactamase  54.63 
 
 		 265 aa  266  2e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.306621  normal  0.885767 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0837  beta-lactamase, putative  54.67 
 
 		 265 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0694  Beta-lactamase  54.63 
 
 		 265 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000596311  normal  0.535938 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3440  penicillin-binding protein, transpeptidase  54.19 
 
 		 265 aa  266  4e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0522212  normal  0.234091 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2332  Beta-lactamase  46.15 
 
 		 266 aa  202  6e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.428372  normal  0.506587 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2637  Beta-lactamase  44.35 
 
 		 279 aa  198  6e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.578583  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8961  Beta-lactamase  40.34 
 
 		 302 aa  195  7e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3124  Beta-lactamase  44.81 
 
 		 271 aa  192  5e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.796776 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0412  penicillin-binding protein, transpeptidase  37.11 
 
 		 283 aa  192  7e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0605163 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2340  twin-arginine translocation pathway signal  43.61 
 
 		 272 aa  189  4e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0669803  normal  0.380486 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2040  Beta-lactamase  39.53 
 
 		 300 aa  185  6e-46  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00121228  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3398  Beta-lactamase  43.61 
 
 		 272 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.437274  normal  0.130069 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0120  Beta-lactamase  41.18 
 
 		 262 aa  181  1e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5028  Beta-lactamase (OXA-5), class D  39.74 
 
 		 272 aa  179  4e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4075  Beta-lactamase  37.71 
 
 		 271 aa  178  8e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.709144 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3962  Beta-lactamase  37.71 
 
 		 271 aa  178  8e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6316  beta-lactamase PSE-2  40.87 
 
 		 262 aa  178  9e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3016  Beta-lactamase  41.13 
 
 		 264 aa  177  2e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.535281 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0951  Beta-lactamase  39.26 
 
 		 268 aa  176  5e-43  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0424  Beta-lactamase  36.93 
 
 		 271 aa  171  1e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72760  putative beta-lactamase  39.06 
 
 		 262 aa  169  3e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.40823  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3353  Beta-lactamase  36.97 
 
 		 277 aa  167  2e-40  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3505  Beta-lactamase  36.33 
 
 		 262 aa  166  4e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1887  beta-lactamase class D  38.79 
 
 		 272 aa  164  1.0000000000000001e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.131226  normal  0.0179427 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0301  Beta-lactamase  38.28 
 
 		 264 aa  164  1.0000000000000001e-39  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.00000000029774  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2477  Beta-lactamase  38.94 
 
 		 260 aa  163  3e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1276  Beta-lactamase  35.37 
 
 		 272 aa  158  1e-37  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.261729  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2220  beta-lactamase  39.06 
 
 		 282 aa  150  3e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.526982  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0907  Beta-lactamase  32.63 
 
 		 267 aa  145  5e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.175545  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0427  Beta-lactamase  34.63 
 
 		 306 aa  141  9.999999999999999e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.284518  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1050  Beta-lactamase  35.5 
 
 		 262 aa  139  3.9999999999999997e-32  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00250127 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0483  putative beta-lactamase  34.42 
 
 		 303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0344  beta-lactamase  35.68 
 
 		 253 aa  128  9.000000000000001e-29  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.148651  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1596  Beta-lactamase  34.96 
 
 		 263 aa  127  1.0000000000000001e-28  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.569759  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3351  Beta-lactamase  32.67 
 
 		 596 aa  120  1.9999999999999998e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1109  Beta-lactamase  33.78 
 
 		 261 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00564969  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1383  conserved hypothetical protein, possible beta-lactamase  32.89 
 
 		 248 aa  115  1.0000000000000001e-24  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1435  Beta-lactamase  34.8 
 
 		 262 aa  112  9e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.716267 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2520  methicillin-resistance regulatory protein MecR1  28.12 
 
 		 585 aa  106  4e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00119182  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0030  Beta-lactamase  28.12 
 
 		 585 aa  106  4e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0030  Beta-lactamase  28.12 
 
 		 585 aa  106  4e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1405  hypothetical protein  33.02 
 
 		 266 aa  105  5e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0373  beta-lactamase precursor  35.24 
 
 		 269 aa  104  2e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.313009  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1588  hypothetical protein  32.55 
 
 		 266 aa  104  2e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2825  Beta-lactamase  29.15 
 
 		 405 aa  102  5e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.141892  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1460  regulatory protein BlaR1  29.15 
 
 		 585 aa  101  1e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.000102574  n/a   
 
 
-
 
NC_009477  SaurJH9_2748  Beta-lactamase  29.15 
 
 		 585 aa  101  1e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.282517  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2719  class D beta-lactamase  34.82 
 
 		 269 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.886076  n/a   
 
 
-
 
NC_006663  SEA0004  regulatory protein BlaR1  28.64 
 
 		 585 aa  100  3e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0356117  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1106  class D beta-lactamase  34.82 
 
 		 473 aa  99.4  5e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.56971  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2872  class D beta-lactamase  34.96 
 
 		 269 aa  99  7e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.314604  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1053  beta-lactamase class D  32.76 
 
 		 295 aa  96.7  4e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.110026  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02005  oxacillin hydrolase  34.36 
 
 		 272 aa  95.5  7e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0077  hypothetical protein  29.15 
 
 		 266 aa  94  2e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  hitchhiker  0.00231876  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0389  Beta-lactamase  33.16 
 
 		 281 aa  93.2  4e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.384736 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0184  Beta-lactamase  29.39 
 
 		 288 aa  89.7  4e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4137  Beta-lactamase  28.88 
 
 		 270 aa  89.4  6e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4788  Beta-lactamase  28.88 
 
 		 270 aa  89.4  6e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.802032  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3379  Beta-lactamase  28.88 
 
 		 320 aa  89  7e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3930  Beta-lactamase  28.57 
 
 		 275 aa  88.6  1e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.204659 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3817  Beta-lactamase  28.57 
 
 		 275 aa  88.6  1e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.485737 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1441  Beta-lactamase  30.67 
 
 		 279 aa  84.7  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.653891 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2849  Beta-lactamase  29.31 
 
 		 269 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.1055 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4544  Beta-lactamase  29.03 
 
 		 266 aa  83.6  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.487352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0211  Beta-lactamase  30.3 
 
 		 274 aa  79.3  0.00000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2869  peptidoglycan glycosyltransferase  33.08 
 
 		 618 aa  43.5  0.004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000124923  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1092  penicillin-binding protein 2  30.77 
 
 		 618 aa  42.7  0.006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000952492  hitchhiker  0.000000109983 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3275  peptidoglycan glycosyltransferase  30.77 
 
 		 618 aa  42.7  0.006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000207443  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3453  peptidoglycan glycosyltransferase  30.77 
 
 		 618 aa  42.7  0.006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00243084  hitchhiker  0.00384932 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3317  peptidoglycan glycosyltransferase  30.77 
 
 		 618 aa  42.7  0.006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000142864  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>