288 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1235 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A1235  hypothetical protein  100 
 
 		 152 aa  296  9e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1475  hypothetical protein  47.5 
 
 		 160 aa  135  2e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.710814  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1082  protein of unknown function DUF163  52.63 
 
 		 152 aa  126  1.0000000000000001e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4207  rRNA large subunit methyltransferase  47.17 
 
 		 160 aa  122  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1059  rRNA large subunit methyltransferase  46.88 
 
 		 160 aa  121  3e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4277  rRNA large subunit methyltransferase  45 
 
 		 160 aa  119  9.999999999999999e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3883  rRNA large subunit methyltransferase  47.17 
 
 		 160 aa  119  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.320389  normal  0.0327662 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0088  rRNA large subunit methyltransferase  44.65 
 
 		 156 aa  118  3e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0114414  normal  0.53865 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2794  hypothetical protein  44.38 
 
 		 156 aa  114  5e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2505  rRNA large subunit methyltransferase  41.51 
 
 		 156 aa  113  1.0000000000000001e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.945711  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0647  rRNA large subunit methyltransferase  43.4 
 
 		 160 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0130752 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3014  rRNA large subunit methyltransferase  47.5 
 
 		 160 aa  112  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0634983  normal  0.903693 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1773  rRNA large subunit methyltransferase  43.79 
 
 		 169 aa  111  4.0000000000000004e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1840  rRNA large subunit methyltransferase  42.53 
 
 		 174 aa  110  9e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0155  rRNA large subunit methyltransferase  45.81 
 
 		 155 aa  108  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0523  rRNA large subunit methyltransferase  43.4 
 
 		 160 aa  108  3e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.238061  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2933  rRNA large subunit methyltransferase  43.12 
 
 		 170 aa  107  4.0000000000000004e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0416  rRNA large subunit methyltransferase  43.75 
 
 		 160 aa  107  7.000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.852231 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0447  rRNA large subunit methyltransferase  45.28 
 
 		 160 aa  106  1e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.399021  normal  0.903772 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3453  rRNA large subunit methyltransferase  42.5 
 
 		 159 aa  106  1e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0162  rRNA large subunit methyltransferase  41.88 
 
 		 160 aa  105  2e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2526  rRNA large subunit methyltransferase  44.52 
 
 		 155 aa  105  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.631198  normal  0.935869 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0866  rRNA large subunit methyltransferase  43.87 
 
 		 155 aa  104  4e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0100  rRNA large subunit methyltransferase  45.62 
 
 		 164 aa  104  4e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.465557 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0256  rRNA large subunit methyltransferase  42.5 
 
 		 160 aa  104  5e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1551  hypothetical protein  44.37 
 
 		 158 aa  103  9e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.923861  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4221  rRNA large subunit methyltransferase  42.77 
 
 		 162 aa  102  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.567617  normal  0.0594421 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0322  rRNA large subunit methyltransferase  36.48 
 
 		 160 aa  101  3e-21  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2517  rRNA large subunit methyltransferase  42.77 
 
 		 155 aa  101  3e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.148651  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2564  rRNA large subunit methyltransferase  46.25 
 
 		 165 aa  100  5e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00528144 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2289  rRNA large subunit methyltransferase  46.25 
 
 		 165 aa  100  5e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.080755 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4731  rRNA large subunit methyltransferase  42.77 
 
 		 162 aa  100  5e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.14241  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0568  rRNA large subunit methyltransferase  40.62 
 
 		 185 aa  100  7e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0164  rRNA large subunit methyltransferase  40.62 
 
 		 160 aa  99.4  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2216  rRNA large subunit methyltransferase  44.3 
 
 		 156 aa  96.3  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2326  rRNA large subunit methyltransferase  36.48 
 
 		 159 aa  96.7  1e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000881248  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5626  rRNA large subunit methyltransferase  44.3 
 
 		 156 aa  95.9  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2337  rRNA large subunit methyltransferase  44.3 
 
 		 156 aa  95.5  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.390809  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2322  rRNA large subunit methyltransferase  44.3 
 
 		 156 aa  95.1  3e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.810756  normal  0.749932 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3202  hypothetical protein  39.61 
 
 		 154 aa  94.7  3e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  2.69553e-19  unclonable  6.7014e-24 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0655  protein of unknown function DUF163  35.44 
 
 		 157 aa  95.1  3e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1687  rRNA large subunit methyltransferase  44.3 
 
 		 156 aa  95.1  3e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0979  rRNA large subunit methyltransferase  44.3 
 
 		 156 aa  95.1  3e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0495213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2299  rRNA large subunit methyltransferase  44.3 
 
 		 156 aa  95.1  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4722  rRNA large subunit methyltransferase  39.38 
 
 		 154 aa  94.7  4e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.168406  normal  0.108427 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3495  rRNA large subunit methyltransferase  31.61 
 
 		 157 aa  94  7e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0587384  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2246  rRNA large subunit methyltransferase  45.62 
 
 		 165 aa  94  7e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.37412  normal  0.418544 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0845  protein of unknown function DUF163  43.18 
 
 		 155 aa  93.2  1e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0190186 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08411  hypothetical protein  32.26 
 
 		 157 aa  93.2  1e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20240  conserved hypothetical protein TIGR00246  33.96 
 
 		 159 aa  93.2  1e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1070  rRNA large subunit methyltransferase  43.04 
 
 		 156 aa  92.4  2e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.503879  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0353  rRNA large subunit methyltransferase  43.04 
 
 		 156 aa  92.4  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.389517  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1235  rRNA large subunit methyltransferase  43.04 
 
 		 156 aa  92.4  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1889  rRNA large subunit methyltransferase  43.04 
 
 		 156 aa  92.4  2e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.841126  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1379  rRNA large subunit methyltransferase  43.04 
 
 		 156 aa  92.4  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.588338  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0797  rRNA large subunit methyltransferase  43.04 
 
 		 156 aa  92.4  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2061  rRNA large subunit methyltransferase  41.88 
 
 		 160 aa  92.4  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.895166  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0291  protein of unknown function DUF163  32.5 
 
 		 160 aa  92.4  2e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0186032  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1226  rRNA large subunit methyltransferase  43.04 
 
 		 156 aa  92.4  2e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4808  rRNA large subunit methyltransferase  44.12 
 
 		 155 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.24458 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2069  rRNA large subunit methyltransferase  42.31 
 
 		 156 aa  91.7  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.608211  normal  0.214177 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4861  rRNA large subunit methyltransferase  44.12 
 
 		 155 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.394825  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4683  rRNA large subunit methyltransferase  44.12 
 
 		 155 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0024  rRNA large subunit methyltransferase  32.7 
 
 		 159 aa  91.3  4e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.000337367  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1716  rRNA large subunit methyltransferase  36.25 
 
 		 156 aa  91.3  4e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.962175  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1105  rRNA large subunit methyltransferase  39.57 
 
 		 155 aa  91.3  4e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.909306  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0024  rRNA large subunit methyltransferase  32.7 
 
 		 159 aa  91.3  4e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000287275  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1588  rRNA large subunit methyltransferase  37.74 
 
 		 159 aa  90.9  5e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0613  rRNA large subunit methyltransferase  43.14 
 
 		 155 aa  90.9  5e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3402  protein of unknown function DUF163  34.59 
 
 		 159 aa  91.3  5e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000153536  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12050  rRNA large subunit methyltransferase  39.57 
 
 		 155 aa  90.9  5e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0613288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2927  rRNA large subunit methyltransferase  30.82 
 
 		 159 aa  90.9  6e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2610  rRNA large subunit methyltransferase  30.82 
 
 		 159 aa  90.9  6e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4971  rRNA large subunit methyltransferase  40.29 
 
 		 155 aa  90.1  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.170653  normal  0.369961 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1010  rRNA large subunit methyltransferase  42.41 
 
 		 156 aa  89.7  1e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2545  hypothetical protein  40.4 
 
 		 140 aa  89.7  1e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.146464  normal  0.474294 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3387  rRNA large subunit methyltransferase  34.59 
 
 		 159 aa  89.4  1e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3531  rRNA large subunit methyltransferase  36.77 
 
 		 177 aa  89.7  1e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3264  rRNA large subunit methyltransferase  42.04 
 
 		 156 aa  89.4  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1809  hypothetical protein  38.16 
 
 		 156 aa  89.4  2e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.454132  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4826  hypothetical protein  43.14 
 
 		 155 aa  88.6  3e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.715352  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4366  rRNA large subunit methyltransferase  43.14 
 
 		 155 aa  88.6  3e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.712545  normal  0.959916 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2126  protein of unknown function DUF163  38.85 
 
 		 156 aa  87.8  4e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.933959  normal  0.0354668 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1296  rRNA large subunit methyltransferase  39.62 
 
 		 156 aa  88.2  4e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.433807  normal  0.073248 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3799  rRNA large subunit methyltransferase  37.41 
 
 		 155 aa  87.8  4e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0254  hypothetical protein  42.21 
 
 		 153 aa  87.8  5e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0118  protein of unknown function DUF163  37.18 
 
 		 165 aa  87.8  5e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.825891  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2907  rRNA large subunit methyltransferase  48.04 
 
 		 156 aa  87.8  5e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3859  protein of unknown function DUF163  36.18 
 
 		 154 aa  87.4  6e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.161132 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0057  hypothetical protein  38.71 
 
 		 141 aa  87  7e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3770  protein of unknown function DUF163  40.87 
 
 		 157 aa  87  8e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0717595 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0556  rRNA large subunit methyltransferase  30.19 
 
 		 159 aa  86.7  1e-16  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0780  rRNA large subunit methyltransferase  38.51 
 
 		 159 aa  86.7  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.329962  normal  0.230436 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2529  rRNA large subunit methyltransferase  30.82 
 
 		 159 aa  85.5  2e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000224859  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2139  hypothetical protein  49.52 
 
 		 154 aa  84.7  4e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.895316  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3345  hypothetical protein  39.35 
 
 		 159 aa  84.7  4e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0130226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1136  rRNA large subunit methyltransferase  40.2 
 
 		 156 aa  84.7  4e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00404994  normal  0.955793 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08380  rRNA large subunit methyltransferase  42.16 
 
 		 155 aa  84.3  5e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0699075  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0986  rRNA large subunit methyltransferase  42.16 
 
 		 156 aa  84.3  5e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1412  hypothetical protein  38.56 
 
 		 145 aa  84.3  5e-16  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.493866  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>